varie
This commit is contained in:
+128
-281
@@ -10,183 +10,18 @@ Qui comprendiamo:
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- VGCC-PRE-TUN: la modulazione della quantita' di VGCC-PRE
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- VGCC-PRE: Voltage-Controlled Gated Channels
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## PRESYNAPSE: Container
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**Traditional simplified Behaviors**:
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**— ms:**
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- AP fires → VGCCs open, Ca²⁺ enters, based on eCB e mGluR
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- Ca²⁺ cleared slowly (single decay term, no pump detail)
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- Ca²⁺ trace (Tr_Ca) integrates every ms
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- NT released into cleft — rate determined by Ca²⁺ level and NT already in cleft
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- NT released accumulates (feeds sec behavior)
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- NT passively diffuses out of cleft
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- Observed behaviors:
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-- STD: exhaustion of NT momentarly stops presynapse from releasing NT
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-- STP: Ca2+ left in the presynapse beteween spikes primes next NT release.
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**— seconds:**
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- Astrocyte EAATs clear 30% of remaining NT in the cleft (Atrocyte behavior)
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- eCB retrograde signal updates from postsynapsis (postsynaptic input)
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- eCB suppresses NT release (feeds back into ms behavior release rate)
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- RP → RRP recruitment runs (rate gated by Tr_Ca)
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- NT released in sec resets to zero
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**— mins:**
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- Glucose level sets base conversion_efficiency (Atrocyte behavior)
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- If astrocyte wave was triggered → conversion_efficiency boosted temporarily
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- Glutamine shuttle refills NT reserve from astrocyte store
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(faster if wave active, baseline if not)
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- Wave boost decays back to baseline over subsequent cycles
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---
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**G expression**:
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Qui riportiamo la struttura della espressione G e una descrizione di come leggerla (uno dei possibili modi):
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- i possibili behavior della presynapsi sono espressi in due contesti. AP_ctx and NOT AP_ctx. I possibili behavior sono anche raggrupati in ms, sec e min, per facilitarne la verifica. Quello che conta sono gli RF specifici di ciascuno snipplet.
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- AP-ctx: all'arrivo di un AP dal SOMA:
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- si aprono i canali ionici VGCC. Il numero di VGCC e' soggetto a tuning a medi termine.
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- i VGCC fanno entrare ioni Ca2+ nella Presynapse, in base a:
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- quanto Ca2+ e' gia' presente (proxy per CDI)
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- alla concentrazione di eCB (che arriva dalla Postsynapse e tende a limitare l'ingresso di Ca2+ per limitare indirettamente il rilascio di NT)
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- alla concentrazione di NT (proxy per mGlur)
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- il rilascio di NT avviene in base:
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- alla concetrazione di Ca2+
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- alla concentrazione di Rrp (readily release pool)
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- l'accumulo di CaTraces avviene durante AP_ctx. Qui cerchiamo di catturare il livello medio che raggiunge Ca2+ durante varie spike. Non lo possiamo catturare in NOT AP_ctx perche' li facciamo clearance.
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- NOT AP_ctx: quando la presynapsi e' in fase di "riposo" fra AP facciamo pulizia. Questo riposo e' inter AP non quello alla fine di uno spike train:
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- eCB clearance
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- Ca2+Traces clearance
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- RPShuttle
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- RefillRPGlutamine (sec)
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## PRESYNAPSE: Comprehension
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```Gen
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AP_ctx
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PRESYNAPSE (ms):
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-- NT released into cleft
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NTreleaseLow: ( active: 12x ) accumulator
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NTreleaseMedium: ( active: 9x ) accumulator
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NTreleaseHigh: ( active: 3x ) accumulator
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-- CA2+ trace accumulation
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Ca2+TracesAccumulationLow: ( active: 10x ) accumulator
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||||
Ca2+TracesAccumulationMedium: ( active: 6x ) accumulator
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||||
Ca2+TracesAccumulationHigh: ( active: 10x ) accumulator
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||||
VGCC-PRE (ms):
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||||
Ca2+enterLow: ( active: 12x ) accumulator
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||||
Ca2+enterMedium: ( active: 6x ) accumulator
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||||
Ca2+enterHigh: ( active: 3x ) accumulator
|
||||
PRESYNAPSE
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||||
type: comprehension
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||||
NOT AP_ctx
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PRESYNAPSE (sec):
