changed VGSC con refractory
This commit is contained in:
Sergio Marchetti
+103
-77
@@ -1,5 +1,5 @@
|
||||
# soma.md
|
||||
prova modifica
|
||||
|
||||
Qui comprendiamo:
|
||||
|
||||
- SOMA: il soma
|
||||
@@ -90,13 +90,9 @@ container: SOMA
|
||||
|
||||
|
||||
tub_local:
|
||||
|
||||
- VDB
|
||||
|
||||
- Na
|
||||
|
||||
- Ca2+
|
||||
|
||||
- RefractorySoma
|
||||
|
||||
tub_intricated:
|
||||
@@ -248,6 +244,7 @@ interacting: ?
|
||||
trace:
|
||||
```
|
||||
|
||||
|
||||
## VGSC-SOMA-H: container
|
||||
|
||||
Voltage Gated Sodium Channel: difficult to open (High)
|
||||
@@ -258,59 +255,69 @@ container: VGSC-SOMA-H
|
||||
tub_local:
|
||||
Ready ( )
|
||||
|
||||
tub_local:
|
||||
RefractoryH ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x )
|
||||
|
||||
tub_intricated:
|
||||
Na ( contained_in: SOMA)
|
||||
|
||||
```
|
||||
|
||||
### sec: VGSC-SOMA-H
|
||||
|
||||
##### VGSC-H_TPC: check_tpc
|
||||
|
||||
Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio.
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
check_tpc: VGSC-H_TPC
|
||||
contained_by: VGSC-SOMA-H
|
||||
|
||||
tpc: VDBMaxCtx
|
||||
rf: ( active: 60x )
|
||||
|
||||
condition: ( RefractoryH emptiness )
|
||||
out_context: NaEnterH_Ctx
|
||||
```
|
||||
|
||||
#### NaEnterH: interacting
|
||||
|
||||
Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo.
|
||||
Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
interacting: NaEnterH
|
||||
contained_by: VGSC-H-SOMA
|
||||
|
||||
context: VDBMaxCtx AND ( NOT RefractoryH )
|
||||
context: NaEnterH_Ctx
|
||||
rf: ( active: 1x )
|
||||
|
||||
hypothesis: ( NOT Na fullness ) AND ( NOT ReadyH fullness )
|
||||
action: [ Na increase, ReadyH increase ]
|
||||
hypothesis: ( NOT Na full )
|
||||
action: [ Na increase]
|
||||
trace: None
|
||||
|
||||
hypothesis: ( NOT RefractoryH full )
|
||||
action: [ RefractoryH increase ]
|
||||
trace: None
|
||||
```
|
||||
|
||||
##### CheckRefractoryH: check_tpc
|
||||
##### RefractoryHSpill: interacting
|
||||
|
||||
Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio.
|
||||
Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente)
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
check_tpc: CheckRefractoryH
|
||||
interacting: RefractoryHSpill
|
||||
contained_by: VGSC-H-SOMA
|
||||
|
||||
context: NOT RefractoryH
|
||||
rf: ( active: 60x )
|
||||
|
||||
condition: ( ReadyH fullness )
|
||||
out_context: RefractoryH
|
||||
```
|
||||
|
||||
##### RefractoryH: interacting
|
||||
|
||||
Questo episodio deve girare varie volte nell'ambito del contesto di refractory che viene controllato ad un RF maggiore.
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
interacting: RefractoryH
|
||||
contained_by: VGSC-H-SOMA
|
||||
|
||||
context: RefractoryH
|
||||
context: any
|
||||
rf: ( active: 1x )
|
||||
|
||||
hypothesis: NOT ( ReadyH emptyness )
|
||||
action: [ ReadyH decrease ]
|
||||
hypothesis: NOT ( RefractoryH empty )
|
||||
action: [ RefractoryH decrease ]
|
||||
trace: None
|
||||
```
|
||||
|
||||
|
||||
## VGSC-SOMA-M: container
|
||||
|
||||
Voltage Gated Sodium Channel: less difficult to open (Medium)
|
||||
@@ -321,59 +328,69 @@ container: VGSC-SOMA-M
|
||||
tub_local:
|
||||
Ready ( )
|
||||
|
||||
tub_local:
|
||||
RefractoryM ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x )
|
||||
|
||||
tub_intricated:
|
||||
Na ( contained_in: SOMA)
|
||||
|
||||
```
|
||||
|
||||
### sec: VGSC-SOMA-M
|
||||
|
||||
##### VGSC-M_TPC: check_tpc
|
||||
|
||||
Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio.
