ocrampal/organism
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Sergio Marchetti
2026-05-12 22:47:38 +02:00
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neuron/soma.md
+70 -77
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@@ -48,7 +48,7 @@ Qui comprendiamo:
- increase Ca2+ traces - increase Ca2+ traces
- decrease Na: fast pump which decreases Na+, we do not model K+ - decrease Na: fast pump which decreases Na+, we do not model K+
-- there is a tug of war between Na entering and exiting. Na can reach fullness only if VDB increases fast (derivative) -- there is a tug of war between Na entering and exiting. Na can reach fullness only if VDB increases fast (derivative)
- there are 2 context: ApCtx and RefractorySoma imlemented with timers and tunable - there are 2 context: ApCtx and SomaRefractory imlemented with timers and tunable
- decrease SpikeTraintraces slow, only if away from spiketrain this is empty - decrease SpikeTraintraces slow, only if away from spiketrain this is empty
- Tune: - Tune:
@@ -75,7 +75,7 @@ Qui comprendiamo:
- **SpikeTrainTraces**: sono le tracce che consentono al neurone di far partire il Tuning neuronale, quando e' lontano da uno spike-train, ovvero e' in riposo. - **SpikeTrainTraces**: sono le tracce che consentono al neurone di far partire il Tuning neuronale, quando e' lontano da uno spike-train, ovvero e' in riposo.
- **RefractorySoma**: tracce di refractory - **SomaRefractory**: tracce di refractory
--- ---
@@ -94,7 +94,7 @@ container: SOMA
- VDB - VDB
- Na - Na
- Ca2+ - Ca2+
- RefractorySoma - SomaRefractory
tub_intricated: tub_intricated:
- SpikeTrainTraces ( contained_in: DAY-N ) - SpikeTrainTraces ( contained_in: DAY-N )
@@ -102,7 +102,7 @@ container: SOMA
### ms: SOMA ### ms: SOMA
#### SOMA-Status: contextor #### SOMA-Status: ( active: 60x ) contextor
As dendrites deliver current (VDB​), the soma acts like a capacitor. It "stores" this charge in the form of membrane potential. This contextualizes VGSC-SOMA to open ion channels that let Na+ ions in. As dendrites deliver current (VDB​), the soma acts like a capacitor. It "stores" this charge in the form of membrane potential. This contextualizes VGSC-SOMA to open ion channels that let Na+ ions in.
@@ -125,18 +125,15 @@ SOMA-Status: ( active: 60x )
condition: NOT ( Na empty ) condition: NOT ( Na empty )
out_context: NaSpill_ctx out_context: NaSpill_ctx
condition: NOT ( RefractorySoma empty )
out_context: RefractorySoma_ctx
``` ```
#### SomaSpike: contextor #### SomaSpike: ( active: 30x ) contextor
Il fatto che mettiamo il check di AP separato dal check del Soma-Status, e' perche' vogliamo poter avere un RF specifico per AP, eventualmente tunabile. Il fatto che mettiamo il check di AP separato dal check del Soma-Status, e' perche' vogliamo poter avere un RF specifico per AP, eventualmente tunabile.
Qui siamo nella fase effettiva di spike, non refractory che viene dopo. Fa da contesto di durata fra un RF ed un altro. Qui siamo nella fase effettiva di spike, non refractory che viene dopo. Fa da contesto di durata fra un RF ed un altro.
La fullness di Na rappresenta il threshold e puo' essere modificato. La fullness di RefractorySoma rappresenta la lunghezza del refractory. La fullness di Na rappresenta il threshold e puo' essere modificato. La fullness di SomaRefractory rappresenta la lunghezza del refractory.