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-- eCB
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eCBClearance: ( active: 24x ) accumulator
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||||
-- RP → RRP recruitment
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||||
RPShuttleLow: ( active: 48x ) accumulator
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||||
RPShuttleMedium: ( active: 24x ) accumulator
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||||
RPShuttleHigh: ( active: 12x ) accumulator
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||||
-- CA2+ trace clearance
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||||
Ca2+TracesClearance: ( active: 30x ) accumulator
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||||
VGCC-PRE (ms):
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||||
Ca2+ClearanceLow: ( active: 24x ) accumulator
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||||
Ca2+ClearanceHigh: ( active: 4x ) accumulator
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TunPossible_ctx
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||||
VGCC-PRE-TUN (sec):
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CheckVgccPreTun: ( active: 60x ) contexting
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TryTunUpPreVcgg_ctx
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||||
PossibleUpPreVgccTun: ( active: 10x ) accumulator
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||||
TryTunDownPreVcgg_ctx
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||||
PossibleDownPreVgccTun: ( active: 10x ) accumulator
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||||
expansion:
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||||
@VGCC-PRE: VGCC-PRE [ full: 10x, active: 5x, empty: 2x ]
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||||
@: VGCC-PRE-TUN [@VGCC-PRE]
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```
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## Presinapse
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I comportamenti sono episodi di integrazione di ipotesi, contestualizzati da condizioni. I comportamenti cambiano le condizioni e le condizioni influiscono sui comportamenti. Ma non in maniera causale, ma su contesti di tempi, spazi e quantita’ diversi. Gli sniplet di interacting sono quelli che determinano i comportamenti, quelli di contexting mettono constraints sulle condizioni. Le ipotesi fanno parte dei comportamenti, e sono concettualmente diverse dalle condizioni, perche’ si tratta di un accumulo di evidenza a seguito di ipotesi, evidenza che cambia le condizioni.
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E’ proprio l’accumulo che fa vedere come si passi da un tempo/spazio/quantita’ ad un altro.
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Posso provare ad associare comportamenti e condizioni. Perche’ i comportamenti dipendono dalle condizioni e le condizioni dai comportamenti. E inoltre non avvengono su scala temporale unica e come nel caso dei VGCC anche con molteplicita’ tunabile.
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Ci sono le condizioni come concentrazione di Ca2+ e concentrazione di Rrp. Anche nel caso di Rrp eliminiamo e aggiungiamo, ma sembra che Ca2+ sia piu’ importante.
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## Comportamenti
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uscita NT (Rrp)
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ingresso Ca2+
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uscita Ca2+
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ingresso tracceCa2+
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uscita tracceCa2+
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uscita eCb
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ingresso Rrp / uscita Rp
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ingresso Rp
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tuning VGCC
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## Condizioni
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### Rilascio NT - comportamento
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Il comportamento principale che assegniamo al container Presinspse e’ quello del rilascio di NT all’arrivo di AP_ctx dal SOMA. Il rilascio di NT all’arrivo di AP_ctx dal SOMA dipende da:
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- Concentrazione di Ca2+
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- Quantita’ di Rrp disponibile
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- ATP disponibile?
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### Concentrazione di Ca2+ - condizione
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||||
La concentrazione di Ca2+ dipende da:
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#### Ingresso Ca2+ - comportamento
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L’ingresso di Ca2+ avviene tramite i VGCC e dipende da:
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- quantita’ di VGCC
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- CDI
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- eCb
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- ATP?
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##### CDI - Condizione
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Ha un proprio refractory e dipende dalla concentrazione di Ca2+. Normalmente si attiva all’apertura dei VGCC, perche’ deve limitare l’ingresso di Ca2+, che altrimenti entrerebbero come in una cascata. Invece qui si gestisce anche la coincidenza temporale, ovvero AP deve arrivare quando non c’e’ CDI, altrimenti il sistema non funziona efficientemente.
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#### Ristagno Ca2+
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Il ristagno di Ca2+ e’ dovuto:
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- Alla mancanza di ATP che non permette l’eliminazione tramite le pompe
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- La alta frequenza di spike che non permette anche in presenza di ATP di eliminare CA2+
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||||
#### Eliminazione Ca2+
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||||
ATP is consumed continuously by three processes:
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||||
- the Na/K-ATPase pump that restores the membrane gradient after each spike (the largest cost, proportional to firing rate)
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||||
- the PMCA and SERCA pumps that clear Ca²⁺ from the cytosol
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||||
- the molecular machinery that docks and primes vesicles for release.
