ocrampal/organism
1
0
Fork 0
Code Issues Pull Requests Actions Packages Projects Releases Wiki Activity

eliminato check_tcp inutili

Browse Source
This commit is contained in:
ocrampal
2026-04-26 12:12:04 +02:00
parent 15489815a7
commit 89595dd24d
1 changed files with 3 additions and 45 deletions
Download Patch File Download Diff File Expand all files Collapse all files
neuron/axon.md
+3 -45
View File
@@ -56,6 +56,7 @@ container: AXON
--- ---
**G expression**: **G expression**:
```Gen ```Gen
PRESYNAPSE PRESYNAPSE
- AP_ctx - AP_ctx
@@ -89,7 +90,6 @@ VGCC-PRE
Ca2+enterHigh: interacting Ca2+enterHigh: interacting
``` ```
**Tubs:** **Tubs:**
- **Ca2+**: Calcium Ion entering the Presynapse when VCGG open that influence NT release. Normally returns to ~0 between spikes; stays elevated when pumps fail. They are key to check the concentration, release NT and modulation - **Ca2+**: Calcium Ion entering the Presynapse when VCGG open that influence NT release. Normally returns to ~0 between spikes; stays elevated when pumps fail. They are key to check the concentration, release NT and modulation
@@ -126,35 +126,14 @@ container: PRESYNAPSE
### ms: behaviors ### ms: behaviors
#### PRE_Status_ms: check_tpc !!! DA ELINMINARE !!! #### NTrelease
Il rilascio di NT lo facciamo nel contesto di AP. Biologicamente dovrebbe avvenire solo in base alle concentrazioni, quindi anche al difuori degli AP. Il rilascio di NT lo facciamo nel contesto di AP. Biologicamente dovrebbe avvenire solo in base alle concentrazioni, quindi anche al difuori degli AP.
RF di interacting deve essere MOLTO piu' basso di un RF di AP. In maniera da essere attivo varie volte nel contesto di un episodio di AP. Il che ha senso perche' un AP e' SOMA ad un tempo piu' alto che i comportamenti di PRE. Questo poi per permettere la diversa contestualizzazione degli episodi di NTrelease, a piu' o meno alta velocita'. RF di interacting deve essere MOLTO piu' basso di un RF di AP. In maniera da essere attivo varie volte nel contesto di un episodio di AP. Il che ha senso perche' un AP e' SOMA ad un tempo piu' alto che i comportamenti di PRE. Questo poi per permettere la diversa contestualizzazione degli episodi di NTrelease, a piu' o meno alta velocita'.
![nt-release.png](.attachments/nt-release.png) ![nt-release.png](.attachments/nt-release.png)
```Gen
check_tpc: PRE_Status_ms
contained_by: PRESYNAPSE
in_context: AP_ctx
rf: ( active: 60x )
condition: ( Ca2+ full ) AND ( Rrp fullness )
out_context: NTreleaseMax_ctx
condition: ( Ca2+ fullness ) AND ( Rrp fullness )
out_context: NTreleaseHigh_ctx
condition: (( Ca2+ fullness ) AND ( Rrp mediumness )) OR (( Ca2+ mediumness ) AND ( Rrp fullness ))
out_context: NTreleaseMed_ctx
condition: ( Ca2+ mediumness ) AND ( Rrp mediumness )
out_context: NTreleaseLow_ctx
```
#### NTrelease
Non consideriamo le vesicles come liberate, ma direttamente gli NT. Questo permette di gestire la quantita' rilasciata di NT, invece di gestire un numero di vescicles. Nella realta' ciascuna vesicle contiene migliaia di NT. Qui mettiamo un floor a questo tipo di comprensione. Non consideriamo le vesicles come liberate, ma direttamente gli NT. Questo permette di gestire la quantita' rilasciata di NT, invece di gestire un numero di vescicles. Nella realta' ciascuna vesicle contiene migliaia di NT. Qui mettiamo un floor a questo tipo di comprensione.
Ci sono 4 casi che dipendono da RRP, Ca2+ e indirettamente da concentrazione di NT nella SYN che diventa mGLur che limita in VGCC l'entrata di Ca2+. L'idea e' che la quantita' di RRP sia il driver principale. Gli NT liberati sono di piu' al crescere di RRP e Ca2+ e di meno (indirettamente) al crescere della concentrazione di NT gia' liberati nella SYN. Gli NT nella sinapsi fanno da moderazione alla ulteriore liberazione di NT, ma non bloccano mai totalmente. NT suppression only matters when everything else is already at maximum, which is exactly the biological purpose: it prevents runaway release during peak activity, not during moderate activity. Ci sono 4 casi che dipendono da RRP, Ca2+ e indirettamente da concentrazione di NT nella SYN che diventa mGLur che limita in VGCC l'entrata di Ca2+. L'idea e' che la quantita' di RRP sia il driver principale. Gli NT liberati sono di piu' al crescere di RRP e Ca2+ e di meno (indirettamente) al crescere della concentrazione di NT gia' liberati nella SYN. Gli NT nella sinapsi fanno da moderazione alla ulteriore liberazione di NT, ma non bloccano mai totalmente. NT suppression only matters when everything else is already at maximum, which is exactly the biological purpose: it prevents runaway release during peak activity, not during moderate activity.
@@ -306,27 +285,6 @@ interacting: CaTracesAccumulationSlow
### sec: behaviors ### sec: behaviors
#### PRE_Status_sec: check_tpc !!! DA ELINMINARE !!!
Contestualizziamo in maniera Fixed ogni mezzo secondo?
```Gen
check_tpc: PRE_Status_sec
contained_by: PRESYNAPSE
in_context: NOT AP_ctx
rf: ( active: 600x )
condition: NOT(RP empty) AND NOT(RRP full)
out_context: RPShuttle_ctx
condition: NOT(CaTrace empty)
out_context: CaTracesNotEmpty_ctx
condition: NOT(eCB empy)
out_context: eCBNotEmpty_ctx
```
#### eCB clearance: interacting #### eCB clearance: interacting
eCB dipende da POST. Tende a modulare l'entrata di Ca2+ degli VGCC. eCB dipende da POST. Tende a modulare l'entrata di Ca2+ degli VGCC.