ristrutturazione files e formatting

astrocyte/AST.md

@@ -1,6 +1,6 @@
 # AST: Comprehension
 
-Qui comprendiamo Astrocyte, sia BEH, che TUN e DEV
+**Astrocyte**: Qui comprendiamo Astrocyte, sia BEH che TUN e DEV
 
 ```Gen
 comprehension: AST
@@ -11,5 +11,9 @@ comprehension: AST
   - DEV-AST.md
  
  expansion:
-  - BEH-AST ( active: 1x ) 
+  - BEH-SYN ( fullness: indef, active: indef, emptiness: 0x )
+    modulated_by ??? from TUN.AST 
+    modulated_by ??? from DEV.AST
 ```
+
+Modulated by: [[TUN-AST]]

astrocyte/BEH-AST.md

@@ -1,20 +0,0 @@
-# BEH-AST.md
-
-Qui comprendiamo:
-
-- BEH-AST: Astrocyte
-
-## BEH-AST: Container
-
-```Gen
-container: BEH-AST
-
-  expansion: 
-  - BEH-SYN ( fullness: indef, active: indef, emptiness: 0x ) 
-```
-
-Modulated by: [[TUN-AST]]
-
-### Leakage: Context
-
-### ???: Episode

astrocyte/BEH-SYN.md

@@ -0,0 +1,16 @@
+# BEH-SYN.md
+
+Qui comprendiamo:
+
+- BEH-AST: Synapse
+
+## BEH-SYN: Container
+
+```Gen
+container: BEH-SYN
+ 
+```
+
+### Leakage: Context
+
+### ???: Episode

astrocyte/TUN-AST.md

@@ -1,6 +1,6 @@
 # TUN-AST.md
 
-Qui mettiamo l'attivazione/disattivazione di una SYN possibile, messa a disposizione dal DEV-AST.
+Qui mettiamo l'attivazione/disattivazione di una SYN possibile, messa a disposizione dal DEV-AST che crea e distrugge la possibilita' di SYN.
 
 Il ragionamento e' fra la possibilita' di SYN, e le possibilita' di PRE e POST.
 

neuron/BEH-AXO.md

@@ -127,8 +127,7 @@ episode: VescicleRelease
   rf: ( active: 6x )
 
   hypothesis: (Ca2+ full) AND NOT (Rrp empty)
-  action: [Rrp decrease, Nt increase, Ca2+ decrease, 
+  action: [Rrp decrease, Nt increase, Ca2+ decrease, TagRelease increase]
-                TagRelease increase]
   trace: None
 ```
 

neuron/BEH-N.md

@@ -1,6 +1,6 @@
 # BEH-N: Container
 
-**Neuron Behavior** (directly observable, excluding TUN e DEV).
+**Neuron Behavior**: (directly observable, excluding TUN e DEV).
 
 Questo container serve solo ad espandere AXO, SOMA e DB.
 

neuron/N.md

@@ -1,6 +1,6 @@
 # N: Comprehension
 
-Neuron Comprehension: Nel folder Appunti ci sono i comportamenti osservabili, dai quali siamo partiti, riducendo notevolmente in questa prima fase.
+**Neuron Comprehension**: Nel folder Appunti ci sono i comportamenti osservabili, dai quali siamo partiti, riducendo notevolmente in questa prima fase.
 
