changed VGSC con refractory

neuron/soma-sergio.md

@@ -1,5 +1,5 @@
 # soma.md
-prova modifica
+
 Qui comprendiamo:
 
 - SOMA: il soma
@@ -90,13 +90,9 @@ container: SOMA
 
 
   tub_local:
-
     - VDB
-
     - Na
-
     - Ca2+
-
     - RefractorySoma
 
   tub_intricated:  
@@ -248,6 +244,7 @@ interacting: ?
   trace: 
 ```
 
+
 ## VGSC-SOMA-H: container
 
 Voltage Gated Sodium Channel: difficult to open (High)
@@ -258,59 +255,69 @@ container: VGSC-SOMA-H
   tub_local:
     Ready ( )
 
+  tub_local:
+    RefractoryH ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x )
+
   tub_intricated:
     Na ( contained_in: SOMA)
+  
 ```
 
 ### sec: VGSC-SOMA-H
 
+##### VGSC-H_TPC: check_tpc
+
+Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio.
+
+```Gen
+check_tpc: VGSC-H_TPC
+  contained_by: VGSC-SOMA-H
+
+  tpc: VDBMaxCtx
+  rf: ( active: 60x )
+
+  condition: ( RefractoryH emptiness ) 
+    out_context: NaEnterH_Ctx
+```
+
 #### NaEnterH: interacting
 
 Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo.
+Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory 
 
 ```Gen
 interacting: NaEnterH
   contained_by: VGSC-H-SOMA
 
-  context: VDBMaxCtx AND ( NOT RefractoryH )
+  context: NaEnterH_Ctx
   rf: ( active: 1x )
 
-  hypothesis: ( NOT Na fullness ) AND ( NOT ReadyH fullness )
+  hypothesis: ( NOT Na full )
-    action: [ Na increase, ReadyH increase ]
+    action: [ Na increase]
+    trace: None
+
+  hypothesis: ( NOT RefractoryH full )
+    action: [ RefractoryH increase ]
     trace: None
 ```
 
-##### CheckRefractoryH: check_tpc
+##### RefractoryHSpill: interacting
 
-Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio.
+Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente)
 
 ```Gen
-check_tpc: CheckRefractoryH
+interacting: RefractoryHSpill
   contained_by: VGSC-H-SOMA
 
-  context: NOT RefractoryH
+  context: any
-  rf: ( active: 60x )
-
-  condition: ( ReadyH fullness )
-    out_context: RefractoryH
-```
-
-##### RefractoryH: interacting
-
-Questo episodio deve girare varie volte nell'ambito del contesto di refractory che viene controllato ad un RF maggiore.
-
-```Gen
-interacting: RefractoryH
-  contained_by: VGSC-H-SOMA
-
-  context: RefractoryH
   rf: ( active: 1x )
 
-  hypothesis: NOT ( ReadyH emptyness )  
+  hypothesis: NOT ( RefractoryH empty )  
-    action: [ ReadyH decrease ]
+    action: [ RefractoryH decrease ]
     trace: None
 ```
 
+
 ## VGSC-SOMA-M: container
 
 Voltage Gated Sodium Channel: less difficult to open (Medium)
@@ -321,59 +328,69 @@ container: VGSC-SOMA-M
   tub_local:
     Ready ( )
 
+  tub_local:
+    RefractoryM ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x )
+
   tub_intricated:
     Na ( contained_in: SOMA)
+  
 ```
 
 ### sec: VGSC-SOMA-M
 
+##### VGSC-M_TPC: check_tpc
+
+Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio.
+
+```Gen
+check_tpc: VGSC-M_TPC
+  contained_by: VGSC-SOMA-M
+
+  tpc: VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx
+  rf: ( active: 60x )
+
+  condition: ( RefractoryH emptiness ) 
+    out_context: NaEnterM_Ctx
+```
+
 #### NaEnterM: interacting
 
 Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo.
+Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory 
 
 ```Gen
 interacting: NaEnterM
   contained_by: VGSC-M-SOMA
 
-  context: (VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx) AND ( NOT RefractoryM )
+  context: NaEnterM_Ctx
   rf: ( active: 1x )
 
