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Sergio Marchetti
2026-05-10 14:22:53 +00:00
parent f85bd0d87b
commit f20ad82954
+251 -264
View File
@@ -79,13 +79,13 @@ Qui comprendiamo:
container: SOMA container: SOMA
expansion: expansion:
- VGSC-SOMA-H ( fullness: 50x, active: 20x, emptiness: 10x ) - VGSC-SOMA-H ( full: 50x, active: 20x, empty: 10x )
# modulated_by: VGSC-SOMA-H-TUN # possible/actual # modulated_by: VGSC-SOMA-H-TUN # possible/actual
- VGSC-SOMA-M ( fullness: 50x, active: 20x, emptiness: 10x ) - VGSC-SOMA-M ( full: 50x, active: 20x, empty: 10x )
# modulated_by: VGSC-SOMA-M-TUN # possible/actual # modulated_by: VGSC-SOMA-M-TUN # possible/actual
- VGSC-SOMA-L ( fullness: 50x, active: 20x, emptiness: 10x ) - VGSC-SOMA-L ( full: 50x, active: 20x, empty: 10x )
# modulated_by: VGSC-SOMA-L-TUN # possible/actual # modulated_by: VGSC-SOMA-L-TUN # possible/actual
@@ -101,27 +101,27 @@ container: SOMA
### ms: SOMA ### ms: SOMA
#### SOMA-Status: check_tpc #### SOMA-Status: contextor
As dendrites deliver current (VDB), the soma acts like a capacitor. It "stores" this charge in the form of membrane potential. This contextualizes VGSC-SOMA to open ion channels that let Na+ ions in. As dendrites deliver current (VDB), the soma acts like a capacitor. It "stores" this charge in the form of membrane potential. This contextualizes VGSC-SOMA to open ion channels that let Na+ ions in.
This only applies if not ApCtx, or in other words, SOMA is not in refractory period. This only applies if not ApCtx, or in other words, SOMA is not in refractory period.
```Gen ```Gen
check_tpc: SOMA-Status SOMA-Status: ( active: 60x )
type: contextor
contained_by: SOMA contained_by: SOMA
rf: ( active: 60x )
in_context: any in_context: any
condition: ( VDB fullness ) AND NOT ApCtx condition: ( VDB fullness ) AND NOT AP_ctx
out_context: VDBMaxCtx out_context: VDBMax_Ctx
condition: ( VDB mediumness ) AND NOT ApCtx condition: ( VDB mediumness ) AND NOT AP_ctx
out_context: VDBMediumCtx out_context: VDBMedium_ctx
condition: ( VDB emptiness ) AND NOT ApCtx condition: ( VDB emptiness ) AND NOT Ap_ctx
out_context: VDBLowCtx out_context: VDBLow_ctx
condition: NOT ( Na empty ) condition: NOT ( Na empty )
out_context: NaSpill_ctx out_context: NaSpill_ctx
@@ -130,7 +130,7 @@ check_tpc: SOMA-Status
out_context: RefractorySoma_ctx out_context: RefractorySoma_ctx
``` ```
#### SomaSpike: check_tpc #### SomaSpike: contextor
Il fatto che mettiamo il check di AP separato dal check del Soma-Status, e' perche' vogliamo poter avere un RF specifico per AP, eventualmente tunabile. Il fatto che mettiamo il check di AP separato dal check del Soma-Status, e' perche' vogliamo poter avere un RF specifico per AP, eventualmente tunabile.
@@ -139,18 +139,17 @@ Qui siamo nella fase effettiva di spike, non refractory che viene dopo. Fa da co
La fullness di Na rappresenta il threshold e puo' essere modificato. La fullness di RefractorySoma rappresenta la lunghezza del refractory. La fullness di Na rappresenta il threshold e puo' essere modificato. La fullness di RefractorySoma rappresenta la lunghezza del refractory.