```Gen ```Gen
SomaSpike: ( active: 30x ) SomaSpike: ( active: 30x )
@@ -144,17 +141,17 @@ SomaSpike: ( active: 30x )
contained_by: SOMA contained_by: SOMA
in_context: any in_context: any
condition: ( Na fullness ) AND ( RefractorySoma emptiness ) condition: ( Na fullness ) AND ( SomaRefractory emptiness )
out_context: AP_ctx out_context: AP_ctx
out_context: bAp_ctx out_context: bAp_ctx
``` ```
#### ActiveAP: accumulator #### ActiveAP: ( active: 8x ) accumulator
Durante la fase effettiva di spike: Durante la fase effettiva di spike:
- eliminiamo Na accumulati. Qui ad un RF molto maggiore che con NaSpill. In teoria qui dovremmo eliminare tutti gli Na e NaSpill potrebbe non servire. - eliminiamo Na accumulati. Qui ad un RF molto maggiore che con NaSpill. In teoria qui dovremmo eliminare tutti gli Na e NaSpill potrebbe non servire.
- riempiamo RefractorySoma per fase di refractory - riempiamo SomaRefractory per fase di refractory
- riempiamo Ca2+ per le tracce medio termine di potenziamento/depotenziamento. - riempiamo Ca2+ per le tracce medio termine di potenziamento/depotenziamento.
```Gen ```Gen
@@ -167,8 +164,8 @@ ActiveAP: ( active: 8x )
action: [ decrease Na ] action: [ decrease Na ]
trace: trace:
hypothesis: NOT RefractorySoma full hypothesis: NOT SomaRefractory full
action: [ increase RefractorySoma ] action: [ increase SomaRefractory ]
trace: trace:
hypothesis: NOT Ca2+ full hypothesis: NOT Ca2+ full
@@ -176,7 +173,7 @@ ActiveAP: ( active: 8x )
trace: trace:
``` ```
#### NaSpill: accumulator #### NaSpill: ( active: 8x ) accumulator
Questo potrebbe non servire se eliminiamo tutti Na durante ActiveAP. Questo potrebbe non servire se eliminiamo tutti Na durante ActiveAP.
@@ -191,23 +188,21 @@ NaSpill: ( active: 8x )
trace: trace:
``` ```
#### RefractorySomaSpill: accumulator #### SomaRefractorySpill: ( active: 16x ) accumulator
Lo spill deve essere piu' lento dell'increase che avviene in ActiveAP Lo spill deve essere piu' lento dell'increase che avviene in ActiveAP
```Gen ```Gen
RefractorySomaSpill: ( active: 16x ) SomaRefractorySpill: ( active: 16x )
type: accumulator type: accumulator
contained_by: SOMA contained_by: SOMA
in_context: RefractorySoma_ctx in_context: any
hypothesis: NOT ( RefractorySoma empty ) hypothesis: NOT ( SomaRefractory empty )
action: [ decrease RefractorySoma ] action: [ decrease SomaRefractory ]
trace: trace:
``` ```
### sec: SOMA
### min: SOMA ### min: SOMA
## VGSC-SOMA-H: container ## VGSC-SOMA-H: container
@@ -218,7 +213,7 @@ Voltage Gated Sodium Channel: difficult to open (High)
container: VGSC-SOMA-H container: VGSC-SOMA-H
tub_local: tub_local:
RefractoryH ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x ) VGSCRefractoryH ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x )
tub_intricated: tub_intricated:
Na ( contained_in: SOMA) Na ( contained_in: SOMA)
@@ -229,9 +224,9 @@ container: VGSC-SOMA-H
### sec: VGSC-SOMA-H ### sec: VGSC-SOMA-H
#### VGSC-H_Status: contextor #### VGSC-H_Status: ( active: 60x ) contextor
Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella quale avviene l'episodio. Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di VGSCRefractory. Questo perche' e' un era nella quale avviene l'episodio.
