From ef355420143ea5fed4624327a08861ded4ee2d2d Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: ocrampal Date: Mon, 9 Mar 2026 10:36:25 +0100 Subject: [PATCH] ristrutturazione files e formatting --- astrocyte/AST.md | 8 ++++-- astrocyte/BEH-AST.md | 20 -------------- astrocyte/BEH-SYN.md | 16 +++++++++++ astrocyte/TUN-AST.md | 2 +- neuron/BEH-AXO.md | 9 +++--- neuron/BEH-N.md | 6 ++-- neuron/N.md | 2 +- winnertakeall/BEH-WTA.md | 59 ---------------------------------------- winnertakeall/DEV-WTA.md | 0 winnertakeall/TUN-WTA.md | 0 winnertakeall/WTA.md | 54 +++++++++++++++++++++++++++++++----- 11 files changed, 78 insertions(+), 98 deletions(-) delete mode 100644 astrocyte/BEH-AST.md create mode 100644 astrocyte/BEH-SYN.md delete mode 100644 winnertakeall/BEH-WTA.md delete mode 100644 winnertakeall/DEV-WTA.md delete mode 100644 winnertakeall/TUN-WTA.md diff --git a/astrocyte/AST.md b/astrocyte/AST.md index 2322932..29bac88 100644 --- a/astrocyte/AST.md +++ b/astrocyte/AST.md @@ -1,6 +1,6 @@ # AST: Comprehension -Qui comprendiamo Astrocyte, sia BEH, che TUN e DEV +**Astrocyte**: Qui comprendiamo Astrocyte, sia BEH che TUN e DEV ```Gen comprehension: AST @@ -11,5 +11,9 @@ comprehension: AST - DEV-AST.md expansion: - - BEH-AST ( active: 1x ) + - BEH-SYN ( fullness: indef, active: indef, emptiness: 0x ) + modulated_by ??? from TUN.AST + modulated_by ??? from DEV.AST ``` + +Modulated by: [[TUN-AST]] diff --git a/astrocyte/BEH-AST.md b/astrocyte/BEH-AST.md deleted file mode 100644 index cf2203f..0000000 --- a/astrocyte/BEH-AST.md +++ /dev/null @@ -1,20 +0,0 @@ -# BEH-AST.md - -Qui comprendiamo: - -- BEH-AST: Astrocyte - -## BEH-AST: Container - -```Gen -container: BEH-AST - - expansion: - - BEH-SYN ( fullness: indef, active: indef, emptiness: 0x ) -``` - -Modulated by: [[TUN-AST]] - -### Leakage: Context - -### ???: Episode diff --git a/astrocyte/BEH-SYN.md b/astrocyte/BEH-SYN.md new file mode 100644 index 0000000..2102067 --- /dev/null +++ b/astrocyte/BEH-SYN.md @@ -0,0 +1,16 @@ +# BEH-SYN.md + +Qui comprendiamo: + +- BEH-AST: Synapse + +## BEH-SYN: Container + +```Gen +container: BEH-SYN + +``` + +### Leakage: Context + +### ???: Episode diff --git a/astrocyte/TUN-AST.md b/astrocyte/TUN-AST.md index b949a69..f5411e0 100644 --- a/astrocyte/TUN-AST.md +++ b/astrocyte/TUN-AST.md @@ -1,6 +1,6 @@ # TUN-AST.md -Qui mettiamo l'attivazione/disattivazione di una SYN possibile, messa a disposizione dal DEV-AST. +Qui mettiamo l'attivazione/disattivazione di una SYN possibile, messa a disposizione dal DEV-AST che crea e distrugge la possibilita' di SYN. Il ragionamento e' fra la possibilita' di SYN, e le possibilita' di PRE e POST. diff --git a/neuron/BEH-AXO.md b/neuron/BEH-AXO.md index 3632447..9908a6c 100644 --- a/neuron/BEH-AXO.md +++ b/neuron/BEH-AXO.md @@ -97,13 +97,13 @@ context: IntegrateCa2+ rf: ( active: 60x ) condition: (Ca2+ empty) - out_context: CaEmpty + out_context: CaEmpty condition: NOT (Ca2+ empty) AND