cleared TOC
This commit is contained in:
+70
-77
@@ -48,7 +48,7 @@ Qui comprendiamo:
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- increase Ca2+ traces
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- decrease Na: fast pump which decreases Na+, we do not model K+
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-- there is a tug of war between Na entering and exiting. Na can reach fullness only if VDB increases fast (derivative)
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- there are 2 context: ApCtx and RefractorySoma imlemented with timers and tunable
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- there are 2 context: ApCtx and SomaRefractory imlemented with timers and tunable
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||||
- decrease SpikeTraintraces slow, only if away from spiketrain this is empty
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- Tune:
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@@ -75,7 +75,7 @@ Qui comprendiamo:
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- **SpikeTrainTraces**: sono le tracce che consentono al neurone di far partire il Tuning neuronale, quando e' lontano da uno spike-train, ovvero e' in riposo.
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- **RefractorySoma**: tracce di refractory
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||||
- **SomaRefractory**: tracce di refractory
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---
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@@ -94,7 +94,7 @@ container: SOMA
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- VDB
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- Na
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- Ca2+
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- RefractorySoma
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- SomaRefractory
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tub_intricated:
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- SpikeTrainTraces ( contained_in: DAY-N )
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@@ -102,7 +102,7 @@ container: SOMA
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### ms: SOMA
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#### SOMA-Status: contextor
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#### SOMA-Status: ( active: 60x ) contextor
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||||
As dendrites deliver current (VDB), the soma acts like a capacitor. It "stores" this charge in the form of membrane potential. This contextualizes VGSC-SOMA to open ion channels that let Na+ ions in.
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@@ -125,18 +125,15 @@ SOMA-Status: ( active: 60x )
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condition: NOT ( Na empty )
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out_context: NaSpill_ctx
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condition: NOT ( RefractorySoma empty )
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||||
out_context: RefractorySoma_ctx
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```
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#### SomaSpike: contextor
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#### SomaSpike: ( active: 30x ) contextor
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Il fatto che mettiamo il check di AP separato dal check del Soma-Status, e' perche' vogliamo poter avere un RF specifico per AP, eventualmente tunabile.
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Qui siamo nella fase effettiva di spike, non refractory che viene dopo. Fa da contesto di durata fra un RF ed un altro.
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||||
La fullness di Na rappresenta il threshold e puo' essere modificato. La fullness di RefractorySoma rappresenta la lunghezza del refractory.
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||||
La fullness di Na rappresenta il threshold e puo' essere modificato. La fullness di SomaRefractory rappresenta la lunghezza del refractory.
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||||
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||||
```Gen
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||||
SomaSpike: ( active: 30x )
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||||
@@ -144,17 +141,17 @@ SomaSpike: ( active: 30x )
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||||
contained_by: SOMA
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||||
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||||
in_context: any
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condition: ( Na fullness ) AND ( RefractorySoma emptiness )
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condition: ( Na fullness ) AND ( SomaRefractory emptiness )
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||||
out_context: AP_ctx
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||||
out_context: bAp_ctx
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```
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#### ActiveAP: accumulator
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#### ActiveAP: ( active: 8x ) accumulator
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||||
Durante la fase effettiva di spike:
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- eliminiamo Na accumulati. Qui ad un RF molto maggiore che con NaSpill. In teoria qui dovremmo eliminare tutti gli Na e NaSpill potrebbe non servire.
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||||
- riempiamo RefractorySoma per fase di refractory
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- riempiamo SomaRefractory per fase di refractory
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||||
- riempiamo Ca2+ per le tracce medio termine di potenziamento/depotenziamento.