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||||
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||||
These costs accumulate in an ATP demand register that grows with every spike and every Ca²⁺ clearance event in the millisecond loop.
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||||
#### Permanenza di Ca2+ - Trace - medium/long period
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Questo serve per il medio/lungo periodo
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### Quantita’ di Rrp disponibile
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### ATP disponibile
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---
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### PRESYNAPSE-BEH: Container
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**Tubs:**
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@@ -197,14 +32,11 @@ Questo serve per il medio/lungo periodo
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||||
- **CaTraces**: sono le tracce di permanenza della concentrazione di Ca2+. Servono alla modulazione (TUN)
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||||
- **eCB**: retrograde signal updates from postsynapsis (postsynaptic input)
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||||
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||||
---
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||||
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||||
```Gen
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||||
PRESYNAPSE
|
||||
type: container
|
||||
PRESYNAPSE-BEH
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||||
|
||||
expansion:
|
||||
- VGCC-PRE ( full: 10x, active: 5x, empty: 2x )
|
||||
type: container
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||||
activity_scope: !DAY
|
||||
|
||||
tub_local:
|
||||
- Ca2+ ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x )
|
||||
@@ -224,7 +56,7 @@ PRESYNAPSE
|
||||
- AP_ctx ( contained_by: SOMA )
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||||
```
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||||
### AP_ctx: PRESYNAPSE
|
||||
#### AP_ctx: PRESYNAPSE-BEH
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||||
Il rilascio di NT lo facciamo nel contesto di AP. Biologicamente dovrebbe avvenire solo in base alle concentrazioni, quindi anche al difuori degli AP.
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||||
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@@ -242,11 +74,11 @@ NT empty. Qui siamo contestualizzati se Ca2+ full, il che dovrebbe significare i
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||||
|
||||
In tutti i casi di NT
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||||
|
||||
#### NTreleaseLow: ( active: 12x ) accumulator
|
||||
##### NTreleaseLow: ( active: 12x ) accumulator
|
||||
```Gen
|
||||
NTreleaseLow: ( active: 12x ) # Low
|
||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: PRESYNAPSE
|
||||
contained_by: PRESYNAPSE-BEH
|
||||
|
||||
in_context: AP_ctx
|
||||
hypothesis: ( Ca2+ mediumness ) AND ( Rrp mediumness ) AND NOT( ATP empty )
|
||||
@@ -254,11 +86,11 @@ NTreleaseLow: ( active: 12x ) # Low
|
||||
trace: None
|
||||
```
|
||||
|
||||
#### NTreleaseMedium: ( active: 9x ) accumulatorv
|
||||
##### NTreleaseMedium: ( active: 9x ) accumulatorv
|
||||
```Gen
|
||||
NTreleaseMedium: ( active: 9x ) # Medium
|
||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: PRESYNAPSE
|
||||
contained_by: PRESYNAPSE-BEH
|
||||
|
||||
in_context: AP_ctx
|
||||
hypothesis: (( Ca2+ fullness ) AND ( Rrp mediumness ) OR
|
||||
@@ -268,11 +100,11 @@ NTreleaseMedium: ( active: 9x ) # Medium
|
||||
trace: None
|
||||
```
|
||||
|
||||
#### NTreleaseHigh: ( active: 3x ) accumulator
|
||||
##### NTreleaseHigh: ( active: 3x ) accumulator
|
||||
```Gen
|
||||
NTreleaseHigh: ( active: 3x ) # High