```Gen ```Gen
VGSC-H_Status: ( active: 60x ) VGSC-H_Status: ( active: 60x )
@@ -239,14 +234,14 @@ VGSC-H_Status: ( active: 60x )
contained_by: VGSC-SOMA-H contained_by: VGSC-SOMA-H
in_context: any in_context: any
condition: VDBMaxCtx AND ( RefractoryH emptiness ) condition: VDBMaxCtx AND ( VGSCRefractoryH emptiness )
out_context: NaEnterH_Ctx out_context: NaEnterH_Ctx
condition: ( RefractoryH mediumness ) OR ( RefractoryH fullness ) condition: ( VGSCRefractoryH mediumness ) OR ( VGSCRefractoryH fullness )
out_context: RefractoryHSpill_ctx out_context: VGSCRefractoryHSpill_ctx
``` ```
#### NaEnterH: accumulator #### NaEnterH: ( active: 1x ) accumulator
Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo. Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo.
Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory
@@ -261,23 +256,23 @@ NaEnterH: ( active: 1x )
action: [ Na increase] action: [ Na increase]
trace: None trace: None
hypothesis: ( NOT RefractoryH full ) hypothesis: ( NOT VGSCRefractoryH full )
action: [ RefractoryH increase ] action: [ VGSCRefractoryH increase ]
trace: None trace: None
``` ```
#### RefractoryHSpill: accumulator #### VGSCRefractoryHSpill: ( active: 1x ) accumulator
Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente) Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa VGSCRefractoryH (interactor precedente)
```Gen ```Gen
RefractoryHSpill: ( active: 1x ) VGSCRefractoryHSpill: ( active: 1x )
type: accumulator type: accumulator
contained_by: VGSC-SOMA-H contained_by: VGSC-SOMA-H
in_context: RefractoryHSpill_ctx in_context: VGSCRefractoryHSpill_ctx
hypothesis: NOT ( RefractoryH empty ) hypothesis: NOT ( VGSCRefractoryH empty )
action: [ RefractoryH decrease ] action: [ VGSCRefractoryH decrease ]
trace: None trace: None
``` ```
@@ -289,7 +284,7 @@ Voltage Gated Sodium Channel: less difficult to open (Medium)
container: VGSC-SOMA-M container: VGSC-SOMA-M
tub_local: tub_local:
RefractoryM ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x ) VGSCRefractoryM ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x )
tub_intricated: tub_intricated:
Na ( contained_in: SOMA) Na ( contained_in: SOMA)
@@ -300,9 +295,9 @@ container: VGSC-SOMA-M
### sec: VGSC-SOMA-M ### sec: VGSC-SOMA-M
#### VGSC-M_TPC: contextor #### VGSC-M_TPC: ( active: 60x ) contextor
Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella quale avviene l'episodio. Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di VGSCRefractory. Questo perche' e' un era nella quale avviene l'episodio.
```Gen ```Gen
VGSC-M_Status: ( active: 60x ) VGSC-M_Status: ( active: 60x )
@@ -310,11 +305,11 @@ VGSC-M_Status: ( active: 60x )
contained_by: VGSC-SOMA-M contained_by: VGSC-SOMA-M
in_context: VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx in_context: VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx
condition: ( RefractoryH emptiness ) condition: ( VGSCRefractoryH emptiness )
out_context: NaEnterM_Ctx out_context: NaEnterM_Ctx
``` ```
#### NaEnterM: accumulator #### NaEnterM: ( active: 1x ) accumulator
Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo. Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo.
Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory
@@ -329,23 +324,23 @@ NaEnterM: ( active: 1x )
action: [ Na increase] action: [ Na increase]
trace: None trace: None
hypothesis: ( NOT RefractoryM full ) hypothesis: ( NOT VGSCRefractoryM full )
action: [ RefractoryH increase ] action: [ VGSCRefractoryH increase ]
trace: None trace: None
``` ```
#### RefractoryMSpill: accumulator #### VGSCRefractoryMSpill: ( active: 1x ) accumulator
Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente) Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa VGSCRefractoryH (interactor precedente)
```Gen ```Gen
RefractoryMSpill: ( active: 1x ) VGSCRefractoryMSpill: ( active: 1x )
type: accumulator type: accumulator
contained_by: VGSC-SOMA-M contained_by: VGSC-SOMA-M
in_context: any in_context: any
hypothesis: NOT ( RefractoryM empty ) hypothesis: NOT ( VGSCRefractoryM empty )
action: [ RefractoryM decrease ] action: [ VGSCRefractoryM decrease ]
trace: None trace: None
``` ```
@@ -357,7 +352,7 @@ Voltage Gated Sodium Channel: easy to open (Low)
container: VGSC-SOMA-L container: VGSC-SOMA-L
tub_local: tub_local:
RefractoryL ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x ) VGSCRefractoryL ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x )
tub_intricated: tub_intricated:
Na ( contained_in: SOMA) Na ( contained_in: SOMA)
@@ -368,9 +363,9 @@ container: VGSC-SOMA-L
### sec: VGSC-SOMA-L ### sec: VGSC-SOMA-L
#### VGSC-L_TPC: contextor #### VGSC-L_TPC: ( active: 60x ) contextor
Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio. Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di VGSCRefractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio.
