Edit soma.md
This commit is contained in:
Sergio Marchetti
+251
-264
@@ -79,13 +79,13 @@ Qui comprendiamo:
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||||
container: SOMA
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||||
expansion:
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||||
- VGSC-SOMA-H ( fullness: 50x, active: 20x, emptiness: 10x )
|
||||
- VGSC-SOMA-H ( full: 50x, active: 20x, empty: 10x )
|
||||
# modulated_by: VGSC-SOMA-H-TUN # possible/actual
|
||||
|
||||
- VGSC-SOMA-M ( fullness: 50x, active: 20x, emptiness: 10x )
|
||||
- VGSC-SOMA-M ( full: 50x, active: 20x, empty: 10x )
|
||||
# modulated_by: VGSC-SOMA-M-TUN # possible/actual
|
||||
|
||||
- VGSC-SOMA-L ( fullness: 50x, active: 20x, emptiness: 10x )
|
||||
- VGSC-SOMA-L ( full: 50x, active: 20x, empty: 10x )
|
||||
# modulated_by: VGSC-SOMA-L-TUN # possible/actual
|
||||
|
||||
|
||||
@@ -101,27 +101,27 @@ container: SOMA
|
||||
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||||
### ms: SOMA
|
||||
|
||||
#### SOMA-Status: check_tpc
|
||||
#### SOMA-Status: contextor
|
||||
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||||
As dendrites deliver current (VDB), the soma acts like a capacitor. It "stores" this charge in the form of membrane potential. This contextualizes VGSC-SOMA to open ion channels that let Na+ ions in.
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||||
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||||
This only applies if not ApCtx, or in other words, SOMA is not in refractory period.
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||||
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||||
```Gen
|
||||
check_tpc: SOMA-Status
|
||||
SOMA-Status: ( active: 60x )
|
||||
type: contextor
|
||||
contained_by: SOMA
|
||||
|
||||
rf: ( active: 60x )
|
||||
in_context: any
|
||||
|
||||
condition: ( VDB fullness ) AND NOT ApCtx
|
||||
out_context: VDBMaxCtx
|
||||
condition: ( VDB fullness ) AND NOT AP_ctx
|
||||
out_context: VDBMax_Ctx
|
||||
|
||||
condition: ( VDB mediumness ) AND NOT ApCtx
|
||||
out_context: VDBMediumCtx
|
||||
condition: ( VDB mediumness ) AND NOT AP_ctx
|
||||
out_context: VDBMedium_ctx
|
||||
|
||||
condition: ( VDB emptiness ) AND NOT ApCtx
|
||||
out_context: VDBLowCtx
|
||||
condition: ( VDB emptiness ) AND NOT Ap_ctx
|
||||
out_context: VDBLow_ctx
|
||||
|
||||
condition: NOT ( Na empty )
|
||||
out_context: NaSpill_ctx
|
||||
@@ -130,7 +130,7 @@ check_tpc: SOMA-Status
|
||||
out_context: RefractorySoma_ctx
|
||||
```
|
||||
|
||||
#### SomaSpike: check_tpc
|
||||
#### SomaSpike: contextor
|
||||
|
||||
Il fatto che mettiamo il check di AP separato dal check del Soma-Status, e' perche' vogliamo poter avere un RF specifico per AP, eventualmente tunabile.
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||||
|
||||
@@ -139,18 +139,17 @@ Qui siamo nella fase effettiva di spike, non refractory che viene dopo. Fa da co
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||||
La fullness di Na rappresenta il threshold e puo' essere modificato. La fullness di RefractorySoma rappresenta la lunghezza del refractory.