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||||
```Gen
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||||
@@ -167,8 +164,8 @@ ActiveAP: ( active: 8x )
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||||
action: [ decrease Na ]
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trace:
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||||
hypothesis: NOT RefractorySoma full
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||||
action: [ increase RefractorySoma ]
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||||
hypothesis: NOT SomaRefractory full
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||||
action: [ increase SomaRefractory ]
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||||
trace:
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||||
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||||
hypothesis: NOT Ca2+ full
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||||
@@ -176,7 +173,7 @@ ActiveAP: ( active: 8x )
|
||||
trace:
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||||
```
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||||
#### NaSpill: accumulator
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||||
#### NaSpill: ( active: 8x ) accumulator
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||||
Questo potrebbe non servire se eliminiamo tutti Na durante ActiveAP.
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||||
@@ -191,23 +188,21 @@ NaSpill: ( active: 8x )
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||||
trace:
|
||||
```
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||||
#### RefractorySomaSpill: accumulator
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||||
#### SomaRefractorySpill: ( active: 16x ) accumulator
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||||
Lo spill deve essere piu' lento dell'increase che avviene in ActiveAP
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||||
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||||
```Gen
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||||
RefractorySomaSpill: ( active: 16x )
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||||
SomaRefractorySpill: ( active: 16x )
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||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: SOMA
|
||||
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||||
in_context: RefractorySoma_ctx
|
||||
hypothesis: NOT ( RefractorySoma empty )
|
||||
action: [ decrease RefractorySoma ]
|
||||
in_context: any
|
||||
hypothesis: NOT ( SomaRefractory empty )
|
||||
action: [ decrease SomaRefractory ]
|
||||
trace:
|
||||
```
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||||
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||||
### sec: SOMA
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||||
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||||
### min: SOMA
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||||
## VGSC-SOMA-H: container
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||||
@@ -218,7 +213,7 @@ Voltage Gated Sodium Channel: difficult to open (High)
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||||
container: VGSC-SOMA-H
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||||
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||||
tub_local:
|
||||
RefractoryH ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x )
|
||||
VGSCRefractoryH ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x )
|
||||
|
||||
tub_intricated:
|
||||
Na ( contained_in: SOMA)
|
||||
@@ -229,9 +224,9 @@ container: VGSC-SOMA-H
|
||||
|
||||
### sec: VGSC-SOMA-H
|
||||
|
||||
#### VGSC-H_Status: contextor
|
||||
#### VGSC-H_Status: ( active: 60x ) contextor
|
||||
|
||||
Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella quale avviene l'episodio.
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||||
Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di VGSCRefractory. Questo perche' e' un era nella quale avviene l'episodio.
|
||||
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||||
```Gen
|
||||
VGSC-H_Status: ( active: 60x )
|
||||
@@ -239,14 +234,14 @@ VGSC-H_Status: ( active: 60x )
|
||||
contained_by: VGSC-SOMA-H
|
||||
|
||||
in_context: any
|
||||
condition: VDBMaxCtx AND ( RefractoryH emptiness )
|
||||
condition: VDBMaxCtx AND ( VGSCRefractoryH emptiness )
|
||||
out_context: NaEnterH_Ctx
|
||||
|
||||
condition: ( RefractoryH mediumness ) OR ( RefractoryH fullness )
|
||||
out_context: RefractoryHSpill_ctx
|
||||
condition: ( VGSCRefractoryH mediumness ) OR ( VGSCRefractoryH fullness )
|
||||
out_context: VGSCRefractoryHSpill_ctx
|
||||
```
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||||
|
||||
#### NaEnterH: accumulator
|
||||
#### NaEnterH: ( active: 1x ) accumulator
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||||
|
||||
Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo.