```Gen ```Gen
VGSC-L_Status: ( active: 60x ) VGSC-L_Status: ( active: 60x )
@@ -378,11 +373,11 @@ VGSC-L_Status: ( active: 60x )
contained_by: VGSC-SOMA-L contained_by: VGSC-SOMA-L
in_context: VDBLowCtx OR VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx in_context: VDBLowCtx OR VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx
condition: ( RefractoryH emptiness ) condition: ( VGSCRefractoryH emptiness )
out_context: NaEnterL_ctx out_context: NaEnterL_ctx
``` ```
#### NaEnterL: accumulator #### NaEnterL: ( active: 1x ) accumulator
Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo. Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo.
Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory
@@ -397,23 +392,23 @@ NaEnterL: ( active: 1x )
action: [ Na increase] action: [ Na increase]
trace: None trace: None
hypothesis: ( NOT RefractoryL full ) hypothesis: ( NOT VGSCRefractoryL full )
action: [ RefractoryL increase ] action: [ VGSCRefractoryL increase ]
trace: None trace: None
``` ```
#### RefractoryLSpill: accumulator #### VGSCRefractoryLSpill: ( active: 1x ) accumulator
Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente) Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa VGSCRefractoryH (interactor precedente)
```Gen ```Gen
RefractoryLSpill: ( active: 1x ) VGSCRefractoryLSpill: ( active: 1x )
type: accumulator type: accumulator
contained_by: VGSC-L-SOMA contained_by: VGSC-L-SOMA
in_context: any in_context: any
hypothesis: NOT ( RefractoryL empty ) hypothesis: NOT ( VGSCRefractoryL empty )
action: [ RefractoryL decrease ] action: [ VGSCRefractoryL decrease ]
trace: None trace: None
``` ```
@@ -421,8 +416,8 @@ RefractoryLSpill: ( active: 1x )
#### VGSC-SOMA-TUN: Tuner #### VGSC-SOMA-TUN: Tuner
```Gen ```Gen
tuner: VGSC-SOMA-TUN VGSC-SOMA-TUN
type: tuner
contained_by: SOMA contained_by: SOMA
tunes: SOMA/expansion/VGSC-SOMA tunes: SOMA/expansion/VGSC-SOMA
@@ -435,29 +430,27 @@ tuner: VGSC-SOMA-TUN
tub_intricated: tub_intricated:
``` ```
##### Check: check_tpc ##### check_tpc: ( active: 60x ) contextor
```Gen ```Gen
context: check_tpc check_tpc: ( active: 60x )
type: contextor
contained_by: VGSC-SOMA-TUN contained_by: VGSC-SOMA-TUN
rf: ( active: 60x )
in_context: TunPossible in_context: TunPossible
condition: ??
condition: out_context: TunSomaVcgg
out_context: TunSomaVcgg
``` ```
##### ?: interacting ##### ?: ( active: x ) accumulator
```Gen ```Gen
interacting: ? ?: ( active: x )
type: accumulator
contained_by: TUN-PRE-VGCC contained_by: TUN-PRE-VGCC
rf: ( active: x ) in_context: TunSomaVcgg
context: TunSomaVcgg hypothesis:
action:
hypothesis: trace:
action:
trace:
``` ```