-  hypothesis: ( NOT Na fullness ) AND ( NOT ReadyM fullness )
+  hypothesis: ( NOT Na full )
-    action: [ Na increase, ReadyM increase ]
+    action: [ Na increase]
+    trace: None
+
+  hypothesis: ( NOT RefractoryM full )
+    action: [ RefractoryH increase ]
     trace: None
 ```
 
-##### CheckRefractoryM: check_tpc
+##### RefractoryMSpill: interacting
 
-Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio.
+Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente)
 
 ```Gen
-check_tpc: CheckRefractoryM
+interacting: RefractoryMSpill
   contained_by: VGSC-M-SOMA
 
-  context: NOT RefractoryM
+  context: any
-  rf: ( active: 60x )
-
-  condition: ( ReadyM fullness )
-    out_context: RefractoryM
-```
-
-##### RefractoryM: interacting
-
-Questo episodio deve girare varie volte nell'ambito del contesto di refractory che viene controllato ad un RF maggiore.
-
-```Gen
-interacting: RefractoryM
-  contained_by: VGSC-M-SOMA
-
-  context: RefractoryM
   rf: ( active: 1x )
 
-  hypothesis: NOT ( ReadyM emptyness )  
+  hypothesis: NOT ( RefractoryM empty )  
-    action: [ ReadyM decrease ]
+    action: [ RefractoryM decrease ]
     trace: None
 ```
 
+
 ## VGSC-SOMA-L: container
 
 Voltage Gated Sodium Channel: easy to open (Low)
@@ -384,55 +401,64 @@ container: VGSC-SOMA-L
   tub_local:
     Ready ( )
 
+  tub_local:
+    RefractoryL ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x )
+
   tub_intricated:
     Na ( contained_in: SOMA)
+  
 ```
 
 ### sec: VGSC-SOMA-L
 
+##### VGSC-L_TPC: check_tpc
+
+Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio.
+
+```Gen
+check_tpc: VGSC-L_TPC
+  contained_by: VGSC-SOMA-L
+
+  tpc: VDBLowCtx OR VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx
+  rf: ( active: 60x )
+
+  condition: ( RefractoryH emptiness ) 
+    out_context: NaEnterL_Ctx
+```
+
 #### NaEnterL: interacting
 
 Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo.
+Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory 
 
 ```Gen
 interacting: NaEnterL
   contained_by: VGSC-L-SOMA
 
-  context: ( VDBLowCtx OR VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx) AND ( NOT RefractoryL )
+  context: NaEnterL_Ctx
   rf: ( active: 1x )
 
-  hypothesis: ( NOT Na fullness ) AND ( NOT ReadyL fullness )
+  hypothesis: ( NOT Na full )
-    action: [ Na increase, ReadyH increase ]
+    action: [ Na increase]
+    trace: None
+
+  hypothesis: ( NOT RefractoryL full )
+    action: [ RefractoryL increase ]
     trace: None
 ```
 
-##### CheckRefractoryL: check_tpc
+##### RefractoryLSpill: interacting
 
-Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio.
+Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente)
 
 ```Gen
-check_tpc: CheckRefractoryL
+interacting: RefractoryLSpill
   contained_by: VGSC-L-SOMA
 
-  context: NOT RefractoryL
+  context: any
-  rf: ( active: 60x )
-
-  condition: ( ReadyL fullness )
-    out_context: RefractoryL
-```
-
-##### RefractoryL: interacting
-
-Questo episodio deve girare varie volte nell'ambito del contesto di refractory che viene controllato ad un RF maggiore.
-
-```Gen
-interacting: RefractoryL
-  contained_by: VGSC-L-SOMA
-
-  context: RefractoryL
   rf: ( active: 1x )
 
-  hypothesis: NOT ( ReadyL emptyness )  
+  hypothesis: NOT ( RefractoryL empty )  
-    action: [ ReadyL decrease ]
+    action: [ RefractoryL decrease ]
     trace: None
 ```