diff --git a/neuron/soma-sergio.md b/neuron/soma-sergio.md deleted file mode 100644 index 0a0b076..0000000 --- a/neuron/soma-sergio.md +++ /dev/null @@ -1,464 +0,0 @@ -# soma.md - -Qui comprendiamo: - -- SOMA: il soma -- VGSC-SOMA-H: Na ion channels. Open only when VDB high -- VGSC-SOMA-M: Na ion channels. Open only when VDB medium -- VGSC-SOMA-L: Na ion channels. Open only when VDB low - -## SOMA: container - ---- - -**Simplified verifiable behaviors**: - -— ms: - -- Resting at -70 mV: Leak channels + pumps (keep at resting) -- VDB Depolarization : ~1-2 ms: Na⁺ enters (some VGSCs open) -- Opened VGSC and then remain closed for a refractory period -- Spike if depolarized above threshold: to -50 mV -- Ca2+ enter -- Repolarization to -70 mV: ~1-2 ms: K⁺ exits (VG K⁺ channels open) ← NOT pumps! -- After-hyperpolarization: ~5-20 ms: K⁺ channels still open - -— secs: - -- Return to exact -70 mV: ~100-1000 ms: Na⁺/K⁺ pumps restore gradients -- Ca2+ accumulation - -— mins: - -- VGSC modulation - ---- - -**G expression**: - -— ms: - -- based on VDB, VGSC open and let Na+ in. VGSG then go into refractory -- if Na fullness then ApCtx. Here the threshold is based only on the integration of Na+ -- increase SpikeTrainTraces (fast at spike) -- increase Ca2+ traces -- decrease Na: fast pump which decreases Na+, we do not model K+ --- there is a tug of war between Na entering and exiting. Na can reach fullness only if VDB increases fast (derivative) -- there are 2 context: ApCtx and RefractorySoma imlemented with timers and tunable -- decrease SpikeTraintraces slow, only if away from spiketrain this is empty - -- Tune: --- The threshold is tuned during the spiketrain. Low threshold at rest, to increase sensitivity, threshold increase during spike to increase discrimination - -— secs: - -- SpikeTrainTraces - -— mins: - -- Tune: --- refractory lenght - ---- - -**Tubs:** - -- **VDB**: dendrites deliver current - -- **Na**: are a proxy for the Coulombs of charge building up on the somatic membrane. They are used to check threshold, but also to mimic Na+ and K+ pumping - -- **Ca2+**: Medium term traces to guide tuning and Night development. It is a local trace, ATP is a global (Astrocyte) - -- **SpikeTrainTraces**: sono le tracce che consentono al neurone di far partire il Tuning neuronale, quando e' lontano da uno spike-train, ovvero e' in riposo. - -- **RefractorySoma**: tracce di refractory - ---- - -```Gen -container: SOMA - - expansion: - - VGSC-SOMA-H ( fullness: 50x, active: 20x, emptiness: 10x ) - # modulated_by: VGSC-SOMA-H-TUN # possible/actual - - - VGSC-SOMA-M ( fullness: 50x, active: 20x, emptiness: 10x ) - # modulated_by: VGSC-SOMA-M-TUN # possible/actual - - - VGSC-SOMA-L ( fullness: 50x, active: 20x, emptiness: 10x ) - # modulated_by: VGSC-SOMA-L-TUN # possible/actual - - - tub_local: - - VDB - - Na - - Ca2+ - - RefractorySoma - - tub_intricated: - - SpikeTrainTraces ( contained_in: DAY-N ) -``` - -### ms: SOMA - -#### VDB-Concentration: check_tpc - -As dendrites deliver current (VDB​), the soma acts like a capacitor. It "stores" this charge in the form of membrane potential. This contextualizes VGSC-SOMA to open ion channels that let Na+ ions in. - -This only applies if not ApCtx, or in other words, SOMA is not in refractory period. - -```Gen -check_tpc: VDB-Concentration - contained_by: SOMA - - tpc: any - rf: ( active: 60x ) - - condition: (VDB fullness ) AND NOT ApCtx - out_tpc: VDBMaxCtx - - condition: ( VDB mediumness ) AND NOT ApCtx - out_tpc: VDBMediumCtx - - condition: ( VDB emptiness ) AND NOT ApCtx - out_tpc: VDBLowCtx -``` - -#### SomaSpill: interacting - -```Gen -interacting: SomaSpill - contained_by: SOMA - - context: any - rf: ( active: 8x ) - - hypothesis: NOT NA emptiness - action: [ decrease NA ] - trace: -``` - -#### SomaSpike: check_tpc - -Qui siamo nella fase effettiva di spike, non refractory che viene dopo. Fa da contesto di durata fra un RF ed un altro. - -La fullness di Na rappresenta il threshold e puo' essere modificato. La