diff --git a/neuron/axon.md b/neuron/axon.md index d7eb91d..7aceb16 100644 --- a/neuron/axon.md +++ b/neuron/axon.md @@ -56,6 +56,7 @@ container: AXON --- **G expression**: + ```Gen PRESYNAPSE - AP_ctx @@ -89,7 +90,6 @@ VGCC-PRE Ca2+enterHigh: interacting ``` - **Tubs:** - **Ca2+**: Calcium Ion entering the Presynapse when VCGG open that influence NT release. Normally returns to ~0 between spikes; stays elevated when pumps fail. They are key to check the concentration, release NT and modulation @@ -126,35 +126,14 @@ container: PRESYNAPSE ### ms: behaviors -#### PRE_Status_ms: check_tpc !!! DA ELINMINARE !!! +#### NTrelease + Il rilascio di NT lo facciamo nel contesto di AP. Biologicamente dovrebbe avvenire solo in base alle concentrazioni, quindi anche al difuori degli AP. RF di interacting deve essere MOLTO piu' basso di un RF di AP. In maniera da essere attivo varie volte nel contesto di un episodio di AP. Il che ha senso perche' un AP e' SOMA ad un tempo piu' alto che i comportamenti di PRE. Questo poi per permettere la diversa contestualizzazione degli episodi di NTrelease, a piu' o meno alta velocita'. ![nt-release.png](.attachments/nt-release.png) -```Gen -check_tpc: PRE_Status_ms - contained_by: PRESYNAPSE - - in_context: AP_ctx - rf: ( active: 60x ) - - condition: ( Ca2+ full ) AND ( Rrp fullness ) - out_context: NTreleaseMax_ctx - - condition: ( Ca2+ fullness ) AND ( Rrp fullness ) - out_context: NTreleaseHigh_ctx - - condition: (( Ca2+ fullness ) AND ( Rrp mediumness )) OR (( Ca2+ mediumness ) AND ( Rrp fullness )) - out_context: NTreleaseMed_ctx - - condition: ( Ca2+ mediumness ) AND ( Rrp mediumness ) - out_context: NTreleaseLow_ctx -``` - -#### NTrelease - Non consideriamo le vesicles come liberate, ma direttamente gli NT. Questo permette di gestire la quantita' rilasciata di NT, invece di gestire un numero di vescicles. Nella realta' ciascuna vesicle contiene migliaia di NT. Qui mettiamo un floor a questo tipo di comprensione. Ci sono 4 casi che dipendono da RRP, Ca2+ e indirettamente da concentrazione di NT nella SYN che diventa mGLur che limita in VGCC l'entrata di Ca2+. L'idea e' che la quantita' di RRP sia il driver principale. Gli NT liberati sono di piu' al crescere di RRP e Ca2+ e di meno (indirettamente) al crescere della concentrazione di NT gia' liberati nella SYN. Gli NT nella sinapsi fanno da moderazione alla ulteriore liberazione di NT, ma non bloccano mai totalmente. NT suppression only matters when everything else is already at maximum, which is exactly the biological purpose: it prevents runaway release during peak activity, not during moderate activity. @@ -306,27 +285,6 @@ interacting: CaTracesAccumulationSlow ### sec: behaviors -#### PRE_Status_sec: check_tpc !!! DA ELINMINARE !!! - -Contestualizziamo in maniera Fixed ogni mezzo secondo? - -```Gen -check_tpc: PRE_Status_sec - contained_by: PRESYNAPSE - - in_context: NOT AP_ctx - rf: ( active: 600x ) - - condition: NOT(RP empty) AND NOT(RRP full) - out_context: RPShuttle_ctx - - condition: NOT(CaTrace empty) - out_context: CaTracesNotEmpty_ctx - - condition: NOT(eCB empy) - out_context: eCBNotEmpty_ctx -``` - #### eCB clearance: interacting eCB dipende da POST. Tende a modulare l'entrata di Ca2+ degli VGCC.