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||||
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||||
```Gen
|
||||
check_tpc: SomaSpike
|
||||
SomaSpike: ( active: 30x )
|
||||
type: contextor
|
||||
contained_by: SOMA
|
||||
|
||||
rf: ( active: 30x )
|
||||
in_context: any
|
||||
|
||||
condition: ( Na fullness ) AND ( RefractorySoma emptiness )
|
||||
out_context: ApCtx
|
||||
out_context: bApCtx
|
||||
condition: ( Na fullness ) AND ( RefractorySoma emptiness )
|
||||
out_context: AP_ctx
|
||||
out_context: bAp_ctx
|
||||
```
|
||||
|
||||
#### ActiveAP: interacting
|
||||
#### ActiveAP: accumulator
|
||||
|
||||
Durante la fase effettiva di spike:
|
||||
|
||||
@@ -159,61 +158,266 @@ Durante la fase effettiva di spike:
|
||||
- riempiamo Ca2+ per le tracce medio termine di potenziamento/depotenziamento.
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
interacting: ActiveAP
|
||||
ActiveAP: ( active: 8x )
|
||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: SOMA
|
||||
|
||||
rf: ( active: 8x )
|
||||
in_context: ApCtx
|
||||
in_context: Ap_ctx
|
||||
hypothesis: NOT Na empty
|
||||
action: [ decrease Na ]
|
||||
trace:
|
||||
|
||||
hypothesis: NOT Na empty
|
||||
action: [ decrease Na ]
|
||||
trace:
|
||||
hypothesis: NOT RefractorySoma full
|
||||
action: [ increase RefractorySoma ]
|
||||
trace:
|
||||
|
||||
hypothesis: NOT RefractorySoma full
|
||||
action: [ increase RefractorySoma ]
|
||||
trace:
|
||||
|
||||
hypothesis: NOT Ca2+ full
|
||||
action: [ increase Ca2+ ]
|
||||
trace:
|
||||
hypothesis: NOT Ca2+ full
|
||||
action: [ increase Ca2+ ]
|
||||
trace:
|
||||
```
|
||||
|
||||
#### NaSpill: interacting
|
||||
#### NaSpill: accumulator
|
||||
|
||||
Questo potrebbe non servire se eliminiamo tutti Na durante ActiveAP.
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
interacting: NaSpill
|
||||
NaSpill: ( active: 8x )
|
||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: SOMA
|
||||
|
||||
rf: ( active: 8x )
|
||||
in_context: NaSpill_ctx
|
||||
|
||||
hypothesis: NOT ( Na emptiness )
|
||||
action: [ decrease Na ]
|
||||
trace:
|
||||
hypothesis: NOT ( Na emptiness )
|
||||
action: [ decrease Na ]
|
||||
trace:
|
||||
```
|
||||
|
||||
#### RefractorySomaSpill: interacting
|
||||
#### RefractorySomaSpill: accumulator
|
||||
|
||||
Lo spill deve essere piu' lento dell'increase che avviene in ActiveAP
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
interacting: RefractorySomaSpill
|
||||
RefractorySomaSpill: ( active: 16x )
|
||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: SOMA
|
||||
|
||||
rf: ( active: 16x )
|
||||
in_context: RefractorySoma_ctx
|
||||
|
||||
hypothesis: NOT ( RefractorySoma empty )
|
||||
action: [ decrease RefractorySoma ]
|
||||
trace:
|
||||
hypothesis: NOT ( RefractorySoma empty )
|
||||
action: [ decrease RefractorySoma ]
|
||||
trace:
|
||||
```
|
||||
|
||||
### sec: SOMA
|
||||
|
||||
### min: SOMA
|
||||
|
||||
## VGSC-SOMA-H: container
|
||||
|
||||
Voltage Gated Sodium Channel: difficult to open (High)
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
container: VGSC-SOMA-H
|
||||
|
||||
tub_local:
|
||||
RefractoryH ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x )
|
||||
|
||||
tub_intricated:
|
||||
Na ( contained_in: SOMA)
|
||||
|
||||
context_intricated:
|
||||
VDBMaxCtx ( contained_by: SOMA )
|
||||
```
|
||||
|
||||
### sec: VGSC-SOMA-H
|
||||
|
||||
#### VGSC-H_Status: contextor
|
||||
|
||||
Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella quale avviene l'episodio.