|
||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: PRESYNAPSE
|
||||
contained_by: PRESYNAPSE-BEH
|
||||
|
||||
in_context: AP_ctx
|
||||
hypothesis: ( Ca2+ fullness ) AND ( Rrp fullness ) AND
|
||||
@@ -281,7 +113,7 @@ NTreleaseHigh: ( active: 3x ) # High
|
||||
trace: None
|
||||
```
|
||||
|
||||
#### Ca2+TracesAccumulationLow: accumulator
|
||||
##### Ca2+TracesAccumulationLow: accumulator
|
||||
|
||||
Serve a:
|
||||
- fare il tuning dei VGCC
|
||||
@@ -294,11 +126,11 @@ Serve a:
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
#### Ca2+TracesAccumulationLow: ( active: 10x ) accumulator
|
||||
##### Ca2+TracesAccumulationLow: ( active: 10x ) accumulator
|
||||
```Gen
|
||||
Ca2+TracesAccumulationLow: ( active: 10x )
|
||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: PRESYNAPSE
|
||||
contained_by: PRESYNAPSE-BEH
|
||||
|
||||
in_context: AP_ctx
|
||||
hypothesis: (Ca2+ emptiness)
|
||||
@@ -306,11 +138,11 @@ Ca2+TracesAccumulationLow: ( active: 10x )
|
||||
trace: None
|
||||
```
|
||||
|
||||
#### Ca2+TracesAccumulationMedium: ( active: 6x ) accumulator
|
||||
##### Ca2+TracesAccumulationMedium: ( active: 6x ) accumulator
|
||||
```Gen
|
||||
Ca2+TracesAccumulationMedium: ( active: 6x ) # medium
|
||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: PRESYNAPSE
|
||||
contained_by: PRESYNAPSE-BEH
|
||||
|
||||
in_context: AP_ctx
|
||||
hypothesis: (Ca2+ mediumness)
|
||||
@@ -318,11 +150,11 @@ Ca2+TracesAccumulationMedium: ( active: 6x ) # medium
|
||||
trace: None
|
||||
```
|
||||
|
||||
#### Ca2+TracesAccumulationHigh: ( active: 10x ) accumulator
|
||||
##### Ca2+TracesAccumulationHigh: ( active: 10x ) accumulator
|
||||
```Gen
|
||||
Ca2+TracesAccumulationHigh: ( active: 10x ) # high
|
||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: PRESYNAPSE
|
||||
contained_by: PRESYNAPSE-BEH
|
||||
|
||||
in_context: AP_ctx
|
||||
hypothesis: (Ca2+ fullness)
|
||||
@@ -330,19 +162,19 @@ Ca2+TracesAccumulationHigh: ( active: 10x ) # high
|
||||
trace: None
|
||||
```
|
||||
|
||||
### NOT AP_ctx: PRESYNAPSE
|
||||
#### NOT AP_ctx: PRESYNAPSE-BEH
|
||||
|
||||
#### eCB clearance: accumulator
|
||||
##### eCB clearance: accumulator
|
||||
|
||||
eCB dipende da POST. Tende a modulare l'entrata di Ca2+ degli VGCC.
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||||
|
||||
Qui non facciamo un flush di eCB, riduciamo ogni mezzo secondo (context) di un RF di questo episodio.
|
||||
|
||||
#### eCBClearance: ( active: 24x ) accumulator
|
||||
##### eCBClearance: ( active: 24x ) accumulator
|
||||
```Gen
|
||||
eCBClearance: ( active: 24x ) # Slow
|
||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: PRESYNAPSE
|
||||
contained_by: PRESYNAPSE-BEH
|
||||
|
||||
in_context: NOT AP_ctx
|
||||
hypothesis: NOT (eCB empty)
|
||||
@@ -350,7 +182,7 @@ eCBClearance: ( active: 24x ) # Slow
|
||||
trace: None
|
||||
```
|
||||
|
||||
#### RPShuttleLow: ( active: 48x ) accumulator
|
||||
##### RPShuttleLow: ( active: 48x ) accumulator
|
||||
|
||||
This happens in the seconds loop, once per second.
|
||||
|
||||
@@ -361,7 +193,7 @@ Rate: 0.00 – 0.25
|
||||
```Gen
|
||||
RPShuttleLow: ( active: 48x ) # Low
|
||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: PRESYNAPSE
|
||||
contained_by: PRESYNAPSE-BEH
|
||||
|
||||
in_context: NOT AP_ctx
|
||||
hypothesis: (CaTraceLow fullness) OR
|
||||
@@ -371,7 +203,7 @@ RPShuttleLow: ( active: 48x ) # Low
|
||||
trace: None
|
||||
```
|
||||
|
||||
#### RPShuttleMedium: ( active: 24x ) accumulator
|
||||
##### RPShuttleMedium: ( active: 24x ) accumulator
|
||||
|
||||
The "Sub-Optimal" State. The machinery is working, but it's held back by partial limitations. This covers cases where the signal is steady but the "piston" isn't firing at full speed, or where a high vacancy in the RRP (emptiness) forces a low signal to work a bit harder.