fullness di RefractorySoma rappresenta la lunghezza del refractory. - -```Gen -check_tpc: SomaSpike - contained_by: SOMA - - context: fixed - rf: ( active: 60x ) - - condition: ( Na fullness ) AND ( RefractorySoma emptiness ) - out_context: ApCtx - out_context: bApCtx -``` - -#### ApBeh: interacting - -Durante la fase effettiva di spike, eliminiamo Na accumulati, riempiamo RefractorySoma per fase di refractory e riempiamo Ca2+ per le tracce medio termine di potenziamento/depotenziamento. - -```Gen -interacting: ApBeh - contained_by: SOMA - - context: ApCtx - rf: ( active: 8x ) - - hypothesis: NOT Na empty - action: [ decrease Na ] - trace: - - hypothesis: NOT RefractorySoma full - action: [ increase RefractorySoma ] - trace: - - hypothesis: NOT Ca2+ full - action: [ increase Ca2+ ] - trace: -``` - -#### RefractorySpill: interacting - -Lo spill deve essere piu' lento dell'increase che avviene in APBeh - -```Gen -interacting: RefractorySpill - contained_by: SOMA - - context: any - rf: ( active: 16x ) - - hypothesis: NOT RefractorySoma empty - action: [ decrease RefractorySoma ] - trace: -``` - -### sec: SOMA - -### min: SOMA - -#### VGSC-SOMA-TUN: Tuner - -```Gen -tuner: VGSC-SOMA-TUN - - contained_by: SOMA - - tunes: SOMA/expansion/VGSC-SOMA - - context_intricated: - - TunPossible ( contained_by: DAY-N ) - - tub_local: - - tub_intricated: -``` - -##### Check: check_tpc - -```Gen -context: check_tpc - contained_by: VGSC-SOMA-TUN - - context: TunPossible - rf: ( active: 60x ) - - condition: - out_context: TunSomaVcgg -``` - -##### ?: interacting - -```Gen -interacting: ? - contained_by: TUN-PRE-VGCC - - context: TunSomaVcgg - rf: ( active: x ) - - hypothesis: - action: - trace: -``` - - -## VGSC-SOMA-H: container - -Voltage Gated Sodium Channel: difficult to open (High) - -```Gen -container: VGSC-SOMA-H - - tub_local: - Ready ( ) - - tub_local: - RefractoryH ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x ) - - tub_intricated: - Na ( contained_in: SOMA) - -``` - -### sec: VGSC-SOMA-H - -##### VGSC-H_TPC: check_tpc - -Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio. - -```Gen -check_tpc: VGSC-H_TPC - contained_by: VGSC-SOMA-H - - tpc: VDBMaxCtx - rf: ( active: 60x ) - - condition: ( RefractoryH emptiness ) - out_context: NaEnterH_Ctx -``` - -#### NaEnterH: interacting - -Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo. -Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory - -```Gen -interacting: NaEnterH - contained_by: VGSC-H-SOMA - - context: NaEnterH_Ctx - rf: ( active: 1x ) - - hypothesis: ( NOT Na full ) - action: [ Na increase] - trace: None - - hypothesis: ( NOT RefractoryH full ) - action: [ RefractoryH increase ] - trace: None -``` - -##### RefractoryHSpill: interacting - -Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente) - -```Gen -interacting: RefractoryHSpill - contained_by: VGSC-H-SOMA - - context: any - rf: ( active: 1x ) - - hypothesis: NOT ( RefractoryH empty ) - action: [ RefractoryH decrease ] - trace: None -``` - - -## VGSC-SOMA-M: container - -Voltage Gated Sodium Channel: less difficult to open (Medium) - -```Gen -container: VGSC-SOMA-M - - tub_local: - Ready ( ) - - tub_local: - RefractoryM ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x ) - - tub_intricated: - Na ( contained_in: SOMA) - -``` - -### sec: VGSC-SOMA-M - -##### VGSC-M_TPC: check_tpc - -Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio. - -```Gen -check_tpc: VGSC-M_TPC - contained_by: VGSC-SOMA-M - - tpc: VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx - rf: ( active: 60x ) - - condition: ( RefractoryH emptiness ) - out_context: NaEnterM_Ctx -``` - -#### NaEnterM: interacting - -Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo. -Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory - -```Gen -interacting: NaEnterM - contained_by: VGSC-M-SOMA - - context: NaEnterM_Ctx - rf: ( active: 1x ) - - hypothesis: ( NOT Na full ) - action: [ Na increase] - trace: None - - hypothesis: ( NOT RefractoryM full ) - action: [ RefractoryH increase ] - trace: None -``` - -##### RefractoryMSpill: interacting - -Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente) - -```Gen -interacting: RefractoryMSpill - contained_by: VGSC-M-SOMA - - context: any - rf: ( active: 1x ) - - hypothesis: NOT ( RefractoryM empty ) - action: [ RefractoryM decrease ] - trace: None -``` - - -## VGSC-SOMA-L: container - -Voltage Gated Sodium Channel: easy to open (Low) - -```Gen -container: VGSC-SOMA-L - - tub_local: - Ready ( ) - - tub_local: - RefractoryL ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x ) - - tub_intricated: - Na ( contained_in: SOMA) - -``` - -### sec: VGSC-SOMA-L - -##### VGSC-L_TPC: check_tpc - -Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio. - -```Gen -check_tpc: VGSC-L_TPC - contained_by: VGSC-SOMA-L - - tpc: VDBLowCtx OR VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx - rf: ( active: 60x ) - - condition: ( RefractoryH emptiness ) - out_context: NaEnterL_Ctx -``` - -#### NaEnterL: interacting - -Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo. -Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory - -```Gen -interacting: NaEnterL - contained_by: VGSC-L-SOMA - - context: NaEnterL_Ctx - rf: ( active: 1x ) - - hypothesis: ( NOT Na full ) - action: [ Na increase] - trace: None - - hypothesis: ( NOT RefractoryL full ) - action: [ RefractoryL increase ] - trace: None -``` - -##### RefractoryLSpill: interacting - -Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente) - -```Gen -interacting: RefractoryLSpill - contained_by: VGSC-L-SOMA - - context: any - rf: ( active: 1x ) - - hypothesis: NOT ( RefractoryL empty ) - action: [ RefractoryL decrease ] - trace: None -``` diff --git a/neuron/soma.md b/neuron/soma.md index db55f66..8472af2 100644 --- a/neuron/soma.md +++ b/neuron/soma.md @@ -90,13 +90,9 @@ container: SOMA tub_local: - - VDB - - Na - - Ca2+ - - RefractorySoma tub_intricated: @@ -128,10 +124,26 @@ check_tpc: VDB-Concentration out_tpc: VDBLowCtx ``` +#### SomaSpill: interacting + +```Gen +interacting: SomaSpill + contained_by: SOMA + + context: any + rf: ( active: 8x ) + + hypothesis: NOT NA emptiness + action: [ decrease NA ] + trace: +``` + #### SomaSpike: check_tpc Qui siamo nella fase effettiva di spike, non refractory che viene dopo. Fa da contesto di durata fra un RF ed un altro. +La fullness di Na rappresenta il threshold e puo' essere modificato. La fullness di RefractorySoma rappresenta la lunghezza del refractory. + ```Gen check_tpc: SomaSpike contained_by: SOMA @@ -139,7 +151,7 @@ check_tpc: SomaSpike context: fixed rf: ( active: 60x ) - condition: ( Na fullness ) AND ( NOT SomaRefractoryCtx ) + condition: ( Na fullness ) AND ( RefractorySoma emptiness ) out_context: ApCtx out_context: bApCtx ``` @@ -168,14 +180,16 @@ interacting: ApBeh trace: ``` -#### RefractoryBeh: interacting +#### RefractorySpill: interacting + +Lo spill deve essere piu' lento dell'increase che avviene in APBeh ```Gen -interacting: RefractoryBeh +interacting: RefractorySpill contained_by: SOMA context: any - rf: ( active: 8x ) + rf: ( active: 16x ) hypothesis: NOT RefractorySoma empty action: [ decrease RefractorySoma ] @@ -240,105 +254,208 @@ container: VGSC-SOMA-H tub_local: Ready ( ) + tub_local: + RefractoryH ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x ) + tub_intricated: Na ( contained_in: SOMA) + ``` ### sec: VGSC-SOMA-H +#### VGSC-H_TPC: check_tpc + +Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio. + +```Gen +check_tpc: VGSC-H_TPC + contained_by: VGSC-SOMA-H + + tpc: VDBMaxCtx + rf: ( active: 60x ) + + condition: ( RefractoryH emptiness ) + out_context: NaEnterH_Ctx +``` + #### NaEnterH: interacting Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo. +Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory ```Gen interacting: NaEnterH contained_by: VGSC-H-SOMA - context: VDBMaxCtx AND ( NOT RefractoryH ) + context: NaEnterH_Ctx rf: ( active: 1x ) - hypothesis: ( NOT Na fullness ) AND ( NOT ReadyH fullness ) - action: [ Na increase, ReadyH increase ] + hypothesis: ( NOT Na full ) + action: [ Na increase] + trace: None + + hypothesis: ( NOT RefractoryH full ) + action: [ RefractoryH increase ] trace: None ``` -##### CheckRefractoryH: check_tpc +##### RefractoryHSpill: interacting -Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio. +Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente) ```Gen -check_tpc: CheckRefractoryH +interacting: RefractoryHSpill contained_by: VGSC-H-SOMA - context: NOT RefractoryH - rf: ( active: 60x ) - - condition: ( ReadyH fullness ) - out_context: RefractoryH -``` - -##### RefractoryH: interacting - -Questo episodio deve girare varie volte nell'ambito del contesto di refractory che viene controllato ad un RF maggiore. - -```Gen -interacting: RefractoryH - contained_by: VGSC-H-SOMA - - context: RefractoryH + context: any rf: ( active: 1x ) - hypothesis: NOT ( ReadyH emptyness ) - action: [ ReadyH decrease ] + hypothesis: NOT ( RefractoryH empty ) + action: [ RefractoryH decrease ] trace: None ``` ## VGSC-SOMA-M: container -Voltage Gated Sodium Channel +Voltage Gated Sodium Channel: less difficult to open (Medium) ```Gen container: VGSC-SOMA-M + tub_local: + Ready ( ) + + tub_local: + RefractoryM ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x ) + + tub_intricated: + Na ( contained_in: SOMA) + ``` ### sec: VGSC-SOMA-M -#### interacting2 +#### VGSC-M_TPC: check_tpc + +Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio. ```Gen -interacting: ?? +check_tpc: VGSC-M_TPC + contained_by: VGSC-SOMA-M + + tpc: VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx + rf: ( active: 60x ) + + condition: ( RefractoryH emptiness ) + out_context: NaEnterM_Ctx +``` + +#### NaEnterM: interacting + +Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo. +Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory + +```Gen +interacting: NaEnterM contained_by: VGSC-M-SOMA - context: xxx + context: NaEnterM_Ctx rf: ( active: 1x ) - hypothesis: - action: + hypothesis: ( NOT Na full ) + action: [ Na increase] + trace: None + + hypothesis: ( NOT RefractoryM full ) + action: [ RefractoryH increase ] + trace: None +``` + +##### RefractoryMSpill: interacting + +Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente) + +```Gen +interacting: RefractoryMSpill + contained_by: VGSC-M-SOMA + + context: any + rf: ( active: 1x ) + + hypothesis: NOT ( RefractoryM empty ) + action: [ RefractoryM decrease ] trace: None ``` ## VGSC-SOMA-L: container -Voltage Gated Sodium Channel +Voltage Gated Sodium Channel: easy to open (Low) ```Gen -container: VGSC-SOMA-M +container: VGSC-SOMA-L + tub_local: + Ready ( ) + + tub_local: + RefractoryL ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x ) + + tub_intricated: + Na ( contained_in: SOMA) + ``` ### sec: VGSC-SOMA-L -#### interacting3 +#### VGSC-L_TPC: check_tpc + +Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di Refractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio. ```Gen -interacting: ?? +check_tpc: VGSC-L_TPC + contained_by: VGSC-SOMA-L + + tpc: VDBLowCtx OR VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx + rf: ( active: 60x ) + + condition: ( RefractoryH emptiness ) + out_context: NaEnterL_Ctx +``` + +#### NaEnterL: interacting + +Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo. +Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory + +```Gen +interacting: NaEnterL contained_by: VGSC-L-SOMA - context: xxx + context: NaEnterL_Ctx rf: ( active: 1x ) - hypothesis: - action: + hypothesis: ( NOT Na full ) + action: [ Na increase] + trace: None + + hypothesis: ( NOT RefractoryL full ) + action: [ RefractoryL increase ] + trace: None +``` + +##### RefractoryLSpill: interacting + +Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa RefractoryH (interactor precedente) + +```Gen +interacting: RefractoryLSpill + contained_by: VGSC-L-SOMA + + context: any + rf: ( active: 1x ) + + hypothesis: NOT ( RefractoryL empty ) + action: [ RefractoryL decrease ] trace: None ```