From 2190994d809558c7190225619e8e4b0af517d08b Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Sergio Marchetti Date: Tue, 12 May 2026 22:47:38 +0200 Subject: [PATCH] cleared TOC --- neuron/soma.md | 147 +++++++++++++++++++++++-------------------------- 1 file changed, 70 insertions(+), 77 deletions(-) diff --git a/neuron/soma.md b/neuron/soma.md index 79dea05..9b6489a 100644 --- a/neuron/soma.md +++ b/neuron/soma.md @@ -48,7 +48,7 @@ Qui comprendiamo: - increase Ca2+ traces - decrease Na: fast pump which decreases Na+, we do not model K+ -- there is a tug of war between Na entering and exiting. Na can reach fullness only if VDB increases fast (derivative) -- there are 2 context: ApCtx and RefractorySoma imlemented with timers and tunable +- there are 2 context: ApCtx and SomaRefractory imlemented with timers and tunable - decrease SpikeTraintraces slow, only if away from spiketrain this is empty - Tune: @@ -75,7 +75,7 @@ Qui comprendiamo: - **SpikeTrainTraces**: sono le tracce che consentono al neurone di far partire il Tuning neuronale, quando e' lontano da uno spike-train, ovvero e' in riposo. -- **RefractorySoma**: tracce di refractory +- **SomaRefractory**: tracce di refractory --- @@ -94,7 +94,7 @@ container: SOMA - VDB - Na - Ca2+ - - RefractorySoma + - SomaRefractory tub_intricated: - SpikeTrainTraces ( contained_in: DAY-N ) @@ -102,7 +102,7 @@ container: SOMA ### ms: SOMA -#### SOMA-Status: contextor +#### SOMA-Status: ( active: 60x ) contextor As dendrites deliver current (VDB​), the soma acts like a capacitor. It "stores" this charge in the form of membrane potential. This contextualizes VGSC-SOMA to open ion channels that let Na+ ions in. @@ -125,18 +125,15 @@ SOMA-Status: ( active: 60x ) condition: NOT ( Na empty ) out_context: NaSpill_ctx - - condition: NOT ( RefractorySoma empty ) - out_context: RefractorySoma_ctx ``` -#### SomaSpike: contextor +#### SomaSpike: ( active: 30x ) contextor Il fatto che mettiamo il check di AP separato dal check del Soma-Status, e' perche' vogliamo poter avere un RF specifico per AP, eventualmente tunabile. Qui siamo nella fase effettiva di spike, non refractory che viene dopo. Fa da contesto di durata fra un RF ed un altro. -La fullness di Na rappresenta il threshold e puo' essere modificato. La fullness di RefractorySoma rappresenta la lunghezza del refractory. +La fullness di Na rappresenta il threshold e puo' essere modificato. La fullness di SomaRefractory rappresenta la lunghezza del refractory. ```Gen SomaSpike: ( active: 30x ) @@ -144,17 +141,17 @@ SomaSpike: ( active: 30x ) contained_by: SOMA in_context: any - condition: ( Na fullness ) AND ( RefractorySoma emptiness ) + condition: ( Na fullness ) AND ( SomaRefractory emptiness ) out_context: AP_ctx out_context: bAp_ctx ``` -#### ActiveAP: accumulator +#### ActiveAP: ( active: 8x ) accumulator Durante la fase effettiva di spike: - eliminiamo Na accumulati. Qui ad un RF molto maggiore che con NaSpill. In teoria qui dovremmo eliminare tutti gli Na e NaSpill potrebbe non servire. -- riempiamo RefractorySoma per fase di refractory +- riempiamo SomaRefractory per fase di refractory - riempiamo Ca2+ per le tracce medio termine di potenziamento/depotenziamento. ```Gen @@ -167,8 +164,8 @@ ActiveAP: ( active: 8x ) action: [ decrease Na ] trace: - hypothesis: NOT RefractorySoma full - action: [ increase RefractorySoma ] + hypothesis: NOT SomaRefractory full + action: [ increase SomaRefractory ] trace: hypothesis: NOT Ca2+ full @@ -176,7 +173,7 @@ ActiveAP: ( active: 8x ) trace: ``` -#### NaSpill: accumulator +#### NaSpill: ( active: 8x ) accumulator Questo potrebbe non servire se eliminiamo tutti Na durante ActiveAP. @@ -191,23 +188,21 @@ NaSpill: ( active: 8x ) trace: ``` -#### RefractorySomaSpill: accumulator +#### SomaRefractorySpill: ( active: 16x ) accumulator Lo spill deve essere piu' lento dell'increase che avviene in ActiveAP ```Gen -RefractorySomaSpill: ( active: 16x ) +SomaRefractorySpill: ( active: 16x ) type: accumulator contained_by: SOMA - in_context: RefractorySoma_ctx - hypothesis: NOT ( RefractorySoma empty ) - action: [ decrease RefractorySoma ] + in_context: any + hypothesis: NOT ( SomaRefractory empty ) + action: [ decrease SomaRefractory ] trace: ``` -### sec: SOMA - ### min: SOMA ## VGSC-SOMA-H: container @@ -218,7 +213,7 @@ Voltage Gated Sodium Channel: difficult to open (High) container: VGSC-SOMA-H tub_local: - RefractoryH ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x ) + VGSCRefractoryH ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x ) tub_intricated: Na ( contained_in: SOMA) @@ -229,9 +224,9 @@ container: VGSC-SOMA-H ### sec: VGSC-SOMA-H -#### VGSC-H_Status: contextor +#### VGSC-H_Status: ( active: 60x ) contextor -Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella quale avviene l'episodio. +Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di VGSCRefractory. Questo perche' e' un era nella quale avviene l'episodio. ```Gen VGSC-H_Status: ( active: 60x ) @@ -239,14 +234,14 @@ VGSC-H_Status: ( active: 60x ) contained_by: VGSC-SOMA-H in_context: any - condition: VDBMaxCtx AND ( RefractoryH emptiness ) + condition: VDBMaxCtx AND ( VGSCRefractoryH emptiness ) out_context: NaEnterH_Ctx - condition: ( RefractoryH mediumness ) OR ( RefractoryH fullness ) - out_context: RefractoryHSpill_ctx + condition: ( VGSCRefractoryH mediumness ) OR ( VGSCRefractoryH fullness ) + out_context: VGSCRefractoryHSpill_ctx ``` -#### NaEnterH: accumulator +#### NaEnterH: ( active: 1x ) accumulator Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo. Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory @@ -261,23 +256,23 @@ NaEnterH: ( active: 1x ) action: [ Na increase] trace: None - hypothesis: ( NOT RefractoryH full ) - action: [ RefractoryH increase ] + hypothesis: ( NOT VGSCRefractoryH full ) + action: [ VGSCRefractoryH increase ] trace: None ``` -#### RefractoryHSpill: accumulator +#### VGSCRefractoryHSpill: ( active: 1x ) accumulator -Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente) +Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa VGSCRefractoryH (interactor precedente) ```Gen -RefractoryHSpill: ( active: 1x ) +VGSCRefractoryHSpill: ( active: 1x ) type: accumulator contained_by: VGSC-SOMA-H - in_context: RefractoryHSpill_ctx - hypothesis: NOT ( RefractoryH empty ) - action: [ RefractoryH decrease ] + in_context: VGSCRefractoryHSpill_ctx + hypothesis: NOT ( VGSCRefractoryH empty ) + action: [ VGSCRefractoryH decrease ] trace: None ``` @@ -289,7 +284,7 @@ Voltage Gated Sodium Channel: less difficult to open (Medium) container: VGSC-SOMA-M tub_local: - RefractoryM ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x ) + VGSCRefractoryM ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x ) tub_intricated: Na ( contained_in: SOMA) @@ -300,9 +295,9 @@ container: VGSC-SOMA-M ### sec: VGSC-SOMA-M -#### VGSC-M_TPC: contextor +#### VGSC-M_TPC: ( active: 60x ) contextor -Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella quale avviene l'episodio. +Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di VGSCRefractory. Questo perche' e' un era nella quale avviene l'episodio. ```Gen VGSC-M_Status: ( active: 60x ) @@ -310,11 +305,11 @@ VGSC-M_Status: ( active: 60x ) contained_by: VGSC-SOMA-M in_context: VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx - condition: ( RefractoryH emptiness ) + condition: ( VGSCRefractoryH emptiness ) out_context: NaEnterM_Ctx ``` -#### NaEnterM: accumulator +#### NaEnterM: ( active: 1x ) accumulator Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo. Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory @@ -329,23 +324,23 @@ NaEnterM: ( active: 1x ) action: [ Na increase] trace: None - hypothesis: ( NOT RefractoryM full ) - action: [ RefractoryH increase ] + hypothesis: ( NOT VGSCRefractoryM full ) + action: [ VGSCRefractoryH increase ] trace: None ``` -#### RefractoryMSpill: accumulator +#### VGSCRefractoryMSpill: ( active: 1x ) accumulator -Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente) +Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa VGSCRefractoryH (interactor precedente) ```Gen -RefractoryMSpill: ( active: 1x ) +VGSCRefractoryMSpill: ( active: 1x ) type: accumulator contained_by: VGSC-SOMA-M in_context: any - hypothesis: NOT ( RefractoryM empty ) - action: [ RefractoryM decrease ] + hypothesis: NOT ( VGSCRefractoryM empty ) + action: [ VGSCRefractoryM decrease ] trace: None ``` @@ -357,7 +352,7 @@ Voltage Gated Sodium Channel: easy to open (Low) container: VGSC-SOMA-L tub_local: - RefractoryL ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x ) + VGSCRefractoryL ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x ) tub_intricated: Na ( contained_in: SOMA) @@ -368,9 +363,9 @@ container: VGSC-SOMA-L ### sec: VGSC-SOMA-L -#### VGSC-L_TPC: contextor +#### VGSC-L_TPC: ( active: 60x ) contextor -Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio. +Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di VGSCRefractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio. ```Gen VGSC-L_Status: ( active: 60x ) @@ -378,11 +373,11 @@ VGSC-L_Status: ( active: 60x ) contained_by: VGSC-SOMA-L in_context: VDBLowCtx OR VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx - condition: ( RefractoryH emptiness ) + condition: ( VGSCRefractoryH emptiness ) out_context: NaEnterL_ctx ``` -#### NaEnterL: accumulator +#### NaEnterL: ( active: 1x ) accumulator Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo. Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory @@ -397,23 +392,23 @@ NaEnterL: ( active: 1x ) action: [ Na increase] trace: None - hypothesis: ( NOT RefractoryL full ) - action: [ RefractoryL increase ] + hypothesis: ( NOT VGSCRefractoryL full ) + action: [ VGSCRefractoryL increase ] trace: None ``` -#### RefractoryLSpill: accumulator +#### VGSCRefractoryLSpill: ( active: 1x ) accumulator -Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente) +Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa VGSCRefractoryH (interactor precedente) ```Gen -RefractoryLSpill: ( active: 1x ) +VGSCRefractoryLSpill: ( active: 1x ) type: accumulator contained_by: VGSC-L-SOMA in_context: any - hypothesis: NOT ( RefractoryL empty ) - action: [ RefractoryL decrease ] + hypothesis: NOT ( VGSCRefractoryL empty ) + action: [ VGSCRefractoryL decrease ] trace: None ``` @@ -421,8 +416,8 @@ RefractoryLSpill: ( active: 1x ) #### VGSC-SOMA-TUN: Tuner ```Gen -tuner: VGSC-SOMA-TUN - +VGSC-SOMA-TUN + type: tuner contained_by: SOMA tunes: SOMA/expansion/VGSC-SOMA @@ -435,29 +430,27 @@ tuner: VGSC-SOMA-TUN tub_intricated: ``` -##### Check: check_tpc +##### check_tpc: ( active: 60x ) contextor ```Gen -context: check_tpc +check_tpc: ( active: 60x ) + type: contextor contained_by: VGSC-SOMA-TUN - rf: ( active: 60x ) in_context: TunPossible - - condition: - out_context: TunSomaVcgg + condition: ?? + out_context: TunSomaVcgg ``` -##### ?: interacting +##### ?: ( active: x ) accumulator ```Gen -interacting: ? +?: ( active: x ) + type: accumulator contained_by: TUN-PRE-VGCC - rf: ( active: x ) - context: TunSomaVcgg - - hypothesis: - action: - trace: + in_context: TunSomaVcgg + hypothesis: + action: + trace: ```