|
||||
|
||||
@@ -380,7 +212,7 @@ Rate: 0.50 – 0.97
|
||||
```Gen
|
||||
RPShuttleMedium: ( active: 24x ) # Medium
|
||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: PRESYNAPSE
|
||||
contained_by: PRESYNAPSE-BEH
|
||||
|
||||
in_context: AP_ctx
|
||||
hypothesis: (CaTraceMedium fullness) AND (RP mediumness) AND (RRP mediumness) OR
|
||||
@@ -391,7 +223,7 @@ RPShuttleMedium: ( active: 24x ) # Medium
|
||||
trace: None
|
||||
```
|
||||
|
||||
#### RPShuttleHigh: ( active: 12x ) accumulator
|
||||
##### RPShuttleHigh: ( active: 12x ) accumulator
|
||||
|
||||
The "High Performance" State. Multiple systems are optimized, but one is still at a "mediumness" level. This represents an active synapse that hasn't reached its absolute peak because either the supply is only 50% or the RRP isn't empty enough to create that "maximal vacuum" pull.
|
||||
|
||||
@@ -400,7 +232,7 @@ Rate: 1.25 – 1.94
|
||||
```Gen
|
||||
RPShuttleHigh: ( active: 12x ) # Fast
|
||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: PRESYNAPSE
|
||||
contained_by: PRESYNAPSE-BEH
|
||||
|
||||
in_context: AP_ctx
|
||||
hypothesis: (CaTraceHigh fullness) AND (RP fullness) AND (RRP mediumness) OR # signal + supply
|
||||
@@ -410,7 +242,7 @@ RPShuttleHigh: ( active: 12x ) # Fast
|
||||
trace: None
|
||||
```
|
||||
|
||||
#### RefillRPGlutamine: accumulator
|
||||
##### RefillRPGlutamine: accumulator
|
||||
|
||||
This happens in the minutes loop, once per minute, via the glutamine shuttle from the astrocyte. It is a two-step process across two cells.
|
||||
|
||||
@@ -440,9 +272,7 @@ Gln — depletes over bursts, refilled by glucose (slowest, astrocyte-depend
|
||||
|
||||
Each tier buys time for the one below it to respond. When all three are depleted simultaneously — which only happens under prolonged high-frequency firing with insufficient glucose — the synapse has no remaining buffer and goes silent until the minutes loop restores the Glutamine_pool.
|
||||
|
||||
### TunPossible_ctx: PRESYNAPSE
|
||||
|
||||
#### Ca2+TracesClearance: ( active: 30x ) accumulator
|
||||
##### Ca2+TracesClearance: ( active: 30x ) accumulator
|
||||
|
||||
Qui facciamo un flush di CaTraceX. Deve essere fatto a valle del tuning.
|
||||
|
||||
@@ -465,13 +295,92 @@ Ca2+TracesClearance: ( active: 30x ) # Slow
|
||||
trace: None
|
||||
```
|
||||
|
||||
## VGCC-PRE: Container
|
||||
### VGCC-PRE-TUN: Container
|
||||
```Gen
|
||||
|
||||
VGCC-PRE-TUN
|
||||
# qui stiamo aggiungendo o eliminando VGCC-PRE. Fra un massimo full e minimo empty (empty puo' non essere 0)
|
||||
# contained_by: PRESYNAPSE non e' contenuto, si attacca.
|
||||
|
||||
type: container
|
||||
activity_scope: !DAY
|
||||
|
||||
tunes: PRESYNAPSE/expansion/VCGG-PRE
|
||||
|
||||
tub_modulation:
|
||||
- VCGG-PRE
|
||||
|
||||
context_intricated:
|
||||
- TunPossible_ctx ( contained_by: DAY-N )
|
||||
|
||||
tub_local:
|
||||
|
||||
tub_intricated:
|
||||
```
|
||||
|
||||
#### TunPossible_ctx: VGCC-PRE-TUN
|
||||
|
||||
##### CheckVgccPreTun: ( active: 60x ) contexting
|
||||
Qui controlliamo che ci siano le condizioni per aumentare o diminuire la quantita' di VGCC
|
||||
```Gen
|
||||
CheckVgccPreTun: ( active: 60x )
|
||||
type: contexting
|
||||
contained_by: VGCC-PRE-TUN
|
||||
|
||||
in_context: TunPossible_ctx
|
||||
condition: ( CaTraceHigh fullness )
|
||||
out_context: TryTunUpPreVcgg_ctx
|
||||
|
||||
condition: ( CaTraceLow fullness )
|
||||
out_context: TryTunDownPreVcgg_ctx
|
||||
```
|
||||
|
||||
##### PossibleUpPreVgccTun: ( active: 10x ) accumulator
|
||||
```Gen
|
||||
PossibleUpPreVgccTun: ( active: 10x )
|
||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: VGCC-PRE-TUN
|
||||
|
||||
in_context: TryTunUpPreVcgg_ctx
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||||
hypothesis:
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||||
action:
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||||
trace:
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||||
```
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||||
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||||
##### PossibleDownPreVgccTun: ( active: 10x ) accumulator
|
||||
```Gen
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||||
PossibleDownPreVgccTun: ( active: 10x )
|
||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: VGCC-PRE-TUN
|
||||
|
||||
in_context: TryTunDownPreVcgg_ctx
|
||||
hypothesis:
|
||||
action:
|
||||
trace:
|
||||
```
|
||||
|
||||
## VGCC-PRE: Comprehension
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||||
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||||
Voltage-Controlled Gated Channels: Qui per ora non gestiamo l'evoluzione della depolarizzazione. Alla scomparsa dell'AP, i VGCC smettono di funzionare.
