ristrutturazione files e formatting
This commit is contained in:
+6
-2
@@ -1,6 +1,6 @@
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# AST: Comprehension
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Qui comprendiamo Astrocyte, sia BEH, che TUN e DEV
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**Astrocyte**: Qui comprendiamo Astrocyte, sia BEH che TUN e DEV
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```Gen
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comprehension: AST
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@@ -11,5 +11,9 @@ comprehension: AST
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- DEV-AST.md
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expansion:
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- BEH-AST ( active: 1x )
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- BEH-SYN ( fullness: indef, active: indef, emptiness: 0x )
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modulated_by ??? from TUN.AST
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modulated_by ??? from DEV.AST
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```
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Modulated by: [[TUN-AST]]
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@@ -1,20 +0,0 @@
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# BEH-AST.md
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Qui comprendiamo:
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- BEH-AST: Astrocyte
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## BEH-AST: Container
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```Gen
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container: BEH-AST
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expansion:
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- BEH-SYN ( fullness: indef, active: indef, emptiness: 0x )
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```
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Modulated by: [[TUN-AST]]
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### Leakage: Context
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### ???: Episode
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@@ -0,0 +1,16 @@
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# BEH-SYN.md
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Qui comprendiamo:
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- BEH-AST: Synapse
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## BEH-SYN: Container
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```Gen
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container: BEH-SYN
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```
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### Leakage: Context
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### ???: Episode
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@@ -1,6 +1,6 @@
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# TUN-AST.md
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Qui mettiamo l'attivazione/disattivazione di una SYN possibile, messa a disposizione dal DEV-AST.
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Qui mettiamo l'attivazione/disattivazione di una SYN possibile, messa a disposizione dal DEV-AST che crea e distrugge la possibilita' di SYN.
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Il ragionamento e' fra la possibilita' di SYN, e le possibilita' di PRE e POST.
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+4
-5
@@ -97,13 +97,13 @@ context: IntegrateCa2+
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rf: ( active: 60x )
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condition: (Ca2+ empty)
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out_context: CaEmpty
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out_context: CaEmpty
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condition: NOT (Ca2+ empty) AND NOT (Ca2+ full)
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out_context: CaMedium
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out_context: CaMedium
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condition: (Ca2+ full)
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out_context: CaFull
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out_context: CaFull
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```
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### VescicleRelease: Episode
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@@ -127,8 +127,7 @@ episode: VescicleRelease
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rf: ( active: 6x )
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hypothesis: (Ca2+ full) AND NOT (Rrp empty)
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action: [Rrp decrease, Nt increase, Ca2+ decrease,
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TagRelease increase]
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action: [Rrp decrease, Nt increase, Ca2+ decrease, TagRelease increase]
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trace: None
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```
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+3
-3
@@ -1,14 +1,14 @@
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# BEH-N: Container
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**Neuron Behavior** (directly observable, excluding TUN e DEV).
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**Neuron Behavior**: (directly observable, excluding TUN e DEV).
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Questo container serve solo ad espandere AXO, SOMA e DB.
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```Gen
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container: BEH-N
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expansion:
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expansion:
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- BEH-AXO ( active: 1x )
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- BEH-SOMA ( active: 1x )
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- BEH-DB ( active: 3x )
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||||
- BEH-DB ( active: 3x )
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```
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+1
-1
@@ -1,6 +1,6 @@
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# N: Comprehension
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Neuron Comprehension: Nel folder Appunti ci sono i comportamenti osservabili, dai quali siamo partiti, riducendo notevolmente in questa prima fase.
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**Neuron Comprehension**: Nel folder Appunti ci sono i comportamenti osservabili, dai quali siamo partiti, riducendo notevolmente in questa prima fase.
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```Gen
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comprehension: N
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@@ -1,59 +0,0 @@
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# BEH-WTA.md
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Qui comprendiamo:
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- BEH-WTA
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## BEH-WTA: Container
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**Winner Take All**: E' un primo circuito che possiamo esprimere e poi anche utilizzare come una sorta di modulo per exprimere aree cerebrali.
