varie

neuron/soma.md

@@ -111,8 +111,8 @@ This only applies if not ApCtx, or in other words, SOMA is not in refractory per
 check_tpc: SOMA-Status
   contained_by: SOMA
 
-  in_context: any
   rf: ( active: 60x )
+  in_context: any
 
   condition: ( VDB fullness ) AND NOT ApCtx
     out_context: VDBMaxCtx
@@ -142,8 +142,8 @@ La fullness di Na rappresenta il threshold e puo' essere modificato. La fullness
 check_tpc: SomaSpike
   contained_by: SOMA
 
-  in_context: any
   rf: ( active: 30x )
+  in_context: any
 
   condition: ( Na fullness ) AND ( RefractorySoma emptiness )
     out_context: ApCtx
@@ -158,8 +158,8 @@ Durante la fase effettiva di spike, eliminiamo Na accumulati, riempiamo Refracto
 interacting: ActiveAP
   contained_by: SOMA
 
-  in_context: ApCtx
   rf: ( active: 8x )
+  in_context: ApCtx
 
   hypothesis: NOT Na empty
     action: [ decrease Na ]
@@ -180,8 +180,8 @@ interacting: ActiveAP
 interacting: NaSpill
   contained_by: SOMA
 
-  in_context: NaSpill_ctx
   rf: ( active: 8x )
+  in_context: NaSpill_ctx
 
   hypothesis: NOT ( Na emptiness )
     action: [ decrease Na ]
@@ -196,8 +196,8 @@ Lo spill deve essere piu' lento dell'increase che avviene in APBeh
 interacting: RefractorySomaSpill
   contained_by: SOMA
 
-  in_context: RefractorySoma_ctx
   rf: ( active: 16x )
+  in_context: RefractorySoma_ctx
 
   hypothesis: NOT ( RefractorySoma empty )
     action: [ decrease RefractorySoma ]
@@ -231,8 +231,8 @@ tuner: VGSC-SOMA-TUN
 context: check_tpc
   contained_by: VGSC-SOMA-TUN
 
-  context: TunPossible
   rf: ( active: 60x )
+  in_context: TunPossible
 
   condition:  
   out_context: TunSomaVcgg
@@ -244,8 +244,8 @@ context: check_tpc
 interacting: ?
   contained_by: TUN-PRE-VGCC
 
-  context: TunSomaVcgg
   rf: ( active: x )
+  context: TunSomaVcgg
 
  hypothesis:  
   action: 
@@ -259,9 +259,6 @@ Voltage Gated Sodium Channel: difficult to open (High)
 ```Gen
 container: VGSC-SOMA-H
 
-  tub_local:
-    Ready ( )
-
   tub_local:
     RefractoryH ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x )
 
@@ -274,17 +271,21 @@ container: VGSC-SOMA-H
 
 #### VGSC-H_TPC: check_tpc
 
-Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio.
+Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella quale avviene l'episodio.
 
 ```Gen
 check_tpc: VGSC-H_TPC
+
   contained_by: VGSC-SOMA-H
 
-  tpc: VDBMaxCtx
   rf: ( active: 60x )
+  in_context: any
 
-  condition: ( RefractoryH emptiness ) 
+  condition: VDBMaxCtx AND ( RefractoryH emptiness ) 
     out_context: NaEnterH_Ctx
+
+  condition: ( RefractoryH mediumness ) OR ( RefractoryH fullness )
+    out_context: RefractoryHSpill_ctx
 ```
 
 #### NaEnterH: interacting
@@ -296,7 +297,7 @@ Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA i
 interacting: NaEnterH
   contained_by: VGSC-H-SOMA
 
-  context: NaEnterH_Ctx
+  in_context: NaEnterH_Ctx
   rf: ( active: 1x )
 
   hypothesis: ( NOT Na full )
@@ -308,7 +309,7 @@ interacting: NaEnterH
     trace: None
 ```
 
-##### RefractoryHSpill: interacting
+#### RefractoryHSpill: interacting
 
 Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente)
 
@@ -316,8 +317,8 @@ Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (
 interacting: RefractoryHSpill
   contained_by: VGSC-H-SOMA
 
-  context: any
   rf: ( active: 1x )
+  in_context: RefractoryHSpill_ctx
 
   hypothesis: NOT ( RefractoryH empty )  
     action: [ RefractoryH decrease ]
@@ -331,9 +332,6 @@ Voltage Gated Sodium Channel: less difficult to open (Medium)
 ```Gen
 container: VGSC-SOMA-M
 
-  tub_local:
-    Ready ( )
-
   tub_local:
     RefractoryM ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x )
 
@@ -346,14 +344,14 @@ container: VGSC-SOMA-M
 
 #### VGSC-M_TPC: check_tpc
 
-Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio.
+Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella quale avviene l'episodio.
 
 ```Gen
 check_tpc: VGSC-M_TPC
   contained_by: VGSC-SOMA-M
 
-  tpc: VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx
   rf: ( active: 60x )
+  in_context: VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx
 
   condition: ( RefractoryH emptiness ) 
     out_context: NaEnterM_Ctx
@@ -368,8 +366,8 @@ Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA i
 interacting: NaEnterM
   contained_by: VGSC-M-SOMA
 
-  context: NaEnterM_Ctx
   rf: ( active: 1x )
+  in_context: NaEnterM_Ctx
 
   hypothesis: ( NOT Na full )
     action: [ Na increase]
@@ -380,7 +378,7 @@ interacting: NaEnterM
     trace: None
 ```
 
-##### RefractoryMSpill: interacting
+#### RefractoryMSpill: interacting
 
 Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente)
 
@@ -388,8 +386,8 @@ Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (
 interacting: RefractoryMSpill
   contained_by: VGSC-M-SOMA
 
-  context: any
   rf: ( active: 1x )
+  in_context: any
 
   hypothesis: NOT ( RefractoryM empty )  
     action: [ RefractoryM decrease ]
@@ -403,9 +401,6 @@ Voltage Gated Sodium Channel: easy to open (Low)
 ```Gen
 container: VGSC-SOMA-L
 
-  tub_local:
-    Ready ( )
-
   tub_local:
     RefractoryL ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x )
 
@@ -424,8 +419,8 @@ Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di
 check_tpc: VGSC-L_TPC
   contained_by: VGSC-SOMA-L
 
-  tpc: VDBLowCtx OR VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx
   rf: ( active: 60x )
+  in_context: VDBLowCtx OR VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx
 
   condition: ( RefractoryH emptiness ) 
     out_context: NaEnterL_Ctx
@@ -440,8 +435,8 @@ Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA i
 interacting: NaEnterL
   contained_by: VGSC-L-SOMA
 
-  context: NaEnterL_Ctx
   rf: ( active: 1x )
+  in_context: NaEnterL_Ctx
 
   hypothesis: ( NOT Na full )
     action: [ Na increase]
@@ -452,7 +447,7 @@ interacting: NaEnterL
     trace: None
 ```
 
-##### RefractoryLSpill: interacting
+#### RefractoryLSpill: interacting
 
 Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente)
 
@@ -460,8 +455,8 @@ Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (
 interacting: RefractoryLSpill
   contained_by: VGSC-L-SOMA
 
-  context: any
   rf: ( active: 1x )
+  in_context: any
 
   hypothesis: NOT ( RefractoryL empty )  
     action: [ RefractoryL decrease ]