varie
This commit is contained in:
+74
-66
@@ -43,8 +43,13 @@ Qui comprendiamo:
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Qui riportiamo la struttura della espressione G e una descrizione di come leggerla (uno dei possibili modi):
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- i possibili behavior della presynapsi sono espressi in due contesti. AP_ctx and NOT AP_ctx.
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- i possibili behavior sono anche raggrupati in ms, sec e min, per facilitarne la verifica. Quello che conta sono gli RF specifici di ciascuno snipplet.
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- i possibili behavior della presynapsi sono espressi in due contesti. AP_ctx and NOT AP_ctx. I possibili behavior sono anche raggrupati in ms, sec e min, per facilitarne la verifica. Quello che conta sono gli RF specifici di ciascuno snipplet.
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- All'arrivo di un AP dal SOMA, si aprono i canali ionici VGCC. Il numero di VGCC e' soggetto a tuning a medi termine.
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- i VGCC fanno entrare ioni Ca2+ nella Presynapse, in base a:
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- quanto Ca2+ e' gia' presente (proxy per CDI)
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- alla concentrazione di eCB (che arriva dalla Postsynapse e tende a limitare l'ingresso di Ca2+ per limitare indirettamente il rilascio di NT)
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- alla concentrazione di NT (proxy per mGlur)
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- il rilascio di NT avviene in base alla concetrazione di Ca2+ e la concentrazione di Rrp (readily release pool)
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-
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```Gen
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@@ -119,7 +124,8 @@ container: PRESYNAPSE
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#### ms: AP_ctx: PRESYNAPSE
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##### NTreleaseHigh: interacting
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##### NTreleaseLow: interacting
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Il rilascio di NT lo facciamo nel contesto di AP. Biologicamente dovrebbe avvenire solo in base alle concentrazioni, quindi anche al difuori degli AP.
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@@ -135,39 +141,6 @@ Ci sono 4 casi che dipendono da RRP, Ca2+ e indirettamente da concentrazione di
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NT empty. Qui siamo contestualizzati se Ca2+ full, il che dovrebbe significare indirettamente che non ci sono NT nella SYN.
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```Gen
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interacting: NTreleaseHigh
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contained_by: PRESYNAPSE
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in_context: AP_ctx
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rf: ( active: 3x ) # High
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hypothesis: ( Ca2+ fullness ) AND ( Rrp fullness ) AND
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NOT( ATP empty )
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action: [Rrp decrease, NT increase, ATP decrease]
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trace: None
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```
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##### NTreleaseMediumness: interacting
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In tutti i casi di NT
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```Gen
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interacting: NTreleaseMedium
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contained_by: PRESYNAPSE
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in_context: AP_ctx
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rf: ( active: 9x ) # Medium
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hypothesis: (( Ca2+ fullness ) AND ( Rrp mediumness ) OR
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( Ca2+ mediumness ) AND ( Rrp fullness )) AND
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NOT( ATP empty )
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action: [Rrp decrease, Nt increase, ATP decrease]
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trace: None
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```
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##### NTreleaseLow: interacting
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In tutti i casi di NT
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```Gen
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@@ -184,7 +157,40 @@ interacting: NTreleaseLow
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trace: None
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```
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##### AP-CaClearanceHigh: interacting
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##### NTreleaseMedium: interacting
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||||
In tutti i casi di NT
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```Gen
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interacting: NTreleaseMedium
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contained_by: PRESYNAPSE
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in_context: AP_ctx
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rf: ( active: 9x ) # Medium
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hypothesis: (( Ca2+ fullness ) AND ( Rrp mediumness ) OR
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( Ca2+ mediumness ) AND ( Rrp fullness )) AND
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||||
NOT( ATP empty )
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||||
action: [Rrp decrease, Nt increase, ATP decrease]
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trace: None
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```
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##### NTreleaseHigh: interacting
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```Gen
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interacting: NTreleaseHigh
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contained_by: PRESYNAPSE
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in_context: AP_ctx
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rf: ( active: 3x ) # High
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||||
hypothesis: ( Ca2+ fullness ) AND ( Rrp fullness ) AND
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NOT( ATP empty )
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action: [Rrp decrease, NT increase, ATP decrease]
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trace: None
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```
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##### AP-CaClearanceMedium: interacting
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Qui eliminiamo Ca2+. Non comprendiamo per ora:
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@@ -198,6 +204,20 @@ Abbiamo il caso di clearance nel contesto di un AP e non nel contesto di AP, per
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---
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```Gen
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interacting: AP-CaClearanceMedium
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contained_by: PRESYNAPSE
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in_context: AP_ctx
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rf: ( active: 6x ) # mediumness
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hypothesis: (Ca2+ mediumness)
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action: [Ca2+ decrease]