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
VGSC-H_Status: ( active: 60x )
|
||||
type: contextor
|
||||
contained_by: VGSC-SOMA-H
|
||||
|
||||
in_context: any
|
||||
condition: VDBMaxCtx AND ( RefractoryH emptiness )
|
||||
out_context: NaEnterH_Ctx
|
||||
|
||||
condition: ( RefractoryH mediumness ) OR ( RefractoryH fullness )
|
||||
out_context: RefractoryHSpill_ctx
|
||||
```
|
||||
|
||||
#### NaEnterH: accumulator
|
||||
|
||||
Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo.
|
||||
Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
NaEnterH: ( active: 1x )
|
||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: VGSC-SOMA-H
|
||||
|
||||
in_context: NaEnterH_ctx
|
||||
hypothesis: ( NOT Na full )
|
||||
action: [ Na increase]
|
||||
trace: None
|
||||
|
||||
hypothesis: ( NOT RefractoryH full )
|
||||
action: [ RefractoryH increase ]
|
||||
trace: None
|
||||
```
|
||||
|
||||
#### RefractoryHSpill: accumulator
|
||||
|
||||
Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente)
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
RefractoryHSpill: ( active: 1x )
|
||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: VGSC-SOMA-H
|
||||
|
||||
in_context: RefractoryHSpill_ctx
|
||||
hypothesis: NOT ( RefractoryH empty )
|
||||
action: [ RefractoryH decrease ]
|
||||
trace: None
|
||||
```
|
||||
|
||||
## VGSC-SOMA-M: container
|
||||
|
||||
Voltage Gated Sodium Channel: less difficult to open (Medium)
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
container: VGSC-SOMA-M
|
||||
|
||||
tub_local:
|
||||
RefractoryM ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x )
|
||||
|
||||
tub_intricated:
|
||||
Na ( contained_in: SOMA)
|
||||
|
||||
context_intricated:
|
||||
VDBMedCtx ( contained_by: SOMA )
|
||||
```
|
||||
|
||||
### sec: VGSC-SOMA-M
|
||||
|
||||
#### VGSC-M_TPC: contextor
|
||||
|
||||
Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella quale avviene l'episodio.
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
VGSC-M_Status: ( active: 60x )
|
||||
type: contextor
|
||||
contained_by: VGSC-SOMA-M
|
||||
|
||||
in_context: VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx
|
||||
condition: ( RefractoryH emptiness )
|
||||
out_context: NaEnterM_Ctx
|
||||
```
|
||||
|
||||
#### NaEnterM: accumulator
|
||||
|
||||
Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo.
|
||||
Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
NaEnterM: ( active: 1x )
|
||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: VGSC-SOMA-M
|
||||
|
||||
in_context: NaEnterM_ctx
|
||||
hypothesis: ( NOT Na full )
|
||||
action: [ Na increase]
|
||||
trace: None
|
||||
|
||||
hypothesis: ( NOT RefractoryM full )
|
||||
action: [ RefractoryH increase ]
|
||||
trace: None
|
||||
```
|
||||
|
||||
#### RefractoryMSpill: accumulator
|
||||
|
||||
Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente)
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
RefractoryMSpill: ( active: 1x )
|
||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: VGSC-SOMA-M
|
||||
|
||||
in_context: any
|
||||
hypothesis: NOT ( RefractoryM empty )
|
||||
action: [ RefractoryM decrease ]
|
||||
trace: None
|
||||
```
|
||||
|
||||
## VGSC-SOMA-L: container
|
||||
|
||||
Voltage Gated Sodium Channel: easy to open (Low)
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
container: VGSC-SOMA-L
|
||||
|
||||
tub_local:
|
||||
RefractoryL ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x )
|
||||
|
||||
tub_intricated:
|
||||
Na ( contained_in: SOMA)
|
||||
|
||||
context_intricated:
|
||||
VDBLowCtx ( contained_by: SOMA )
|
||||
```
|
||||
|
||||
### sec: VGSC-SOMA-L
|
||||
|
||||
#### VGSC-L_TPC: contextor
|
||||
|
||||
Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio.