```Gen ```Gen
check_tpc: SomaSpike SomaSpike: ( active: 30x )
type: contextor
contained_by: SOMA contained_by: SOMA
rf: ( active: 30x )
in_context: any in_context: any
condition: ( Na fullness ) AND ( RefractorySoma emptiness )
condition: ( Na fullness ) AND ( RefractorySoma emptiness ) out_context: AP_ctx
out_context: ApCtx out_context: bAp_ctx
out_context: bApCtx
``` ```
#### ActiveAP: interacting #### ActiveAP: accumulator
Durante la fase effettiva di spike: Durante la fase effettiva di spike:
@@ -159,61 +158,266 @@ Durante la fase effettiva di spike:
- riempiamo Ca2+ per le tracce medio termine di potenziamento/depotenziamento. - riempiamo Ca2+ per le tracce medio termine di potenziamento/depotenziamento.
```Gen ```Gen
interacting: ActiveAP ActiveAP: ( active: 8x )
type: accumulator
contained_by: SOMA contained_by: SOMA
rf: ( active: 8x ) in_context: Ap_ctx
in_context: ApCtx hypothesis: NOT Na empty
action: [ decrease Na ]
trace:
hypothesis: NOT Na empty hypothesis: NOT RefractorySoma full
action: [ decrease Na ] action: [ increase RefractorySoma ]
trace: trace:
hypothesis: NOT RefractorySoma full hypothesis: NOT Ca2+ full
action: [ increase RefractorySoma ] action: [ increase Ca2+ ]
trace: trace:
hypothesis: NOT Ca2+ full
action: [ increase Ca2+ ]
trace:
``` ```
#### NaSpill: interacting #### NaSpill: accumulator
Questo potrebbe non servire se eliminiamo tutti Na durante ActiveAP. Questo potrebbe non servire se eliminiamo tutti Na durante ActiveAP.
```Gen ```Gen
interacting: NaSpill NaSpill: ( active: 8x )
type: accumulator
contained_by: SOMA contained_by: SOMA
rf: ( active: 8x )
in_context: NaSpill_ctx in_context: NaSpill_ctx
hypothesis: NOT ( Na emptiness )
hypothesis: NOT ( Na emptiness ) action: [ decrease Na ]
action: [ decrease Na ] trace:
trace:
``` ```
#### RefractorySomaSpill: interacting #### RefractorySomaSpill: accumulator
Lo spill deve essere piu' lento dell'increase che avviene in ActiveAP Lo spill deve essere piu' lento dell'increase che avviene in ActiveAP
```Gen ```Gen
interacting: RefractorySomaSpill RefractorySomaSpill: ( active: 16x )
type: accumulator
contained_by: SOMA contained_by: SOMA
rf: ( active: 16x )
in_context: RefractorySoma_ctx in_context: RefractorySoma_ctx
hypothesis: NOT ( RefractorySoma empty )
hypothesis: NOT ( RefractorySoma empty ) action: [ decrease RefractorySoma ]
action: [ decrease RefractorySoma ] trace:
trace:
``` ```
### sec: SOMA ### sec: SOMA
### min: SOMA ### min: SOMA
## VGSC-SOMA-H: container
Voltage Gated Sodium Channel: difficult to open (High)
```Gen
container: VGSC-SOMA-H
tub_local:
RefractoryH ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x )
tub_intricated:
Na ( contained_in: SOMA)
context_intricated:
VDBMaxCtx ( contained_by: SOMA )
```
### sec: VGSC-SOMA-H
#### VGSC-H_Status: contextor
Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella quale avviene l'episodio.
```Gen
VGSC-H_Status: ( active: 60x )
type: contextor
contained_by: VGSC-SOMA-H
in_context: any
condition: VDBMaxCtx AND ( RefractoryH emptiness )
out_context: NaEnterH_Ctx
condition: ( RefractoryH mediumness ) OR ( RefractoryH fullness )
out_context: RefractoryHSpill_ctx
```
#### NaEnterH: accumulator
Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo.
Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory
```Gen
NaEnterH: ( active: 1x )
type: accumulator
contained_by: VGSC-SOMA-H
in_context: NaEnterH_ctx
hypothesis: ( NOT Na full )
action: [ Na increase]
trace: None
hypothesis: ( NOT RefractoryH full )
action: [ RefractoryH increase ]
trace: None
```
#### RefractoryHSpill: accumulator
Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente)
```Gen
RefractoryHSpill: ( active: 1x )
type: accumulator
contained_by: VGSC-SOMA-H
in_context: RefractoryHSpill_ctx
hypothesis: NOT ( RefractoryH empty )
action: [ RefractoryH decrease ]
trace: None
```
## VGSC-SOMA-M: container
Voltage Gated Sodium Channel: less difficult to open (Medium)
```Gen
container: VGSC-SOMA-M
tub_local:
RefractoryM ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x )
tub_intricated:
Na ( contained_in: SOMA)
context_intricated:
VDBMedCtx ( contained_by: SOMA )
```
### sec: VGSC-SOMA-M
#### VGSC-M_TPC: contextor
Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella quale avviene l'episodio.
```Gen
VGSC-M_Status: ( active: 60x )
type: contextor
contained_by: VGSC-SOMA-M
in_context: VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx
condition: ( RefractoryH emptiness )
out_context: NaEnterM_Ctx
```
#### NaEnterM: accumulator
Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo.
Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory
```Gen
NaEnterM: ( active: 1x )
type: accumulator
contained_by: VGSC-SOMA-M
in_context: NaEnterM_ctx
hypothesis: ( NOT Na full )
action: [ Na increase]
trace: None
hypothesis: ( NOT RefractoryM full )
action: [ RefractoryH increase ]
trace: None
```
#### RefractoryMSpill: accumulator
Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente)
```Gen
RefractoryMSpill: ( active: 1x )
type: accumulator
contained_by: VGSC-SOMA-M
in_context: any
hypothesis: NOT ( RefractoryM empty )
action: [ RefractoryM decrease ]
trace: None
```
## VGSC-SOMA-L: container
Voltage Gated Sodium Channel: easy to open (Low)
```Gen
container: VGSC-SOMA-L
tub_local:
RefractoryL ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x )
tub_intricated:
Na ( contained_in: SOMA)
context_intricated:
VDBLowCtx ( contained_by: SOMA )
```
### sec: VGSC-SOMA-L
#### VGSC-L_TPC: contextor
Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio.
```Gen
VGSC-L_Status: ( active: 60x )
type: contextor
contained_by: VGSC-SOMA-L
in_context: VDBLowCtx OR VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx
condition: ( RefractoryH emptiness )
out_context: NaEnterL_ctx
```
#### NaEnterL: accumulator
Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo.
Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory
```Gen
NaEnterL: ( active: 1x )
type: accumulator
contained_by: VGSC-SOMA-L
in_context: NaEnterL_ctx
hypothesis: ( NOT Na full )
action: [ Na increase]
trace: None
hypothesis: ( NOT RefractoryL full )
action: [ RefractoryL increase ]
trace: None
```
#### RefractoryLSpill: accumulator
Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente)
```Gen
RefractoryLSpill: ( active: 1x )
type: accumulator
contained_by: VGSC-L-SOMA
in_context: any
hypothesis: NOT ( RefractoryL empty )
action: [ RefractoryL decrease ]
trace: None
```
#### VGSC-SOMA-TUN: Tuner #### VGSC-SOMA-TUN: Tuner
```Gen ```Gen
@@ -257,220 +461,3 @@ interacting: ?
action: action:
trace: trace:
``` ```
## VGSC-SOMA-H: container
Voltage Gated Sodium Channel: difficult to open (High)
```Gen
container: VGSC-SOMA-H
tub_local:
RefractoryH ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x )
tub_intricated:
Na ( contained_in: SOMA)
context_intricated:
VDBMaxCtx ( contained_by: SOMA )
```
### sec: VGSC-SOMA-H
#### VGSC-H_Status: check_tpc
Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella quale avviene l'episodio.