 ```Gen
 comprehension: N

winnertakeall/BEH-WTA.md

@@ -1,59 +0,0 @@
-# BEH-WTA.md
-
-Qui comprendiamo:
-
-- BEH-WTA
-
-## BEH-WTA: Container
-
-**Winner Take All**: E' un primo circuito che possiamo esprimere e poi anche utilizzare come una sorta di modulo per exprimere aree cerebrali.
-
-```Gen
-container: BEH-WTA
-
-  expansion:
-    elements:
-      NEU-001: N.md
-      NEU-002: N.md
-      NEU-003: N.md 
-      NEU-004: N.md
-      AST-001: AST.md
-      AST-002: AST.md
-
-    Incoming:
-      INH-001 # type 1
-      INH-002 # type 2
-
-    Outgoing:
-      EXH-001 # type 1
-      EXH-002 # type 2
-
-    intrication:  
-      AREA-001:
-        - NEU-001.AXO -[excites]-> NEU-003.BD-001 ~AST-001
-        - NEU-001.AXO -[inhibits]-> NEU-003.SOMA ~AST-002
-      AREA-002:
-        - NEU-003.AXO -[excites]-> EXH-001 ~@
-        - NEU-004.AXO -[excites]-> EXH-002 ~@
-      AREA-003:
-        - INH-001 -[inhibits]-> NEU-001.SOMA ~@
-        - INH-002 -[inhibits]-> NEU-003.SOMA ~@
-```
-
-Questo e' il nuovo tipo di espansione che permette di specificare un "circuito" di possibilita'.
-A differenza di BD che espande PRE implicitamente e trattando PRE tutti allo stesso modo, ma comunque mantenendo la gerarchia, e la relazione, qui espandiamo esplicitamente.
-L'espansione:
-
-- dichiara N1 e N2
-- dichiara AST1
-- collega un N1 con un N2
-- specifica che tipologia: excitation o inibition
-- specifica dove avviene la excitation o inhibition (SOMA, BDx, eventalmente AXOx)
-- specifica l'astrocita che gestira' le possibilita' di Sinapsi
-
-In questo modo abbiamo allargato il concetto di espansione introducendo una sorta di spazialita', che dipende dalla relazione che viene imposta, e puo' essere verifica.
-Problemi da risolver:
-
-- Non posso permettere che una PRE e POST dello stesso N possano fare sinapsi.
-- INH e EXH ora espongono il modulo WTA ad un'area cerebrale dove viene specificato l'intricazione fra moduli, e AST che fa la modulazione
-- posso pensare di produrre il circuito in ambiente visuale tipo DrawIO, e avere un parser che me lo trasforma in questa sintassi.

winnertakeall/WTA.md

@@ -1,15 +1,55 @@
 # WTA: Comprehension
 
-Qui comprendiamo un primo circuito Winner Take All, sia BEH, che TUN e DEV
+**Winner Take All**: Qui comprendiamo un primo circuito. Per ora non ha BEH, TUN e DEV. Serve solo come espansione "attuale" del circuito.
 
 ```Gen
 comprehension: WTA
 
   include:
-  - BEH-WTA.md 
-  - TUN-WTA.md
-  - DEV-WTA.md
  
   expansion:
-  - BEH-WTA ( active: 1x ) 
+    elements:
+      NEU-001: N.md
+      NEU-002: N.md
+      NEU-003: N.md 
+      NEU-004: N.md
+      AST-001: AST.md
+      AST-002: AST.md
+
+    Incoming:
+      INH-001 # type 1
+      INH-002 # type 2
+
+    Outgoing:
+      EXH-001 # type 1
+      EXH-002 # type 2
+
+    intrication:  
+      AREA-001:
+        - NEU-001.AXO -[excites]-> NEU-003.BD-001 ~AST-001
+        - NEU-001.AXO -[inhibits]-> NEU-003.SOMA ~AST-002
+      AREA-002:
+        - NEU-003.AXO -[excites]-> EXH-001 ~@
+        - NEU-004.AXO -[excites]-> EXH-002 ~@
+      AREA-003:
+        - INH-001 -[inhibits]-> NEU-001.SOMA ~@
+        - INH-002 -[inhibits]-> NEU-003.SOMA ~@
 ```
+
+Questo e' il nuovo tipo di espansione che permette di specificare un "circuito" di possibilita'.
+A differenza di BD che espande PRE implicitamente e trattando PRE tutti allo stesso modo, ma comunque mantenendo la gerarchia, e la relazione, qui espandiamo esplicitamente.
+L'espansione:
+
+- dichiara N1 e N2
+- dichiara AST1
+- collega un N1 con un N2
+- specifica che tipologia: excitation o inibition
+- specifica dove avviene la excitation o inhibition (SOMA, BDx, eventalmente AXOx)
+- specifica l'astrocita che gestira' le possibilita' di Sinapsi
+
+In questo modo abbiamo allargato il concetto di espansione introducendo una sorta di spazialita', che dipende dalla relazione che viene imposta, e puo' essere verifica.
+Problemi da risolver:
+
+- Non posso permettere che una PRE e POST dello stesso N possano fare sinapsi.
+- INH e EXH ora espongono il modulo WTA ad un'area cerebrale dove viene specificato l'intricazione fra moduli, e AST che fa la modulazione
+- posso pensare di produrre il circuito in ambiente visuale tipo DrawIO, e avere un parser che me lo trasforma in questa sintassi.