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
VGSC-L_Status: ( active: 60x )
|
||||
type: contextor
|
||||
contained_by: VGSC-SOMA-L
|
||||
|
||||
in_context: VDBLowCtx OR VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx
|
||||
condition: ( RefractoryH emptiness )
|
||||
out_context: NaEnterL_ctx
|
||||
```
|
||||
|
||||
#### NaEnterL: accumulator
|
||||
|
||||
Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo.
|
||||
Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
NaEnterL: ( active: 1x )
|
||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: VGSC-SOMA-L
|
||||
|
||||
in_context: NaEnterL_ctx
|
||||
hypothesis: ( NOT Na full )
|
||||
action: [ Na increase]
|
||||
trace: None
|
||||
|
||||
hypothesis: ( NOT RefractoryL full )
|
||||
action: [ RefractoryL increase ]
|
||||
trace: None
|
||||
```
|
||||
|
||||
#### RefractoryLSpill: accumulator
|
||||
|
||||
Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente)
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
RefractoryLSpill: ( active: 1x )
|
||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: VGSC-L-SOMA
|
||||
|
||||
in_context: any
|
||||
hypothesis: NOT ( RefractoryL empty )
|
||||
action: [ RefractoryL decrease ]
|
||||
trace: None
|
||||
```
|
||||
|
||||
|
||||
#### VGSC-SOMA-TUN: Tuner
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
@@ -257,220 +461,3 @@ interacting: ?
|
||||
action:
|
||||
trace:
|
||||
```
|
||||
|
||||
## VGSC-SOMA-H: container
|
||||
|
||||
Voltage Gated Sodium Channel: difficult to open (High)
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
container: VGSC-SOMA-H
|
||||
|
||||
tub_local:
|
||||
RefractoryH ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x )
|
||||
|
||||
tub_intricated:
|
||||
Na ( contained_in: SOMA)
|
||||
|
||||
context_intricated:
|
||||
VDBMaxCtx ( contained_by: SOMA )
|
||||
```
|
||||
|
||||
### sec: VGSC-SOMA-H
|
||||
|
||||
#### VGSC-H_Status: check_tpc
|
||||
|
||||
Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella quale avviene l'episodio.
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
check_tpc: VGSC-H_Status
|
||||
|
||||
contained_by: VGSC-SOMA-H
|
||||
|
||||
rf: ( active: 60x )
|
||||
in_context: any
|
||||
|
||||
condition: VDBMaxCtx AND ( RefractoryH emptiness )
|
||||
out_context: NaEnterH_Ctx
|
||||
|
||||
condition: ( RefractoryH mediumness ) OR ( RefractoryH fullness )
|
||||
out_context: RefractoryHSpill_ctx
|
||||
```
|
||||
|
||||
#### NaEnterH: interacting
|
||||
|
||||
Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo.
