varie

neuron/presynapse.md

@@ -62,6 +62,88 @@ Qui riportiamo la struttura della espressione G e una descrizione di come legger
   - RPShuttle
   - RefillRPGlutamine (sec)
 
+## Presinapse
+
+I comportamenti sono episodi di integrazione di ipotesi, contestualizzati da condizioni. I comportamenti cambiano le condizioni e le condizioni influiscono sui comportamenti. Ma non in maniera causale, ma su contesti di tempi, spazi e quantita’ diversi. Gli sniplet di interacting sono quelli che determinano i comportamenti, quelli di contexting mettono constraints sulle condizioni. Le ipotesi fanno parte dei comportamenti, e sono concettualmente diverse dalle condizioni, perche’ si tratta di un accumulo di evidenza a seguito di ipotesi, evidenza che cambia le condizioni.
+
+E’ proprio l’accumulo che fa vedere come si passi da un tempo/spazio/quantita’ ad un altro.
+
+Posso provare ad associare comportamenti e condizioni. Perche’ i comportamenti dipendono dalle condizioni e le condizioni dai comportamenti. E inoltre non avvengono su scala temporale unica e come nel caso dei VGCC anche con molteplicita’ tunabile.
+
+Ci sono le condizioni come concentrazione di Ca2+ e concentrazione di Rrp. Anche nel caso di Rrp eliminiamo e aggiungiamo, ma sembra che Ca2+ sia piu’ importante.
+
+## Comportamenti
+
+uscita NT (Rrp)
+
+ingresso Ca2+
+
+uscita Ca2+
+
+ingresso tracceCa2+
+
+uscita tracceCa2+
+
+uscita eCb
+
+ingresso Rrp / uscita Rp
+
+ingresso Rp
+
+tuning VGCC
+
+## Condizioni
+
+### Rilascio NT - comportamento
+
+Il comportamento principale che assegniamo al container Presinspse e’ quello del rilascio di NT all’arrivo di AP_ctx dal SOMA. Il rilascio di NT all’arrivo di AP_ctx dal SOMA dipende da:
+
+- Concentrazione di Ca2+
+- Quantita’ di Rrp disponibile
+- ATP disponibile?
+
+### Concentrazione di Ca2+ - condizione
+
+La concentrazione di Ca2+ dipende da:
+
+#### Ingresso Ca2+ - comportamento
+
+L’ingresso di Ca2+ avviene tramite i VGCC e dipende da:
+
+- quantita’ di VGCC
+- CDI
+- eCb
+- ATP?
+
+##### CDI - Condizione
+
+Ha un proprio refractory e dipende dalla concentrazione di Ca2+. Normalmente si attiva all’apertura dei VGCC, perche’ deve limitare l’ingresso di Ca2+, che altrimenti entrerebbero come in una cascata. Invece qui si gestisce anche la coincidenza temporale, ovvero AP deve arrivare quando non c’e’ CDI, altrimenti il sistema non funziona efficientemente.
+
+#### Ristagno Ca2+
+
+Il ristagno di Ca2+ e’ dovuto:
+
+- Alla mancanza di ATP che non permette l’eliminazione tramite le pompe
+- La alta frequenza di spike che non permette anche in presenza di ATP di eliminare CA2+
+
+#### Eliminazione Ca2+
+
+ATP is consumed continuously by three processes:
+
+- the Na/K-ATPase pump that restores the membrane gradient after each spike (the largest cost, proportional to firing rate)
+- the PMCA and SERCA pumps that clear Ca²⁺ from the cytosol
+- the molecular machinery that docks and primes vesicles for release.
+
+These costs accumulate in an ATP demand register that grows with every spike and every Ca²⁺ clearance event in the millisecond loop.
+
+#### Permanenza di Ca2+ - Trace - medium/long period
+
+Questo serve per il medio/lungo periodo
+
+### Quantita’ di Rrp disponibile
+
+### ATP disponibile
+
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 **Tubs:**