diff --git a/neuron/soma.md b/neuron/soma.md index b46d2ca..2193614 100644 --- a/neuron/soma.md +++ b/neuron/soma.md @@ -79,13 +79,13 @@ Qui comprendiamo: container: SOMA expansion: - - VGSC-SOMA-H ( fullness: 50x, active: 20x, emptiness: 10x ) + - VGSC-SOMA-H ( full: 50x, active: 20x, empty: 10x ) # modulated_by: VGSC-SOMA-H-TUN # possible/actual - - VGSC-SOMA-M ( fullness: 50x, active: 20x, emptiness: 10x ) + - VGSC-SOMA-M ( full: 50x, active: 20x, empty: 10x ) # modulated_by: VGSC-SOMA-M-TUN # possible/actual - - VGSC-SOMA-L ( fullness: 50x, active: 20x, emptiness: 10x ) + - VGSC-SOMA-L ( full: 50x, active: 20x, empty: 10x ) # modulated_by: VGSC-SOMA-L-TUN # possible/actual @@ -101,27 +101,27 @@ container: SOMA ### ms: SOMA -#### SOMA-Status: check_tpc +#### SOMA-Status: contextor As dendrites deliver current (VDB​), the soma acts like a capacitor. It "stores" this charge in the form of membrane potential. This contextualizes VGSC-SOMA to open ion channels that let Na+ ions in. This only applies if not ApCtx, or in other words, SOMA is not in refractory period. ```Gen -check_tpc: SOMA-Status +SOMA-Status: ( active: 60x ) + type: contextor contained_by: SOMA - rf: ( active: 60x ) in_context: any - condition: ( VDB fullness ) AND NOT ApCtx - out_context: VDBMaxCtx + condition: ( VDB fullness ) AND NOT AP_ctx + out_context: VDBMax_Ctx - condition: ( VDB mediumness ) AND NOT ApCtx - out_context: VDBMediumCtx + condition: ( VDB mediumness ) AND NOT AP_ctx + out_context: VDBMedium_ctx - condition: ( VDB emptiness ) AND NOT ApCtx - out_context: VDBLowCtx + condition: ( VDB emptiness ) AND NOT Ap_ctx + out_context: VDBLow_ctx condition: NOT ( Na empty ) out_context: NaSpill_ctx @@ -130,7 +130,7 @@ check_tpc: SOMA-Status out_context: RefractorySoma_ctx ``` -#### SomaSpike: check_tpc +#### SomaSpike: contextor Il fatto che mettiamo il check di AP separato dal check del Soma-Status, e' perche' vogliamo poter avere un RF specifico per AP, eventualmente tunabile. @@ -139,18 +139,17 @@ Qui siamo nella fase effettiva di spike, non refractory che viene dopo. Fa da co La fullness di Na rappresenta il threshold e puo' essere modificato. La fullness di RefractorySoma rappresenta la lunghezza del refractory. ```Gen -check_tpc: SomaSpike +SomaSpike: ( active: 30x ) + type: contextor contained_by: SOMA - rf: ( active: 30x ) in_context: any - - condition: ( Na fullness ) AND ( RefractorySoma emptiness ) - out_context: ApCtx - out_context: bApCtx + condition: ( Na fullness ) AND ( RefractorySoma emptiness ) + out_context: AP_ctx + out_context: bAp_ctx ``` -#### ActiveAP: interacting +#### ActiveAP: accumulator Durante la fase effettiva di spike: @@ -159,61 +158,266 @@ Durante la fase effettiva di spike: - riempiamo Ca2+ per le tracce medio termine di potenziamento/depotenziamento. ```Gen -interacting: ActiveAP +ActiveAP: ( active: 8x ) + type: accumulator contained_by: SOMA - rf: ( active: 8x ) - in_context: ApCtx + in_context: Ap_ctx + hypothesis: NOT Na empty + action: [ decrease Na ] + trace: - hypothesis: NOT Na empty - action: [ decrease Na ] - trace: + hypothesis: NOT RefractorySoma full + action: [ increase RefractorySoma ] + trace: - hypothesis: NOT RefractorySoma full - action: [ increase RefractorySoma ] - trace: - - hypothesis: NOT Ca2+ full - action: [ increase Ca2+ ] - trace: + hypothesis: NOT Ca2+ full + action: [ increase Ca2+ ] + trace: ``` -#### NaSpill: interacting +#### NaSpill: accumulator Questo potrebbe non servire se eliminiamo tutti Na durante ActiveAP. ```Gen -interacting: NaSpill +NaSpill: ( active: 8x ) + type: accumulator contained_by: SOMA - rf: ( active: 8x ) in_context: NaSpill_ctx - - hypothesis: NOT ( Na emptiness ) - action: [ decrease Na ] - trace: + hypothesis: NOT ( Na emptiness ) + action: [ decrease Na ] + trace: ``` -#### RefractorySomaSpill: interacting +#### RefractorySomaSpill: accumulator Lo spill deve essere piu' lento dell'increase che avviene in ActiveAP ```Gen -interacting: RefractorySomaSpill +RefractorySomaSpill: ( active: 16x ) + type: accumulator contained_by: SOMA - rf: ( active: 16x ) in_context: RefractorySoma_ctx - - hypothesis: NOT ( RefractorySoma empty ) - action: [ decrease RefractorySoma ] - trace: + hypothesis: NOT ( RefractorySoma empty ) + action: [ decrease RefractorySoma ] + trace: ``` ### sec: SOMA ### min: SOMA +## VGSC-SOMA-H: container + +Voltage