|
||||
Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
interacting: NaEnterH
|
||||
contained_by: VGSC-SOMA-H
|
||||
|
||||
in_context: NaEnterH_Ctx
|
||||
rf: ( active: 1x )
|
||||
|
||||
hypothesis: ( NOT Na full )
|
||||
action: [ Na increase]
|
||||
trace: None
|
||||
|
||||
hypothesis: ( NOT RefractoryH full )
|
||||
action: [ RefractoryH increase ]
|
||||
trace: None
|
||||
```
|
||||
|
||||
#### RefractoryHSpill: interacting
|
||||
|
||||
Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente)
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
interacting: RefractoryHSpill
|
||||
contained_by: VGSC-SOMA-H
|
||||
|
||||
rf: ( active: 1x )
|
||||
in_context: RefractoryHSpill_ctx
|
||||
|
||||
hypothesis: NOT ( RefractoryH empty )
|
||||
action: [ RefractoryH decrease ]
|
||||
trace: None
|
||||
```
|
||||
|
||||
## VGSC-SOMA-M: container
|
||||
|
||||
Voltage Gated Sodium Channel: less difficult to open (Medium)
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
container: VGSC-SOMA-M
|
||||
|
||||
tub_local:
|
||||
RefractoryM ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x )
|
||||
|
||||
tub_intricated:
|
||||
Na ( contained_in: SOMA)
|
||||
|
||||
context_intricated:
|
||||
VDBMedCtx ( contained_by: SOMA )
|
||||
```
|
||||
|
||||
### sec: VGSC-SOMA-M
|
||||
|
||||
#### VGSC-M_TPC: check_Status
|
||||
|
||||
Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella quale avviene l'episodio.
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
check_tpc: VGSC-M_Status
|
||||
contained_by: VGSC-SOMA-M
|
||||
|
||||
rf: ( active: 60x )
|
||||
in_context: VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx
|
||||
|
||||
condition: ( RefractoryH emptiness )
|
||||
out_context: NaEnterM_Ctx
|
||||
```
|
||||
|
||||
#### NaEnterM: interacting
|
||||
|
||||
Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo.
|
||||
Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
interacting: NaEnterM
|
||||
contained_by: VGSC-SOMA-M
|
||||
|
||||
rf: ( active: 1x )
|
||||
in_context: NaEnterM_Ctx
|
||||
|
||||
hypothesis: ( NOT Na full )
|
||||
action: [ Na increase]
|
||||
trace: None
|
||||
|
||||
hypothesis: ( NOT RefractoryM full )
|
||||
action: [ RefractoryH increase ]
|
||||
trace: None
|
||||
```
|
||||
|
||||
#### RefractoryMSpill: interacting
|
||||
|
||||
Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente)
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
interacting: RefractoryMSpill
|
||||
contained_by: VGSC-SOMA-M
|
||||
|
||||
rf: ( active: 1x )
|
||||
in_context: any
|
||||
|
||||
hypothesis: NOT ( RefractoryM empty )
|
||||
action: [ RefractoryM decrease ]
|
||||
trace: None
|
||||
```
|
||||
|
||||
## VGSC-SOMA-L: container
|
||||
|
||||
Voltage Gated Sodium Channel: easy to open (Low)
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```Gen
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container: VGSC-SOMA-L
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tub_local:
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RefractoryL ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x )
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tub_intricated:
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Na ( contained_in: SOMA)
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context_intricated:
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VDBLowCtx ( contained_by: SOMA )
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```
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### sec: VGSC-SOMA-L
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#### VGSC-L_TPC: check_Status
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Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio.
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```Gen
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check_tpc: VGSC-L_Status
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contained_by: VGSC-SOMA-L
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rf: ( active: 60x )
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in_context: VDBLowCtx OR VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx
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condition: ( RefractoryH emptiness )
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out_context: NaEnterL_Ctx
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```
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#### NaEnterL: interacting
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Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo.
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Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory
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```Gen
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interacting: NaEnterL
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contained_by: VGSC-SOMA-L
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rf: ( active: 1x )
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in_context: NaEnterL_Ctx
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hypothesis: ( NOT Na full )
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action: [ Na increase]
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trace: None
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hypothesis: ( NOT RefractoryL full )
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action: [ RefractoryL increase ]
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trace: None
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```
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#### RefractoryLSpill: interacting
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Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente)
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```Gen
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interacting: RefractoryLSpill
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contained_by: VGSC-L-SOMA
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rf: ( active: 1x )
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in_context: any
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hypothesis: NOT ( RefractoryL empty )
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action: [ RefractoryL decrease ]
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trace: None
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```
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