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
check_tpc: VGSC-M_TPC
|
||||
contained_by: VGSC-SOMA-M
|
||||
|
||||
tpc: VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx
|
||||
rf: ( active: 60x )
|
||||
|
||||
condition: ( RefractoryH emptiness )
|
||||
out_context: NaEnterM_Ctx
|
||||
```
|
||||
|
||||
#### NaEnterM: interacting
|
||||
|
||||
Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo.
|
||||
Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
interacting: NaEnterM
|
||||
contained_by: VGSC-M-SOMA
|
||||
|
||||
context: (VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx) AND ( NOT RefractoryM )
|
||||
context: NaEnterM_Ctx
|
||||
rf: ( active: 1x )
|
||||
|
||||
hypothesis: ( NOT Na fullness ) AND ( NOT ReadyM fullness )
|
||||
action: [ Na increase, ReadyM increase ]
|
||||
hypothesis: ( NOT Na full )
|
||||
action: [ Na increase]
|
||||
trace: None
|
||||
|
||||
hypothesis: ( NOT RefractoryM full )
|
||||
action: [ RefractoryH increase ]
|
||||
trace: None
|
||||
```
|
||||
|
||||
##### CheckRefractoryM: check_tpc
|
||||
##### RefractoryMSpill: interacting
|
||||
|
||||
Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio.
|
||||
Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente)
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
check_tpc: CheckRefractoryM
|
||||
interacting: RefractoryMSpill
|
||||
contained_by: VGSC-M-SOMA
|
||||
|
||||
context: NOT RefractoryM
|
||||
rf: ( active: 60x )
|
||||
|
||||
condition: ( ReadyM fullness )
|
||||
out_context: RefractoryM
|
||||
```
|
||||
|
||||
##### RefractoryM: interacting
|
||||
|
||||
Questo episodio deve girare varie volte nell'ambito del contesto di refractory che viene controllato ad un RF maggiore.
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
interacting: RefractoryM
|
||||
contained_by: VGSC-M-SOMA
|
||||
|
||||
context: RefractoryM
|
||||
context: any
|
||||
rf: ( active: 1x )
|
||||
|
||||
hypothesis: NOT ( ReadyM emptyness )
|
||||
action: [ ReadyM decrease ]
|
||||
hypothesis: NOT ( RefractoryM empty )
|
||||
action: [ RefractoryM decrease ]
|
||||
trace: None
|
||||
```
|
||||
|
||||
|
||||
## VGSC-SOMA-L: container
|
||||
|
||||
Voltage Gated Sodium Channel: easy to open (Low)
|
||||
@@ -384,55 +401,64 @@ container: VGSC-SOMA-L
|
||||
tub_local:
|
||||
Ready ( )
|
||||
|
||||
tub_local:
|
||||
RefractoryL ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x )
|
||||
|
||||
tub_intricated:
|
||||
Na ( contained_in: SOMA)
|
||||
|
||||
```
|
||||
|
||||
### sec: VGSC-SOMA-L
|
||||
|
||||
##### VGSC-L_TPC: check_tpc
|
||||
|
||||
Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio.
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
check_tpc: VGSC-L_TPC
|
||||
contained_by: VGSC-SOMA-L
|
||||
|
||||
tpc: VDBLowCtx OR VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx
|
||||
rf: ( active: 60x )
|
||||
|
||||
condition: ( RefractoryH emptiness )
|
||||
out_context: NaEnterL_Ctx
|
||||
```
|
||||
|
||||
#### NaEnterL: interacting
|
||||
|
||||
Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo.
|
||||
Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
interacting: NaEnterL
|
||||
contained_by: VGSC-L-SOMA
|
||||
|
||||
context: ( VDBLowCtx OR VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx) AND ( NOT RefractoryL )
|
||||
context: NaEnterL_Ctx
|
||||
rf: ( active: 1x )
|
||||
|
||||
hypothesis: ( NOT Na fullness ) AND ( NOT ReadyL fullness )
|
||||
action: [ Na increase, ReadyH increase ]
|
||||
hypothesis: ( NOT Na full )
|
||||
action: [ Na increase]
|
||||
trace: None
|
||||
|
||||
hypothesis: ( NOT RefractoryL full )
|
||||
action: [ RefractoryL increase ]
|
||||
trace: None
|
||||
```
|
||||
|
||||
##### CheckRefractoryL: check_tpc
|
||||
##### RefractoryLSpill: interacting
|
||||
|
||||
Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio.
|
||||
Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente)
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
check_tpc: CheckRefractoryL
|
||||
interacting: RefractoryLSpill
|
||||
contained_by: VGSC-L-SOMA
|
||||
|
||||
context: NOT RefractoryL
|
||||
rf: ( active: 60x )
|
||||
|
||||
condition: ( ReadyL fullness )
|
||||
out_context: RefractoryL
|
||||
```
|
||||
|
||||
##### RefractoryL: interacting
|
||||
|
||||
Questo episodio deve girare varie volte nell'ambito del contesto di refractory che viene controllato ad un RF maggiore.
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
interacting: RefractoryL
|
||||
contained_by: VGSC-L-SOMA
|
||||
|
||||
context: RefractoryL
|
||||
context: any
|
||||
rf: ( active: 1x )
|
||||
|
||||
hypothesis: NOT ( ReadyL emptyness )
|
||||
action: [ ReadyL decrease ]
|
||||
hypothesis: NOT ( RefractoryL empty )
|
||||
action: [ RefractoryL decrease ]
|
||||
trace: None
|
||||
```
|
||||
|
||||
Reference in New Issue
Block a user