Gated Sodium Channel: difficult to open (High) + +```Gen +container: VGSC-SOMA-H + + tub_local: + RefractoryH ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x ) + + tub_intricated: + Na ( contained_in: SOMA) + + context_intricated: + VDBMaxCtx ( contained_by: SOMA ) +``` + +### sec: VGSC-SOMA-H + +#### VGSC-H_Status: contextor + +Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella quale avviene l'episodio. + +```Gen +VGSC-H_Status: ( active: 60x ) + type: contextor + contained_by: VGSC-SOMA-H + + in_context: any + condition: VDBMaxCtx AND ( RefractoryH emptiness ) + out_context: NaEnterH_Ctx + + condition: ( RefractoryH mediumness ) OR ( RefractoryH fullness ) + out_context: RefractoryHSpill_ctx +``` + +#### NaEnterH: accumulator + +Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo. +Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory + +```Gen +NaEnterH: ( active: 1x ) + type: accumulator + contained_by: VGSC-SOMA-H + + in_context: NaEnterH_ctx + hypothesis: ( NOT Na full ) + action: [ Na increase] + trace: None + + hypothesis: ( NOT RefractoryH full ) + action: [ RefractoryH increase ] + trace: None +``` + +#### RefractoryHSpill: accumulator + +Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente) + +```Gen +RefractoryHSpill: ( active: 1x ) + type: accumulator + contained_by: VGSC-SOMA-H + + in_context: RefractoryHSpill_ctx + hypothesis: NOT ( RefractoryH empty ) + action: [ RefractoryH decrease ] + trace: None +``` + +## VGSC-SOMA-M: container + +Voltage Gated Sodium Channel: less difficult to open (Medium) + +```Gen +container: VGSC-SOMA-M + + tub_local: + RefractoryM ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x ) + + tub_intricated: + Na ( contained_in: SOMA) + + context_intricated: + VDBMedCtx ( contained_by: SOMA ) +``` + +### sec: VGSC-SOMA-M + +#### VGSC-M_TPC: contextor + +Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella quale avviene l'episodio. + +```Gen +VGSC-M_Status: ( active: 60x ) + type: contextor + contained_by: VGSC-SOMA-M + + in_context: VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx + condition: ( RefractoryH emptiness ) + out_context: NaEnterM_Ctx +``` + +#### NaEnterM: accumulator + +Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo. +Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory + +```Gen +NaEnterM: ( active: 1x ) + type: accumulator + contained_by: VGSC-SOMA-M + + in_context: NaEnterM_ctx + hypothesis: ( NOT Na full ) + action: [ Na increase] + trace: None + + hypothesis: ( NOT RefractoryM full ) + action: [ RefractoryH increase ] + trace: None +``` + +#### RefractoryMSpill: accumulator + +Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente) + +```Gen +RefractoryMSpill: ( active: 1x ) + type: accumulator + contained_by: VGSC-SOMA-M + + in_context: any + hypothesis: NOT ( RefractoryM empty ) + action: [ RefractoryM decrease ] + trace: None +``` + +## VGSC-SOMA-L: container + +Voltage Gated Sodium Channel: easy to open (Low) + +```Gen +container: VGSC-SOMA-L + + tub_local: + RefractoryL ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x ) + + tub_intricated: + Na ( contained_in: SOMA) + + context_intricated: + VDBLowCtx ( contained_by: SOMA ) +``` + +### sec: VGSC-SOMA-L + +#### VGSC-L_TPC: contextor + +Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio. + +```Gen +VGSC-L_Status: ( active: 60x ) + type: contextor + contained_by: VGSC-SOMA-L + + in_context: VDBLowCtx OR VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx + condition: ( RefractoryH emptiness ) + out_context: NaEnterL_ctx +``` + +#### NaEnterL: accumulator + +Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo. +Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory + +```Gen +NaEnterL: ( active: 1x ) + type: accumulator + contained_by: VGSC-SOMA-L + + in_context: NaEnterL_ctx + hypothesis: ( NOT Na full ) + action: [ Na increase] + trace: None + + hypothesis: ( NOT RefractoryL full ) + action: [ RefractoryL increase ] + trace: None +``` + +#### RefractoryLSpill: accumulator + +Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente) + +```Gen +RefractoryLSpill: ( active: 1x ) + type: accumulator + contained_by: VGSC-L-SOMA + + in_context: any + hypothesis: NOT ( RefractoryL empty ) + action: [ RefractoryL decrease ] + trace: None +``` + + #### VGSC-SOMA-TUN: Tuner ```Gen @@ -257,220 +461,3 @@ interacting: ? action: trace: ``` - -## VGSC-SOMA-H: container - -Voltage Gated Sodium Channel: difficult to open (High) - -```Gen -container: VGSC-SOMA-H - - tub_local: - RefractoryH ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x ) - - tub_intricated: - Na ( contained_in: SOMA) - - context_intricated: - VDBMaxCtx ( contained_by: SOMA ) -``` - -### sec: VGSC-SOMA-H - -#### VGSC-H_Status: check_tpc - -Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella quale avviene l'episodio. - -```Gen -check_tpc: VGSC-H_Status - - contained_by: VGSC-SOMA-H - - rf: ( active: 60x ) - in_context: any - - condition: VDBMaxCtx AND ( RefractoryH emptiness ) - out_context: NaEnterH_Ctx - - condition: ( RefractoryH mediumness ) OR ( RefractoryH fullness ) - out_context: RefractoryHSpill_ctx -``` - -#### NaEnterH: interacting - -Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo. -Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory - -```Gen -interacting: NaEnterH - contained_by: VGSC-SOMA-H - - in_context: NaEnterH_Ctx - rf: ( active: 1x ) - - hypothesis: ( NOT Na full ) - action: [ Na increase] - trace: None - - hypothesis: ( NOT RefractoryH full ) - action: [ RefractoryH increase ] - trace: None -``` - -#### RefractoryHSpill: interacting - -Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente) - -```Gen -interacting: RefractoryHSpill - contained_by: VGSC-SOMA-H - - rf: ( active: 1x ) - in_context: RefractoryHSpill_ctx - - hypothesis: NOT ( RefractoryH empty ) - action: [ RefractoryH decrease ] - trace: None -``` - -## VGSC-SOMA-M: container - -Voltage Gated Sodium Channel: less difficult to open (Medium) - -```Gen -container: VGSC-SOMA-M - - tub_local: - RefractoryM ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x ) - - tub_intricated: - Na ( contained_in: SOMA) - - context_intricated: - VDBMedCtx ( contained_by: SOMA ) -``` - -### sec: VGSC-SOMA-M - -#### VGSC-M_TPC: check_Status - -Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella quale avviene l'episodio. - -```Gen -check_tpc: VGSC-M_Status - contained_by: VGSC-SOMA-M - - rf: ( active: 60x ) - in_context: VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx - - condition: ( RefractoryH emptiness ) - out_context: NaEnterM_Ctx -``` - -#### NaEnterM: interacting - -Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo. -Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory - -```Gen -interacting: NaEnterM - contained_by: VGSC-SOMA-M - - rf: ( active: 1x ) - in_context: NaEnterM_Ctx - - hypothesis: ( NOT Na full ) - action: [ Na increase] - trace: None - - hypothesis: ( NOT RefractoryM full ) - action: [ RefractoryH increase ] - trace: None -``` - -#### RefractoryMSpill: interacting - -Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente) - -```Gen -interacting: RefractoryMSpill - contained_by: VGSC-SOMA-M - - rf: ( active: 1x ) - in_context: any - - hypothesis: NOT ( RefractoryM empty ) - action: [ RefractoryM decrease ] - trace: None -``` - -## VGSC-SOMA-L: container - -Voltage Gated Sodium Channel: easy to open (Low) - -```Gen -container: VGSC-SOMA-L - - tub_local: - RefractoryL ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x ) - - tub_intricated: - Na ( contained_in: SOMA) - - context_intricated: - VDBLowCtx ( contained_by: SOMA ) -``` - -### sec: VGSC-SOMA-L - -#### VGSC-L_TPC: check_Status - -Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio. - -```Gen -check_tpc: VGSC-L_Status - contained_by: VGSC-SOMA-L - - rf: ( active: 60x ) - in_context: VDBLowCtx OR VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx - - condition: ( RefractoryH emptiness ) - out_context: NaEnterL_Ctx -``` - -#### NaEnterL: interacting - -Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo. -Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory - -```Gen -interacting: NaEnterL - contained_by: VGSC-SOMA-L - - rf: ( active: 1x ) - in_context: NaEnterL_Ctx - - hypothesis: ( NOT Na full ) - action: [ Na increase] - trace: None - - hypothesis: ( NOT RefractoryL full ) - action: [ RefractoryL increase ] - trace: None -``` - -#### RefractoryLSpill: interacting - -Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente) - -```Gen -interacting: RefractoryLSpill - contained_by: VGSC-L-SOMA - - rf: ( active: 1x ) - in_context: any - - hypothesis: NOT ( RefractoryL empty ) - action: [ RefractoryL decrease ] - trace: None -```