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trace: None
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```
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||||
##### AP-CaClearanceHigh: interacting
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||||
```Gen
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||||
interacting: AP-CaClearanceHigh
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||||
contained_by: PRESYNAPSE
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@@ -210,20 +230,6 @@ interacting: AP-CaClearanceHigh
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||||
trace: None
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||||
```
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||||
##### AP-CaClearanceMediumness: interacting
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||||
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||||
```Gen
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||||
interacting: AP-CaClearanceMediumness
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||||
contained_by: PRESYNAPSE
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||||
in_context: AP_ctx
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||||
rf: ( active: 6x ) # mediumness
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||||
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||||
hypothesis: (Ca2+ mediumness)
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||||
action: [Ca2+ decrease]
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trace: None
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```
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||||
### NOT AP_ctx: PRESYNAPSE
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#### ms: NOT AP_ctx: PRESYNAPSE
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@@ -242,7 +248,7 @@ interacting: NotAP-CaClearance
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trace: None
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```
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##### CaTracesAccumulationFast: interacting
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##### CaTracesAccumulationLow: interacting
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Serve a dare la velocita' al trasporto di vesicles da RP a RRP. The biological meaning is that a synapse that has just been through a burst is primed for fast recovery — the molecular machinery for vesicle docking is already engaged, calcium-dependent priming factors are still elevated, and the system is in a ready state. A synapse that has been silent for several seconds has cooled down and replenishes slowly.
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@@ -252,30 +258,30 @@ The result is that Tr_Ca encodes not the instantaneous calcium level but the rec
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Qui le tracce CaTrace si accumulano di piu' perche' RF e' minore, se c'e' la condizione, perche' va a fare il controllo piu' spesso.
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```Gen
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interacting: CaTracesAccumulationFast
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interacting: CaTracesAccumulationLow
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||||
contained_by: PRESYNAPSE
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in_context: NOT AP_ctx
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rf: ( active: 12x ) # fast
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rf: ( active: 24x ) # Low
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hypothesis: (Ca2+ fullness)
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hypothesis: (Ca2+ mediumness)
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action: [CaTrace increase]
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trace: None
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```
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##### CaTracesAccumulationSlow: interacting
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##### CaTracesAccumulationHigh: interacting
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Qui le tracce CaTrace si accumulano di piu' perche' RF e' minore, se c'e' la condizione, perche' va a fare il controllo piu' spesso.
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```Gen
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interacting: CaTracesAccumulationSlow
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||||
interacting: CaTracesAccumulationHigh
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||||
contained_by: PRESYNAPSE
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in_context: NOT AP_ctx
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rf: ( active: 24x ) # Slow
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rf: ( active: 12x ) # high
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hypothesis: (Ca2+ mediumness)
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hypothesis: (Ca2+ fullness)
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action: [CaTrace increase]
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trace: None
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```
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@@ -316,7 +322,7 @@ interacting: CaTracesClearance
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||||
trace: None
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```
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##### RPShuttleSlow: interacting
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##### RPShuttleLow: interacting
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This happens in the seconds loop, once per second.
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@@ -480,9 +486,11 @@ container: VGCC-PRE
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### AP_ctx: VGCC-PRE
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Da rivedere le condizioni per aggiungere mGluR che ha come proxy NT concentration!!!!!
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#### ms: AP_ctx: VGCC-PRE
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##### Ca2+enterOpen: interacting
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##### Ca2+enterLow: interacting
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Here we comprehend the breaking activity on VGCC by: CDI, eCB and mGluR:
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@@ -524,8 +532,8 @@ interacting: Ca2+enterMedium
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rf: ( active: 6x ) # Medium
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hypothesis: (Ca2+ mediumness) OR
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(eCB mediumness) AND (Ca2+ empty) OR
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(eCB full) AND (Ca2+ empty) AND (NT empty)
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((eCB mediumness) AND (Ca2+ empty)) OR
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((eCB full) AND (Ca2+ empty) AND (NT empty))
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action: [Ca2+ increase, ATP decrease]
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||||
trace: None
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```
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@@ -540,7 +548,7 @@ interacting: Ca2+enterHigh
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rf: ( active: 3x ) # High
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hypothesis: (Ca2+ mediumness) AND (eCB full) OR
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(eCB mediumness))
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||||
(eCB mediumness)
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action: [Ca2+ increase, ATP decrease]
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trace: None
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```
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