diff --git a/neuron/soma.md b/neuron/soma.md index f7c6cf1..5380559 100644 --- a/neuron/soma.md +++ b/neuron/soma.md @@ -111,8 +111,8 @@ This only applies if not ApCtx, or in other words, SOMA is not in refractory per check_tpc: SOMA-Status contained_by: SOMA - in_context: any rf: ( active: 60x ) + in_context: any condition: ( VDB fullness ) AND NOT ApCtx out_context: VDBMaxCtx @@ -142,8 +142,8 @@ La fullness di Na rappresenta il threshold e puo' essere modificato. La fullness check_tpc: SomaSpike contained_by: SOMA - in_context: any rf: ( active: 30x ) + in_context: any condition: ( Na fullness ) AND ( RefractorySoma emptiness ) out_context: ApCtx @@ -158,8 +158,8 @@ Durante la fase effettiva di spike, eliminiamo Na accumulati, riempiamo Refracto interacting: ActiveAP contained_by: SOMA - in_context: ApCtx rf: ( active: 8x ) + in_context: ApCtx hypothesis: NOT Na empty action: [ decrease Na ] @@ -180,8 +180,8 @@ interacting: ActiveAP interacting: NaSpill contained_by: SOMA - in_context: NaSpill_ctx rf: ( active: 8x ) + in_context: NaSpill_ctx hypothesis: NOT ( Na emptiness ) action: [ decrease Na ] @@ -196,8 +196,8 @@ Lo spill deve essere piu' lento dell'increase che avviene in APBeh interacting: RefractorySomaSpill contained_by: SOMA - in_context: RefractorySoma_ctx rf: ( active: 16x ) + in_context: RefractorySoma_ctx hypothesis: NOT ( RefractorySoma empty ) action: [ decrease RefractorySoma ] @@ -231,8 +231,8 @@ tuner: VGSC-SOMA-TUN context: check_tpc contained_by: VGSC-SOMA-TUN - context: TunPossible rf: ( active: 60x ) + in_context: TunPossible condition: out_context: TunSomaVcgg @@ -244,8 +244,8 @@ context: check_tpc interacting: ? contained_by: TUN-PRE-VGCC - context: TunSomaVcgg rf: ( active: x ) + context: TunSomaVcgg hypothesis: action: @@ -259,9 +259,6 @@ Voltage Gated Sodium Channel: difficult to open (High) ```Gen container: VGSC-SOMA-H - tub_local: - Ready ( ) - tub_local: RefractoryH ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x ) @@ -274,17 +271,21 @@ container: VGSC-SOMA-H #### VGSC-H_TPC: check_tpc -Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio. +Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella quale avviene l'episodio. ```Gen check_tpc: VGSC-H_TPC + contained_by: VGSC-SOMA-H - tpc: VDBMaxCtx rf: ( active: 60x ) + in_context: any - condition: ( RefractoryH emptiness ) + condition: VDBMaxCtx AND ( RefractoryH emptiness ) out_context: NaEnterH_Ctx + + condition: ( RefractoryH mediumness ) OR ( RefractoryH fullness ) + out_context: RefractoryHSpill_ctx ``` #### NaEnterH: interacting @@ -296,7 +297,7 @@ Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA i interacting: NaEnterH contained_by: VGSC-H-SOMA - context: NaEnterH_Ctx + in_context: NaEnterH_Ctx rf: ( active: 1x ) hypothesis: ( NOT Na full ) @@ -308,7 +309,7 @@ interacting: NaEnterH trace: None ``` -##### RefractoryHSpill: interacting +#### RefractoryHSpill: interacting Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente) @@ -316,8 +317,8 @@ Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH ( interacting: RefractoryHSpill contained_by: VGSC-H-SOMA - context: any rf: ( active: 1x ) + in_context: RefractoryHSpill_ctx hypothesis: NOT ( RefractoryH empty ) action: [ RefractoryH decrease ] @@ -331,9 +332,6 @@ Voltage Gated Sodium Channel: less difficult to open (Medium) ```Gen container: VGSC-SOMA-M - tub_local: - Ready ( ) - tub_local: RefractoryM ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x ) @@ -346,14 +344,14 @@ container: VGSC-SOMA-M #### VGSC-M_TPC: check_tpc -Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio. +Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella quale avviene l'episodio. ```Gen check_tpc: VGSC-M_TPC contained_by: VGSC-SOMA-M - tpc: VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx rf: ( active: 60x ) + in_context: VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx condition: ( RefractoryH emptiness ) out_context: NaEnterM_Ctx @@ -368,8 +366,8 @@ Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA i interacting: NaEnterM contained_by: VGSC-M-SOMA - context: NaEnterM_Ctx rf: ( active: 1x ) + in_context: NaEnterM_Ctx hypothesis: ( NOT Na full ) action: [ Na increase] @@ -380,7 +378,7 @@ interacting: NaEnterM trace: None ``` -##### RefractoryMSpill: interacting +#### RefractoryMSpill: interacting Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente) @@ -388,8 +386,8 @@ Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH ( interacting: RefractoryMSpill contained_by: VGSC-M-SOMA - context: any rf: ( active: 1x ) + in_context: any hypothesis: NOT ( RefractoryM empty ) action: [ RefractoryM decrease ] @@ -403,9 +401,6 @@ Voltage Gated Sodium Channel: easy to open (Low) ```Gen container: VGSC-SOMA-L - tub_local: - Ready ( ) - tub_local: RefractoryL ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x ) @@ -424,8 +419,8 @@ Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di check_tpc: VGSC-L_TPC contained_by: VGSC-SOMA-L - tpc: VDBLowCtx OR VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx rf: ( active: 60x ) + in_context: VDBLowCtx OR VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx condition: ( RefractoryH emptiness ) out_context: NaEnterL_Ctx @@ -440,8 +435,8 @@ Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA i interacting: NaEnterL contained_by: VGSC-L-SOMA - context: NaEnterL_Ctx rf: ( active: 1x ) + in_context: NaEnterL_Ctx hypothesis: ( NOT Na full ) action: [ Na increase] @@ -452,7 +447,7 @@ interacting: NaEnterL trace: None ``` -##### RefractoryLSpill: interacting +#### RefractoryLSpill: interacting Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente) @@ -460,8 +455,8 @@ Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH ( interacting: RefractoryLSpill contained_by: VGSC-L-SOMA - context: any rf: ( active: 1x ) + in_context: any hypothesis: NOT ( RefractoryL empty ) action: [ RefractoryL decrease ]