NOT (Ca2+ full) - out_context: CaMedium + out_context: CaMedium condition: (Ca2+ full) - out_context: CaFull + out_context: CaFull ``` ### VescicleRelease: Episode @@ -127,8 +127,7 @@ episode: VescicleRelease rf: ( active: 6x ) hypothesis: (Ca2+ full) AND NOT (Rrp empty) - action: [Rrp decrease, Nt increase, Ca2+ decrease, - TagRelease increase] + action: [Rrp decrease, Nt increase, Ca2+ decrease, TagRelease increase] trace: None ``` diff --git a/neuron/BEH-N.md b/neuron/BEH-N.md index c6dcd50..815eb50 100644 --- a/neuron/BEH-N.md +++ b/neuron/BEH-N.md @@ -1,14 +1,14 @@ # BEH-N: Container -**Neuron Behavior** (directly observable, excluding TUN e DEV). +**Neuron Behavior**: (directly observable, excluding TUN e DEV). Questo container serve solo ad espandere AXO, SOMA e DB. ```Gen container: BEH-N - expansion: + expansion: - BEH-AXO ( active: 1x ) - BEH-SOMA ( active: 1x ) - - BEH-DB ( active: 3x ) + - BEH-DB ( active: 3x ) ``` diff --git a/neuron/N.md b/neuron/N.md index 8a17364..babd9cd 100644 --- a/neuron/N.md +++ b/neuron/N.md @@ -1,6 +1,6 @@ # N: Comprehension -Neuron Comprehension: Nel folder Appunti ci sono i comportamenti osservabili, dai quali siamo partiti, riducendo notevolmente in questa prima fase. +**Neuron Comprehension**: Nel folder Appunti ci sono i comportamenti osservabili, dai quali siamo partiti, riducendo notevolmente in questa prima fase. ```Gen comprehension: N diff --git a/winnertakeall/BEH-WTA.md b/winnertakeall/BEH-WTA.md deleted file mode 100644 index 1385879..0000000 --- a/winnertakeall/BEH-WTA.md +++ /dev/null @@ -1,59 +0,0 @@ -# BEH-WTA.md - -Qui comprendiamo: - -- BEH-WTA - -## BEH-WTA: Container - -**Winner Take All**: E' un primo circuito che possiamo esprimere e poi anche utilizzare come una sorta di modulo per exprimere aree cerebrali. - -```Gen -container: BEH-WTA - - expansion: - elements: - NEU-001: N.md - NEU-002: N.md - NEU-003: N.md - NEU-004: N.md - AST-001: AST.md - AST-002: AST.md - - Incoming: - INH-001 # type 1 - INH-002 # type 2 - - Outgoing: - EXH-001 # type 1 - EXH-002 # type 2 - - intrication: - AREA-001: - - NEU-001.AXO -[excites]-> NEU-003.BD-001 ~AST-001 - - NEU-001.AXO -[inhibits]-> NEU-003.SOMA ~AST-002 - AREA-002: - - NEU-003.AXO -[excites]-> EXH-001 ~@ - - NEU-004.AXO -[excites]-> EXH-002 ~@ - AREA-003: - - INH-001 -[inhibits]-> NEU-001.SOMA ~@ - - INH-002 -[inhibits]-> NEU-003.SOMA ~@ -``` - -Questo e' il nuovo tipo di espansione che permette di specificare un "circuito" di possibilita'. -A differenza di BD che espande PRE implicitamente e trattando PRE tutti allo stesso modo, ma comunque mantenendo la gerarchia, e la relazione, qui espandiamo esplicitamente. -L'espansione: - -- dichiara N1 e N2 -- dichiara AST1 -- collega un N1 con un N2 -- specifica che tipologia: excitation o inibition -- specifica dove avviene la excitation o inhibition (SOMA, BDx, eventalmente AXOx) -- specifica l'astrocita che gestira' le possibilita' di Sinapsi - -In