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||||
```Gen
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||||
VGCC-PRE
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||||
type: comprehension
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||||
expansion:
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||||
@: VGCC-PRE-BEH []
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||||
```
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||||
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||||
### VGCC-PRE-BEH: Container
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||||
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||||
Voltage-Controlled Gated Channels: Qui per ora non gestiamo l'evoluzione della depolarizzazione. Alla scomparsa dell'AP, i VGCC smettono di funzionare.
|
||||
|
||||
```Gen
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||||
VGCC-PRE-PRE
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||||
|
||||
type: container
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||||
activity_scope: !DAY
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||||
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||||
tub_intricated:
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||||
- Ca2+ ( contained_by: PRESYNAPSE )
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||||
@@ -481,7 +390,7 @@ VGCC-PRE
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||||
- AP ( contained_by: SOMA )
|
||||
```
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||||
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||||
### AP_ctx: VGCC-PRE
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||||
#### AP_ctx: VGCC-PRE-BEH
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||||
Da rivedere le condizioni per aggiungere mGluR che ha come proxy NT concentration!!!!!
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@@ -503,11 +412,11 @@ Qui semplifichiamo:
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||||
Devo controllare che le condizioni sotto siano esaustive. Qui ho confuso high con low, e inoltre ho messo NT per mGluR che devo controllare che abbia senso.
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||||
#### Ca2+enterLow: ( active: 12x ) accumulator
|
||||
##### Ca2+enterLow: ( active: 12x ) accumulator
|
||||
```Gen
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||||
Ca2+enterLow: ( active: 12x ) # Low
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||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: VGCC-PRE
|
||||
contained_by: VGCC-PRE-BEH
|
||||
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||||
in_context: AP_ctx
|
||||
hypothesis: (Ca2+ empty) AND (eCB empty)
|
||||
@@ -515,11 +424,11 @@ Ca2+enterLow: ( active: 12x ) # Low
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||||
trace: None
|
||||
```
|
||||
|
||||
#### Ca2+enterMedium: ( active: 6x ) accumulator
|
||||
##### Ca2+enterMedium: ( active: 6x ) accumulator
|
||||
```Gen
|
||||
Ca2+enterMedium: ( active: 6x ) # Medium
|
||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: VGCC-PRE
|
||||
contained_by: VGCC-PRE-BEH
|
||||
|
||||
in_context: AP_ctx
|
||||
hypothesis: (Ca2+ mediumness) OR
|
||||
@@ -529,11 +438,11 @@ Ca2+enterMedium: ( active: 6x ) # Medium
|
||||
trace: None
|
||||
```
|
||||
|
||||
#### Ca2+enterHigh: ( active: 3x ) accumulator
|
||||
##### Ca2+enterHigh: ( active: 3x ) accumulator
|
||||
```Gen
|
||||
Ca2+enterHigh: ( active: 3x ) # High
|
||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: VGCC-PRE
|
||||
contained_by: VGCC-PRE-BEH
|
||||
|
||||
in_context: AP_ctx
|
||||
hypothesis: (Ca2+ mediumness) AND (eCB full) OR
|
||||
@@ -542,7 +451,7 @@ Ca2+enterHigh: ( active: 3x ) # High
|
||||
trace: None
|
||||
```
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||||
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||||
### NOT AP_ctx: VGCC-PRE
|
||||
#### NOT AP_ctx: VGCC-PRE-BEH
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||||
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||||
Qui eliminiamo Ca2+. Il tempo che ci mette ad eliminare il Ca2+ dovrebbe essere minoe dell'inervallo fra un AP_ctx e un'altra. Siccome non comprendiamo per ora ATP, non c'e' accumulo di Ca2+ per mancanza di ATP (stanchezza).
