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include_toc: true
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# soma.md
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## SOMA: Comprehension
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Expansions and modulations:
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- is expanded by: [NEURON](neuron.md)
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||
- expands: VGCC_SOMA
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||
```Gen
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||
SOMA
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||
type: comprehension
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||
|
||
expansion:
|
||
_@VGCC_SOMA: TUB [ comprehension: VGCC_SOMA, full: 50x, active: 20x, empty: 10x ]
|
||
|
||
intrication:
|
||
|
||
# Scope
|
||
!DAY: INTRICATION [ ref: &ORGANISM.!DAY ]
|
||
!NIGHT: INTRICATION [ ref: &ORGANISM.!NIGHT ]
|
||
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||
# Tub
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||
_SpikeTrainTraces: INTRICATION [ ref: &NEURON._SpikeTrainTraces ]
|
||
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||
instantiation:
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|
||
# Context
|
||
*AP: CONTEXT []
|
||
*bAP: CONTEXT []
|
||
*VDBMax: CONTEXT []
|
||
*VDBMedium: CONTEXT []
|
||
*VDBLow: CONTEXT []
|
||
*NaSpill: CONTEXT []
|
||
|
||
# Tub
|
||
_VDB: TUB [ full: 60x, active: 30x, empty: 0x ]
|
||
_Na: TUB [ full: 60x, active: 30x, empty: 0x ]
|
||
_Ca2: TUB [ full: 60x, active: 30x, empty: 0x ]
|
||
_SomaRefractory: TUB [ full: 60x, active: 30x, empty: 0x ]
|
||
|
||
# Behaviour
|
||
$: BEHAVIOUR [ behaviour: MAIN-SOMA ]
|
||
$: BEHAVIOUR [ behaviour: VGCC_SOMA_TUN ]
|
||
```
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||
**Tubs:**
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||
- **_VDB**: dendrites deliver current
|
||
- **_Na**: are a proxy for the Coulombs of charge building up on the somatic membrane. They are used to check threshold, but also to mimic Na+ and K+ pumping
|
||
- **_Ca2**: Medium term traces to guide tuning and Night development. It is a local trace, ATP is a global (Astrocyte)
|
||
- **_SpikeTrainTraces**: sono le tracce che consentono al neurone di far partire il Tuning neuronale, quando e' lontano da uno spike-train, ovvero e' in riposo.
|
||
- **_SomaRefractory**: tracce di refractory
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||
### MAIN-SOMA: Container
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||
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||
```Gen
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||
MAIN-SOMA
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type: behaviour
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||
within_scope: !DAY
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||
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||
snippet:
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||
# *Fixed
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||
@: CONTEXTOR [ snippet: SomaSpike, rf: active 30x ]
|
||
@: ACCUMULATOR [ snippet: SomaRefractorySpill, rf: active 16x ]
|
||
@: ACCUMULATOR [ snippet: NASpill, rf: active 20x ]
|
||
# *AP
|
||
@: ACCUMULATOR [ snippet: ActiveAP, rf: active 8x ]
|
||
@: ACCUMULATOR [ snippet: ActiveAP, rf: active 8x ]
|
||
```
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||
#### *Fixed
|
||
|
||
##### SOMA-Status: ( active: 60x ) contextor
|
||
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||
As dendrites deliver current (VDB), the soma acts like a capacitor. It "stores" this charge in the form of membrane potential. This contextualizes VGCC_SOMA to open ion channels that let Na+ ions in.
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||
This only applies if not ApCtx, or in other words, SOMA is not in refractory period.
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||
```Gen
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||
SOMA-Status:
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||
type: contextor
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||
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||
in_context: any
|
||
condition: _VDB fullness AND NOT AP_ctx
|
||
out_context: *VDBMax
|
||
condition: ( VDB mediumness ) AND NOT AP_ctx
|
||
out_context: *VDBMedium
|
||
condition: _VDB emptiness AND NOT _Ap
|
||
out_context: *VDBLow
|
||
condition: NOT _Na empty
|
||
out_context: *NaSpill
|
||
```
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||
##### SomaSpike
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||
Il fatto che mettiamo il check di AP separato dal check del Soma-Status, e' perche' vogliamo poter avere un RF specifico per AP, eventualmente tunabile.