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```Gen
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container: BEH-WTA
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expansion:
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elements:
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NEU-001: N.md
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NEU-002: N.md
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NEU-003: N.md
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NEU-004: N.md
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AST-001: AST.md
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AST-002: AST.md
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Incoming:
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INH-001 # type 1
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INH-002 # type 2
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Outgoing:
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EXH-001 # type 1
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EXH-002 # type 2
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intrication:
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AREA-001:
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- NEU-001.AXO -[excites]-> NEU-003.BD-001 ~AST-001
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- NEU-001.AXO -[inhibits]-> NEU-003.SOMA ~AST-002
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||||
AREA-002:
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||||
- NEU-003.AXO -[excites]-> EXH-001 ~@
|
||||
- NEU-004.AXO -[excites]-> EXH-002 ~@
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||||
AREA-003:
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||||
- INH-001 -[inhibits]-> NEU-001.SOMA ~@
|
||||
- INH-002 -[inhibits]-> NEU-003.SOMA ~@
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```
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||||
Questo e' il nuovo tipo di espansione che permette di specificare un "circuito" di possibilita'.
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||||
A differenza di BD che espande PRE implicitamente e trattando PRE tutti allo stesso modo, ma comunque mantenendo la gerarchia, e la relazione, qui espandiamo esplicitamente.
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||||
L'espansione:
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- dichiara N1 e N2
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- dichiara AST1
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- collega un N1 con un N2
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||||
- specifica che tipologia: excitation o inibition
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- specifica dove avviene la excitation o inhibition (SOMA, BDx, eventalmente AXOx)
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||||
- specifica l'astrocita che gestira' le possibilita' di Sinapsi
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||||
In questo modo abbiamo allargato il concetto di espansione introducendo una sorta di spazialita', che dipende dalla relazione che viene imposta, e puo' essere verifica.
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Problemi da risolver:
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- Non posso permettere che una PRE e POST dello stesso N possano fare sinapsi.
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||||
- INH e EXH ora espongono il modulo WTA ad un'area cerebrale dove viene specificato l'intricazione fra moduli, e AST che fa la modulazione
|
||||
- posso pensare di produrre il circuito in ambiente visuale tipo DrawIO, e avere un parser che me lo trasforma in questa sintassi.
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+47
-7
@@ -1,15 +1,55 @@
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# WTA: Comprehension
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Qui comprendiamo un primo circuito Winner Take All, sia BEH, che TUN e DEV
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**Winner Take All**: Qui comprendiamo un primo circuito. Per ora non ha BEH, TUN e DEV. Serve solo come espansione "attuale" del circuito.
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```Gen
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comprehension: WTA
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include:
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- BEH-WTA.md
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- TUN-WTA.md
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- DEV-WTA.md
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include:
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expansion:
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- BEH-WTA ( active: 1x )
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expansion:
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elements:
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NEU-001: N.md
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NEU-002: N.md
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NEU-003: N.md
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NEU-004: N.md
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AST-001: AST.md
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AST-002: AST.md
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Incoming:
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INH-001 # type 1
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INH-002 # type 2
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Outgoing:
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EXH-001 # type 1
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EXH-002 # type 2
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intrication:
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AREA-001:
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- NEU-001.AXO -[excites]-> NEU-003.BD-001 ~AST-001
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- NEU-001.AXO -[inhibits]-> NEU-003.SOMA ~AST-002
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AREA-002:
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- NEU-003.AXO -[excites]-> EXH-001 ~@
|
||||
- NEU-004.AXO -[excites]-> EXH-002 ~@
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AREA-003:
|
||||
- INH-001 -[inhibits]-> NEU-001.SOMA ~@
|
||||
- INH-002 -[inhibits]-> NEU-003.SOMA ~@
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```
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||||
Questo e' il nuovo tipo di espansione che permette di specificare un "circuito" di possibilita'.
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A differenza di BD che espande PRE implicitamente e trattando PRE tutti allo stesso modo, ma comunque mantenendo la gerarchia, e la relazione, qui espandiamo esplicitamente.
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L'espansione:
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- dichiara N1 e N2
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- dichiara AST1
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- collega un N1 con un N2
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- specifica che tipologia: excitation o inibition
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- specifica dove avviene la excitation o inhibition (SOMA, BDx, eventalmente AXOx)
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- specifica l'astrocita che gestira' le possibilita' di Sinapsi
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In questo modo abbiamo allargato il concetto di espansione introducendo una sorta di spazialita', che dipende dalla relazione che viene imposta, e puo' essere verifica.
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Problemi da risolver:
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- Non posso permettere che una PRE e POST dello stesso N possano fare sinapsi.
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- INH e EXH ora espongono il modulo WTA ad un'area cerebrale dove viene specificato l'intricazione fra moduli, e AST che fa la modulazione
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- posso pensare di produrre il circuito in ambiente visuale tipo DrawIO, e avere un parser che me lo trasforma in questa sintassi.
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