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||||
Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory
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||||
@@ -261,23 +256,23 @@ NaEnterH: ( active: 1x )
|
||||
action: [ Na increase]
|
||||
trace: None
|
||||
|
||||
hypothesis: ( NOT RefractoryH full )
|
||||
action: [ RefractoryH increase ]
|
||||
hypothesis: ( NOT VGSCRefractoryH full )
|
||||
action: [ VGSCRefractoryH increase ]
|
||||
trace: None
|
||||
```
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||||
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||||
#### RefractoryHSpill: accumulator
|
||||
#### VGSCRefractoryHSpill: ( active: 1x ) accumulator
|
||||
|
||||
Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente)
|
||||
Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa VGSCRefractoryH (interactor precedente)
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
RefractoryHSpill: ( active: 1x )
|
||||
VGSCRefractoryHSpill: ( active: 1x )
|
||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: VGSC-SOMA-H
|
||||
|
||||
in_context: RefractoryHSpill_ctx
|
||||
hypothesis: NOT ( RefractoryH empty )
|
||||
action: [ RefractoryH decrease ]
|
||||
in_context: VGSCRefractoryHSpill_ctx
|
||||
hypothesis: NOT ( VGSCRefractoryH empty )
|
||||
action: [ VGSCRefractoryH decrease ]
|
||||
trace: None
|
||||
```
|
||||
|
||||
@@ -289,7 +284,7 @@ Voltage Gated Sodium Channel: less difficult to open (Medium)
|
||||
container: VGSC-SOMA-M
|
||||
|
||||
tub_local:
|
||||
RefractoryM ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x )
|
||||
VGSCRefractoryM ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x )
|
||||
|
||||
tub_intricated:
|
||||
Na ( contained_in: SOMA)
|
||||
@@ -300,9 +295,9 @@ container: VGSC-SOMA-M
|
||||
|
||||
### sec: VGSC-SOMA-M
|
||||
|
||||
#### VGSC-M_TPC: contextor
|
||||
#### VGSC-M_TPC: ( active: 60x ) contextor
|
||||
|
||||
Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella quale avviene l'episodio.
|
||||
Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di VGSCRefractory. Questo perche' e' un era nella quale avviene l'episodio.
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
VGSC-M_Status: ( active: 60x )
|
||||
@@ -310,11 +305,11 @@ VGSC-M_Status: ( active: 60x )
|
||||
contained_by: VGSC-SOMA-M
|
||||
|
||||
in_context: VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx
|
||||
condition: ( RefractoryH emptiness )
|
||||
condition: ( VGSCRefractoryH emptiness )
|
||||
out_context: NaEnterM_Ctx
|
||||
```
|
||||
|
||||
#### NaEnterM: accumulator
|
||||
#### NaEnterM: ( active: 1x ) accumulator
|
||||
|
||||
Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo.
|
||||
Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory
|
||||
@@ -329,23 +324,23 @@ NaEnterM: ( active: 1x )
|
||||
action: [ Na increase]
|
||||
trace: None
|
||||
|
||||
hypothesis: ( NOT RefractoryM full )
|
||||
action: [ RefractoryH increase ]
|
||||
hypothesis: ( NOT VGSCRefractoryM full )
|
||||
action: [ VGSCRefractoryH increase ]
|
||||
trace: None
|
||||
```
|
||||
|
||||
#### RefractoryMSpill: accumulator
|
||||
#### VGSCRefractoryMSpill: ( active: 1x ) accumulator
|
||||
|
||||
Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente)
|
||||
Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa VGSCRefractoryH (interactor precedente)
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
RefractoryMSpill: ( active: 1x )
|
||||
VGSCRefractoryMSpill: ( active: 1x )
|
||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: VGSC-SOMA-M
|
||||
|
||||
in_context: any
|
||||
hypothesis: NOT ( RefractoryM empty )
|
||||
action: [ RefractoryM decrease ]
|
||||
hypothesis: NOT ( VGSCRefractoryM empty )
|
||||
action: [ VGSCRefractoryM decrease ]
|
||||
trace: None
|
||||
```
|
||||
|
||||
@@ -357,7 +352,7 @@ Voltage Gated Sodium Channel: easy to open (Low)
|
||||
container: VGSC-SOMA-L
|
||||
|
||||
tub_local:
|
||||
RefractoryL ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x )
|
||||
VGSCRefractoryL ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x )
|
||||
|
||||
tub_intricated:
|
||||
Na ( contained_in: SOMA)
|
||||
@@ -368,9 +363,9 @@ container: VGSC-SOMA-L
|
||||
|
||||
### sec: VGSC-SOMA-L
|
||||
|
||||
#### VGSC-L_TPC: contextor
|
||||
#### VGSC-L_TPC: ( active: 60x ) contextor
|
||||
|
||||
Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio.
|
||||
Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di VGSCRefractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio.