```Gen
check_tpc: VGSC-H_Status
contained_by: VGSC-SOMA-H
rf: ( active: 60x )
in_context: any
condition: VDBMaxCtx AND ( RefractoryH emptiness )
out_context: NaEnterH_Ctx
condition: ( RefractoryH mediumness ) OR ( RefractoryH fullness )
out_context: RefractoryHSpill_ctx
```
#### NaEnterH: interacting
Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo.
Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory
```Gen
interacting: NaEnterH
contained_by: VGSC-SOMA-H
in_context: NaEnterH_Ctx
rf: ( active: 1x )
hypothesis: ( NOT Na full )
action: [ Na increase]
trace: None
hypothesis: ( NOT RefractoryH full )
action: [ RefractoryH increase ]
trace: None
```
#### RefractoryHSpill: interacting
Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente)
```Gen
interacting: RefractoryHSpill
contained_by: VGSC-SOMA-H
rf: ( active: 1x )
in_context: RefractoryHSpill_ctx
hypothesis: NOT ( RefractoryH empty )
action: [ RefractoryH decrease ]
trace: None
```
## VGSC-SOMA-M: container
Voltage Gated Sodium Channel: less difficult to open (Medium)
```Gen
container: VGSC-SOMA-M
tub_local:
RefractoryM ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x )
tub_intricated:
Na ( contained_in: SOMA)
context_intricated:
VDBMedCtx ( contained_by: SOMA )
```
### sec: VGSC-SOMA-M
#### VGSC-M_TPC: check_Status
Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella quale avviene l'episodio.
```Gen
check_tpc: VGSC-M_Status
contained_by: VGSC-SOMA-M
rf: ( active: 60x )
in_context: VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx
condition: ( RefractoryH emptiness )
out_context: NaEnterM_Ctx
```
#### NaEnterM: interacting
Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo.
Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory
```Gen
interacting: NaEnterM
contained_by: VGSC-SOMA-M
rf: ( active: 1x )
in_context: NaEnterM_Ctx
hypothesis: ( NOT Na full )
action: [ Na increase]
trace: None
hypothesis: ( NOT RefractoryM full )
action: [ RefractoryH increase ]
trace: None
```
#### RefractoryMSpill: interacting
Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente)
```Gen
interacting: RefractoryMSpill
contained_by: VGSC-SOMA-M
rf: ( active: 1x )
in_context: any
hypothesis: NOT ( RefractoryM empty )
action: [ RefractoryM decrease ]
trace: None
```
## VGSC-SOMA-L: container
Voltage Gated Sodium Channel: easy to open (Low)
```Gen
container: VGSC-SOMA-L
tub_local:
RefractoryL ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x )
tub_intricated:
Na ( contained_in: SOMA)
context_intricated:
VDBLowCtx ( contained_by: SOMA )
```
### sec: VGSC-SOMA-L
#### VGSC-L_TPC: check_Status
Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio.
```Gen
check_tpc: VGSC-L_Status
contained_by: VGSC-SOMA-L
rf: ( active: 60x )
in_context: VDBLowCtx OR VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx
condition: ( RefractoryH emptiness )
out_context: NaEnterL_Ctx
```
#### NaEnterL: interacting
Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo.
Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory
```Gen
interacting: NaEnterL
contained_by: VGSC-SOMA-L
rf: ( active: 1x )
in_context: NaEnterL_Ctx
hypothesis: ( NOT Na full )
action: [ Na increase]
trace: None
hypothesis: ( NOT RefractoryL full )
action: [ RefractoryL increase ]
trace: None
```
#### RefractoryLSpill: interacting
Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente)
```Gen
interacting: RefractoryLSpill
contained_by: VGSC-L-SOMA
rf: ( active: 1x )
in_context: any
hypothesis: NOT ( RefractoryL empty )
action: [ RefractoryL decrease ]
trace: None
```