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||
Qui siamo nella fase effettiva di spike, non refractory che viene dopo. Fa da contesto di durata fra un RF ed un altro.
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||
La fullness di Na rappresenta il threshold e puo' essere modificato. La fullness di SomaRefractory rappresenta la lunghezza del refractory.
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||
```Gen
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||
SomaSpike
|
||
type: contextor
|
||
|
||
in_context: *Fixed
|
||
condition: _Na fullness AND _SomaRefractory emptiness
|
||
out_context: *AP
|
||
out_context: *bAp
|
||
```
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||
##### SomaRefractorySpill
|
||
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||
Lo spill deve essere piu' lento dell'increase che avviene in ActiveAP
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||
```Gen
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||
SomaRefractorySpill
|
||
type: accumulator
|
||
|
||
in_context: *Fixed
|
||
hypothesis: NOT _SomaRefractory empty
|
||
action: [ decrease _SomaRefractory ]
|
||
trace:
|
||
```
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|
||
##### NaSpill
|
||
|
||
```Gen
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||
NaSpill
|
||
type: accumulator
|
||
|
||
in_context: *Fixed
|
||
hypothesis: NOT _Na empty
|
||
action: [ decrease _Na ]
|
||
trace:
|
||
```
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||
#### *Ap
|
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##### ActiveAP
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||
Durante la fase effettiva di spike:
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||
- eliminiamo Na accumulati. Qui ad un RF molto maggiore che con NaSpill. In teoria qui dovremmo eliminare tutti gli Na e NaSpill potrebbe non servire.
|
||
- riempiamo SomaRefractory per fase di refractory
|
||
- riempiamo _Ca2 per le tracce medio termine di potenziamento/depotenziamento.
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||
```Gen
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||
ActiveAP
|
||
type: accumulator
|
||
|
||
in_context: *AP
|
||
hypothesis: NOT _Na empty
|
||
action: [ decrease _Na ] ## This is addition to the _NASpill
|
||
trace:
|
||
hypothesis: NOT _SomaRefractory full
|
||
action: [ increase SomaRefractory ]
|
||
trace:
|
||
hypothesis: NOT _Ca2 full
|
||
action: [ increase _Ca2 ]
|
||
trace:
|
||
```
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||
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||
|
||
## VGCC_SOMA
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||
|
||
Voltage Gated Sodium Channel: difficult to open (High)
|
||
|
||
```Gen
|
||
VGCC_SOMA
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||
type: comprehension
|
||
|
||
expansion:
|
||
|
||
intrication:
|
||
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||
# Scope
|
||
!DAY: INTRICATION [ ref: &ORGANISM.!DAY ]
|
||
!NIGHT: INTRICATION [ ref: &ORGANISM.!NIGHT ]
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||
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||
# Context
|
||
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||
# Tub
|
||
_Na: INTRICATION [ ref: &SOMA._Na ]
|
||
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||
instantiation:
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||
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||
# Context
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||
*VDBMaxCtx: CONTEXT []
|
||
*VDBMediumCtx: CONTEXT []
|
||
*VDBMLowCtx: CONTEXT []
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||
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||
# Tub
|
||
_VGSCRefractoryH: TUB [ full: 60x, active: 30x, empty: 0x )
|
||
_VGSCRefractoryM: TUB [ full: 60x, active: 30x, empty: 0x )
|
||
_VGSCRefractoryL: TUB [ full: 60x, active: 30x, empty: 0x )
|
||
|
||
# Behaviour
|
||
$: BEHAVIOUR [ behaviour: VGCC_SOMA_BEH_H]
|
||
$: BEHAVIOUR [ behaviour: VGCC_SOMA_BEH_M]
|
||
$: BEHAVIOUR [ behaviour: VGCC_SOMA_BEH_L]
|
||
|
||
```
|
||
### VGCC_SOMA_BEH_H: !DAY
|
||
|
||
```Gen
|
||
VGCC_SOMA_BEH_H
|
||
type: behaviour
|
||
|
||
within_scope: !DAY
|
||
|
||
snippets:
|
||
@: CONTEXTOR [ snippet: VGSC-H_Status, rf: active 60x ]
|
||
@: ACCUMULATOR [ snippet: NaEnterH, rf: active 1x ]
|
||
@: ACCUMULATOR [ snippet: VGSCRefractoryHSpill, rf: active 1x ]
|
||
```
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||
|
||
### sec: VGCC_SOMA-H
|
||
|
||
#### VGSC-H_Status: ( active: 60x ) contextor
|
||
|
||
Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di VGSCRefractory. Questo perche' e' un era nella quale avviene l'episodio.
