diff --git a/neuron/soma-sergio.md b/neuron/soma-sergio.md index c91f0a1..0a0b076 100644 --- a/neuron/soma-sergio.md +++ b/neuron/soma-sergio.md @@ -1,5 +1,5 @@ # soma.md -prova modifica + Qui comprendiamo: - SOMA: il soma @@ -90,13 +90,9 @@ container: SOMA tub_local: - - VDB - - Na - - Ca2+ - - RefractorySoma tub_intricated: @@ -248,6 +244,7 @@ interacting: ? trace: ``` + ## VGSC-SOMA-H: container Voltage Gated Sodium Channel: difficult to open (High) @@ -258,59 +255,69 @@ container: VGSC-SOMA-H tub_local: Ready ( ) + tub_local: + RefractoryH ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x ) + tub_intricated: Na ( contained_in: SOMA) + ``` ### sec: VGSC-SOMA-H +##### VGSC-H_TPC: check_tpc + +Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio. + +```Gen +check_tpc: VGSC-H_TPC + contained_by: VGSC-SOMA-H + + tpc: VDBMaxCtx + rf: ( active: 60x ) + + condition: ( RefractoryH emptiness ) + out_context: NaEnterH_Ctx +``` + #### NaEnterH: interacting Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo. +Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory ```Gen interacting: NaEnterH contained_by: VGSC-H-SOMA - context: VDBMaxCtx AND ( NOT RefractoryH ) + context: NaEnterH_Ctx rf: ( active: 1x ) - hypothesis: ( NOT Na fullness ) AND ( NOT ReadyH fullness ) - action: [ Na increase, ReadyH increase ] + hypothesis: ( NOT Na full ) + action: [ Na increase] + trace: None + + hypothesis: ( NOT RefractoryH full ) + action: [ RefractoryH increase ] trace: None ``` -##### CheckRefractoryH: check_tpc +##### RefractoryHSpill: interacting -Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio. +Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente) ```Gen -check_tpc: CheckRefractoryH +interacting: RefractoryHSpill contained_by: VGSC-H-SOMA - context: NOT RefractoryH - rf: ( active: 60x ) - - condition: ( ReadyH fullness ) - out_context: RefractoryH -``` - -##### RefractoryH: interacting - -Questo episodio deve girare varie volte nell'ambito del contesto di refractory che viene controllato ad un RF maggiore. - -```Gen -interacting: RefractoryH - contained_by: VGSC-H-SOMA - - context: RefractoryH + context: any rf: ( active: 1x ) - hypothesis: NOT ( ReadyH emptyness ) - action: [ ReadyH decrease ] + hypothesis: NOT ( RefractoryH empty ) + action: [ RefractoryH decrease ] trace: None ``` + ## VGSC-SOMA-M: container Voltage Gated Sodium Channel: less difficult to open (Medium) @@ -321,59 +328,69 @@ container: VGSC-SOMA-M tub_local: Ready ( ) + tub_local: + RefractoryM ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x ) + tub_intricated: Na ( contained_in: SOMA) + ``` ### sec: VGSC-SOMA-M +##### VGSC-M_TPC: check_tpc + +Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio. + +```Gen +check_tpc: VGSC-M_TPC + contained_by: VGSC-SOMA-M + + tpc: VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx + rf: ( active: 60x ) + + condition: ( RefractoryH emptiness ) + out_context: NaEnterM_Ctx +``` + #### NaEnterM: interacting Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo. +Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory ```Gen interacting: NaEnterM contained_by: VGSC-M-SOMA - context: (VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx) AND ( NOT RefractoryM ) + context: NaEnterM_Ctx rf: ( active: 1x ) - hypothesis: ( NOT Na fullness ) AND ( NOT ReadyM fullness ) - action: [ Na increase, ReadyM increase ] + hypothesis: ( NOT Na full ) + action: [ Na increase] + trace: None + + hypothesis: ( NOT RefractoryM full ) + action: [ RefractoryH increase ] trace: None ``` -##### CheckRefractoryM: check_tpc +##### RefractoryMSpill: interacting -Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio. +Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente) ```Gen -check_tpc: CheckRefractoryM +interacting: RefractoryMSpill contained_by: VGSC-M-SOMA - context: NOT RefractoryM - rf: ( active: 60x ) - - condition: ( ReadyM fullness ) - out_context: RefractoryM -``` - -##### RefractoryM: interacting - -Questo episodio deve girare varie volte nell'ambito del contesto di refractory che viene controllato ad un RF maggiore. - -```Gen -interacting: RefractoryM - contained_by: VGSC-M-SOMA - - context: RefractoryM + context: any rf: ( active: 1x ) - hypothesis: NOT ( ReadyM emptyness ) - action: [ ReadyM decrease ] + hypothesis: NOT ( RefractoryM empty ) + action: [ RefractoryM decrease ] trace: None ``` + ## VGSC-SOMA-L: container Voltage Gated Sodium Channel: easy to open (Low) @@ -384,55 +401,64 @@ container: VGSC-SOMA-L tub_local: Ready ( ) + tub_local: + RefractoryL ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x ) + tub_intricated: Na ( contained_in: SOMA) + ``` ### sec: VGSC-SOMA-L +##### VGSC-L_TPC: check_tpc + +Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio. + +```Gen +check_tpc: VGSC-L_TPC + contained_by: VGSC-SOMA-L + + tpc: VDBLowCtx OR VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx + rf: ( active: 60x ) + + condition: ( RefractoryH emptiness ) + out_context: NaEnterL_Ctx +``` + #### NaEnterL: interacting Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo. +Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory ```Gen interacting: NaEnterL contained_by: VGSC-L-SOMA - context: ( VDBLowCtx OR VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx) AND ( NOT RefractoryL ) + context: NaEnterL_Ctx rf: ( active: 1x ) - hypothesis: ( NOT Na fullness ) AND ( NOT ReadyL fullness ) - action: [ Na increase, ReadyH increase ] + hypothesis: ( NOT Na full ) + action: [ Na increase] + trace: None + + hypothesis: ( NOT RefractoryL full ) + action: [ RefractoryL increase ] trace: None ``` -##### CheckRefractoryL: check_tpc +##### RefractoryLSpill: interacting -Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio. +Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente) ```Gen -check_tpc: CheckRefractoryL +interacting: RefractoryLSpill contained_by: VGSC-L-SOMA - context: NOT RefractoryL - rf: ( active: 60x ) - - condition: ( ReadyL fullness ) - out_context: RefractoryL -``` - -##### RefractoryL: interacting - -Questo episodio deve girare varie volte nell'ambito del contesto di refractory che viene controllato ad un RF maggiore. - -```Gen -interacting: RefractoryL - contained_by: VGSC-L-SOMA - - context: RefractoryL + context: any rf: ( active: 1x ) - hypothesis: NOT ( ReadyL emptyness ) - action: [ ReadyL decrease ] + hypothesis: NOT ( RefractoryL empty ) + action: [ RefractoryL decrease ] trace: None ```