questo modo abbiamo allargato il concetto di espansione introducendo una sorta di spazialita', che dipende dalla relazione che viene imposta, e puo' essere verifica. -Problemi da risolver: - -- Non posso permettere che una PRE e POST dello stesso N possano fare sinapsi. -- INH e EXH ora espongono il modulo WTA ad un'area cerebrale dove viene specificato l'intricazione fra moduli, e AST che fa la modulazione -- posso pensare di produrre il circuito in ambiente visuale tipo DrawIO, e avere un parser che me lo trasforma in questa sintassi. diff --git a/winnertakeall/DEV-WTA.md b/winnertakeall/DEV-WTA.md deleted file mode 100644 index e69de29..0000000 diff --git a/winnertakeall/TUN-WTA.md b/winnertakeall/TUN-WTA.md deleted file mode 100644 index e69de29..0000000 diff --git a/winnertakeall/WTA.md b/winnertakeall/WTA.md index d955121..fcacc19 100644 --- a/winnertakeall/WTA.md +++ b/winnertakeall/WTA.md @@ -1,15 +1,55 @@ # WTA: Comprehension -Qui comprendiamo un primo circuito Winner Take All, sia BEH, che TUN e DEV +**Winner Take All**: Qui comprendiamo un primo circuito. Per ora non ha BEH, TUN e DEV. Serve solo come espansione "attuale" del circuito. ```Gen comprehension: WTA - include: - - BEH-WTA.md - - TUN-WTA.md - - DEV-WTA.md + include: - expansion: - - BEH-WTA ( active: 1x ) + expansion: + elements: + NEU-001: N.md + NEU-002: N.md + NEU-003: N.md + NEU-004: N.md + AST-001: AST.md + AST-002: AST.md + + Incoming: + INH-001 # type 1 + INH-002 # type 2 + + Outgoing: + EXH-001 # type 1 + EXH-002 # type 2 + + intrication: + AREA-001: + - NEU-001.AXO -[excites]-> NEU-003.BD-001 ~AST-001 + - NEU-001.AXO -[inhibits]-> NEU-003.SOMA ~AST-002 + AREA-002: + - NEU-003.AXO -[excites]-> EXH-001 ~@ + - NEU-004.AXO -[excites]-> EXH-002 ~@ + AREA-003: + - INH-001 -[inhibits]-> NEU-001.SOMA ~@ + - INH-002 -[inhibits]-> NEU-003.SOMA ~@ ``` + +Questo e' il nuovo tipo di espansione che permette di specificare un "circuito" di possibilita'. +A differenza di BD che espande PRE implicitamente e trattando PRE tutti allo stesso modo, ma comunque mantenendo la gerarchia, e la relazione, qui espandiamo esplicitamente. +L'espansione: + +- dichiara N1 e N2 +- dichiara AST1 +- collega un N1 con un N2 +- specifica che tipologia: excitation o inibition +- specifica dove avviene la excitation o inhibition (SOMA, BDx, eventalmente AXOx) +- specifica l'astrocita che gestira' le possibilita' di Sinapsi + +In questo modo abbiamo allargato il concetto di espansione introducendo una sorta di spazialita', che dipende dalla relazione che viene imposta, e puo' essere verifica. +Problemi da risolver: + +- Non posso permettere che una PRE e POST dello stesso N possano fare sinapsi. +- INH e EXH ora espongono il modulo WTA ad un'area cerebrale dove viene specificato l'intricazione fra moduli, e AST che fa la modulazione +- posso pensare di produrre il circuito in ambiente visuale tipo DrawIO, e avere un parser che me lo trasforma in questa sintassi.