|
||
|
||
```Gen
|
||
VGSC-H_Status: ( active: 60x )
|
||
type: contextor
|
||
|
||
in_context: any
|
||
condition: VDBMaxCtx AND ( VGSCRefractoryH emptiness )
|
||
out_context: NaEnterH_Ctx
|
||
|
||
condition: ( VGSCRefractoryH mediumness ) OR ( VGSCRefractoryH fullness )
|
||
out_context: VGSCRefractoryHSpill_ctx
|
||
```
|
||
|
||
#### NaEnterH: ( active: 1x ) accumulator
|
||
|
||
Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo.
|
||
Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory
|
||
|
||
```Gen
|
||
NaEnterH: ( active: 1x )
|
||
type: accumulator
|
||
contained_by: VGCC_SOMA-H
|
||
|
||
in_context: NaEnterH_ctx
|
||
hypothesis: ( NOT Na full )
|
||
action: [ Na increase]
|
||
trace: None
|
||
|
||
hypothesis: ( NOT VGSCRefractoryH full )
|
||
action: [ VGSCRefractoryH increase ]
|
||
trace: None
|
||
```
|
||
|
||
#### VGSCRefractoryHSpill: ( active: 1x ) accumulator
|
||
|
||
Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa VGSCRefractoryH (interactor precedente)
|
||
|
||
```Gen
|
||
VGSCRefractoryHSpill: ( active: 1x )
|
||
type: accumulator
|
||
contained_by: VGCC_SOMA-H
|
||
|
||
in_context: VGSCRefractoryHSpill_ctx
|
||
hypothesis: NOT ( VGSCRefractoryH empty )
|
||
action: [ VGSCRefractoryH decrease ]
|
||
trace: None
|
||
```
|
||
|
||
|
||
|
||
## VGCC_SOMA-M: container
|
||
|
||
Voltage Gated Sodium Channel: less difficult to open (Medium)
|
||
|
||
```Gen
|
||
container: VGCC_SOMA-M
|
||
|
||
tub_local:
|
||
VGSCRefractoryM ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x )
|
||
|
||
tub_intricated:
|
||
Na ( contained_in: SOMA)
|
||
|
||
context_intricated:
|
||
VDBMedCtx ( contained_by: SOMA )
|
||
```
|
||
|
||
### sec: VGCC_SOMA-M
|
||
|
||
#### VGSC-M_TPC: ( active: 60x ) contextor
|
||
|
||
Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di VGSCRefractory. Questo perche' e' un era nella quale avviene l'episodio.
|
||
|
||
```Gen
|
||
VGSC-M_Status: ( active: 60x )
|
||
type: contextor
|
||
contained_by: VGCC_SOMA-M
|
||
|
||
in_context: VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx
|
||
condition: ( VGSCRefractoryH emptiness )
|
||
out_context: NaEnterM_Ctx
|
||
```
|
||
|
||
#### NaEnterM: ( active: 1x ) accumulator
|
||
|
||
Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo.