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
VGSC-L_Status: ( active: 60x )
|
||||
@@ -378,11 +373,11 @@ VGSC-L_Status: ( active: 60x )
|
||||
contained_by: VGSC-SOMA-L
|
||||
|
||||
in_context: VDBLowCtx OR VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx
|
||||
condition: ( RefractoryH emptiness )
|
||||
condition: ( VGSCRefractoryH emptiness )
|
||||
out_context: NaEnterL_ctx
|
||||
```
|
||||
|
||||
#### NaEnterL: accumulator
|
||||
#### NaEnterL: ( active: 1x ) accumulator
|
||||
|
||||
Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo.
|
||||
Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory
|
||||
@@ -397,23 +392,23 @@ NaEnterL: ( active: 1x )
|
||||
action: [ Na increase]
|
||||
trace: None
|
||||
|
||||
hypothesis: ( NOT RefractoryL full )
|
||||
action: [ RefractoryL increase ]
|
||||
hypothesis: ( NOT VGSCRefractoryL full )
|
||||
action: [ VGSCRefractoryL increase ]
|
||||
trace: None
|
||||
```
|
||||
|
||||
#### RefractoryLSpill: accumulator
|
||||
#### VGSCRefractoryLSpill: ( active: 1x ) accumulator
|
||||
|
||||
Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente)
|
||||
Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa VGSCRefractoryH (interactor precedente)
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
RefractoryLSpill: ( active: 1x )
|
||||
VGSCRefractoryLSpill: ( active: 1x )
|
||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: VGSC-L-SOMA
|
||||
|
||||
in_context: any
|
||||
hypothesis: NOT ( RefractoryL empty )
|
||||
action: [ RefractoryL decrease ]
|
||||
hypothesis: NOT ( VGSCRefractoryL empty )
|
||||
action: [ VGSCRefractoryL decrease ]
|
||||
trace: None
|
||||
```
|
||||
|
||||
@@ -421,8 +416,8 @@ RefractoryLSpill: ( active: 1x )
|
||||
#### VGSC-SOMA-TUN: Tuner
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
tuner: VGSC-SOMA-TUN
|
||||
|
||||
VGSC-SOMA-TUN
|
||||
type: tuner
|
||||
contained_by: SOMA
|
||||
|
||||
tunes: SOMA/expansion/VGSC-SOMA
|
||||
@@ -435,29 +430,27 @@ tuner: VGSC-SOMA-TUN
|
||||
tub_intricated:
|
||||
```
|
||||
|
||||
##### Check: check_tpc
|
||||
##### check_tpc: ( active: 60x ) contextor
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
context: check_tpc
|
||||
check_tpc: ( active: 60x )
|
||||
type: contextor
|
||||
contained_by: VGSC-SOMA-TUN
|
||||
|
||||
rf: ( active: 60x )
|
||||
in_context: TunPossible
|
||||
|
||||
condition:
|
||||
out_context: TunSomaVcgg
|
||||
condition: ??
|
||||
out_context: TunSomaVcgg
|
||||
```
|
||||
|
||||
##### ?: interacting
|
||||
##### ?: ( active: x ) accumulator
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
interacting: ?
|
||||
?: ( active: x )
|
||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: TUN-PRE-VGCC
|
||||
|
||||
rf: ( active: x )
|
||||
context: TunSomaVcgg
|
||||
|
||||
hypothesis:
|
||||
action:
|
||||
trace:
|
||||
in_context: TunSomaVcgg
|
||||
hypothesis:
|
||||
action:
|
||||
trace:
|
||||
```
|
||||
|
||||
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