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||||
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||||
@@ -556,11 +465,11 @@ Qui disinguiamo:
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||||
- NOT ca2+ fullness che svuota piu' lentamente
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||||
- da capire se serve veramente questa distinzione per il tempo di svuotamento.
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||||
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||||
#### Ca2+ClearanceLow: ( active: 24x ) accumulator
|
||||
##### Ca2+ClearanceLow: ( active: 24x ) accumulator
|
||||
```Gen
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||||
Ca2+ClearanceLow: ( active: 24x ) # Low
|
||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: PRESYNAPSE
|
||||
contained_by: VGCC-PRE-BEH
|
||||
|
||||
in_context: NOT AP_ctx
|
||||
hypothesis: (NOT Ca2+ fullness) AND (NOT Ca2+ empty)
|
||||
@@ -568,11 +477,11 @@ Ca2+ClearanceLow: ( active: 24x ) # Low
|
||||
trace: None
|
||||
```
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||||
|
||||
#### Ca2+ClearanceHigh: ( active: 4x ) accumulator
|
||||
##### Ca2+ClearanceHigh: ( active: 4x ) accumulator
|
||||
```Gen
|
||||
Ca2+ClearanceHigh: ( active: 4x ) # High
|
||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: PRESYNAPSE
|
||||
contained_by: VGCC-PRE-BEH
|
||||
|
||||
in_context: NOT AP_ctx
|
||||
hypothesis: NOT (Ca2+ empty)
|
||||
@@ -580,65 +489,3 @@ Ca2+ClearanceHigh: ( active: 4x ) # High
|
||||
trace: None
|
||||
```
|
||||
|
||||
## VGCC-PRE-TUN: Tuner
|
||||
```Gen
|
||||
VGCC-PRE-TUN
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||||
type: tuner
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||||
# qui stiamo aggiungendo o eliminando VGCC-PRE. Fra un massimo full e minimo empty (empty puo' non essere 0)
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||||
# contained_by: PRESYNAPSE non e' contenuto, si attacca.
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||||
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||||
tunes: PRESYNAPSE/expansion/VCGG-PRE
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||||
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||||
tub_modulation:
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||||
- VCGG-PRE
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||||
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||||
context_intricated:
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||||
- TunPossible_ctx ( contained_by: DAY-N )
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||||
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||||
tub_local:
|
||||
|
||||
tub_intricated:
|
||||
```
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||||
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||||
### TunPossible_ctx: ( active: 60x ) VGCC-PRE-TUN
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||||
|
||||
#### CheckVgccPreTun: contexting
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||||
Qui controlliamo che ci siano le condizioni per aumentare o diminuire la quantita' di VGCC
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||||
```Gen
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||||
CheckVgccPreTun: ( active: 60x )
|
||||
type: contexting
|
||||
contained_by: VGCC-PRE-TUN
|
||||
|
||||
in_context: TunPossible_ctx
|
||||
condition: ( CaTraceHigh fullness )
|
||||
out_context: TryTunUpPreVcgg_ctx
|
||||
|
||||
condition: ( CaTraceLow fullness )
|
||||
out_context: TryTunDownPreVcgg_ctx
|
||||
```
|
||||
|
||||
#### PossibleUpPreVgccTun: ( active: 10x ) accumulator
|
||||
```Gen
|
||||
PossibleUpPreVgccTun: ( active: 10x )
|
||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: VGCC-PRE-TUN
|
||||
|
||||
in_context: TryTunUpPreVcgg_ctx
|
||||
hypothesis:
|
||||
action:
|
||||
trace:
|
||||
```
|
||||
|
||||
#### PossibleDownPreVgccTun: ( active: 10x ) accumulator
|
||||
```Gen
|
||||
PossibleDownPreVgccTun: ( active: 10x )
|
||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: VGCC-PRE-TUN
|
||||
|
||||
in_context: TryTunDownPreVcgg_ctx
|
||||
hypothesis:
|
||||
action:
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||||
trace:
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```
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