|
||
Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory
|
||
|
||
```Gen
|
||
NaEnterM: ( active: 1x )
|
||
type: accumulator
|
||
contained_by: VGCC_SOMA-M
|
||
|
||
in_context: NaEnterM_ctx
|
||
hypothesis: ( NOT Na full )
|
||
action: [ Na increase]
|
||
trace: None
|
||
|
||
hypothesis: ( NOT VGSCRefractoryM full )
|
||
action: [ VGSCRefractoryH increase ]
|
||
trace: None
|
||
```
|
||
|
||
#### VGSCRefractoryMSpill: ( active: 1x ) accumulator
|
||
|
||
Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa VGSCRefractoryH (interactor precedente)
|
||
|
||
```Gen
|
||
VGSCRefractoryMSpill: ( active: 1x )
|
||
type: accumulator
|
||
contained_by: VGCC_SOMA-M
|
||
|
||
in_context: any
|
||
hypothesis: NOT ( VGSCRefractoryM empty )
|
||
action: [ VGSCRefractoryM decrease ]
|
||
trace: None
|
||
```
|
||
|
||
## VGCC_SOMA_L: container
|
||
|
||
Voltage Gated Sodium Channel: easy to open (Low)
|
||
|
||
```Gen
|
||
container: VGCC_SOMA_L
|
||
|
||
tub_local:
|
||
VGSCRefractoryL ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x )
|
||
|
||
tub_intricated:
|
||
Na ( contained_in: SOMA)
|
||
|
||
context_intricated:
|
||
VDBLowCtx ( contained_by: SOMA )
|
||
```
|
||
|
||
### sec: VGCC_SOMA_L
|
||
|
||
#### VGSC-L_TPC: ( active: 60x ) contextor
|
||
|
||
Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di VGSCRefractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio.
|
||
|
||
```Gen
|
||
VGSC-L_Status: ( active: 60x )
|
||
type: contextor
|
||
contained_by: VGCC_SOMA_L
|
||
|
||
in_context: VDBLowCtx OR VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx
|
||
condition: ( VGSCRefractoryH emptiness )
|
||
out_context: NaEnterL_ctx
|
||
```
|
||
|
||
#### NaEnterL: ( active: 1x ) accumulator
|
||
|
||
Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo.
|
||
Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory
|
||
|
||
```Gen
|
||
NaEnterL: ( active: 1x )
|
||
type: accumulator
|
||
contained_by: VGCC_SOMA_L
|
||
|
||
in_context: NaEnterL_ctx
|
||
hypothesis: ( NOT Na full )
|
||
action: [ Na increase]
|
||
trace: None
|
||
|
||
hypothesis: ( NOT VGSCRefractoryL full )
|
||
action: [ VGSCRefractoryL increase ]
|
||
trace: None
|
||
```
|
||
|
||
#### VGSCRefractoryLSpill: ( active: 1x ) accumulator
|
||
|
||
Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa VGSCRefractoryH (interactor precedente)
|
||
|
||
```Gen
|
||
VGSCRefractoryLSpill: ( active: 1x )
|
||
type: accumulator
|
||
|
||
contained_by: VGSC-L-SOMA
|
||
|
||
in_context: any
|
||
hypothesis: NOT ( VGSCRefractoryL empty )
|
||
action: [ VGSCRefractoryL decrease ]
|
||
trace: None
|
||
```
|
||
|
||
|
||
## VGCC_SOMA_TUN: Tuner
|
||
|
||
```Gen
|
||
VGCC_SOMA_TUN
|
||
type: tuner
|
||
contained_by: SOMA
|
||
|
||
tunes: SOMA/expansion/VGCC_SOMA
|
||
|
||
context_intricated:
|
||
- TunPossible ( contained_by: DAY-N )
|
||
|
||
tub_local:
|
||
|
||
tub_intricated:
|
||
```
|
||
|
||
### check_tpc: ( active: 60x ) contextor
|
||
|
||
```Gen
|
||
check_tpc: ( active: 60x )
|
||
type: contextor
|
||
contained_by: VGCC_SOMA-TUN
|
||
|
||
in_context: TunPossible
|
||
condition: ??
|
||
out_context: TunSomaVcgg
|
||
```
|
||
|
||
### ?: ( active: x ) accumulator
|
||
|
||
```Gen
|
||
?: ( active: x )
|
||
type: accumulator
|
||
contained_by: TUN-PRE-VGCC
|
||
|
||
in_context: TunSomaVcgg
|
||
hypothesis:
|
||
action:
|
||
trace:
|
||
```
|