Varie pulizie commmenti

README.md

@@ -6,6 +6,8 @@ Qui mettiamo le spiegazioni sulla **struttura della comprensione G** e alcuni pu
 
 L'intera espressione G e' strutturata in varie comprensioni intricate.
 
+I nomi dei Container e dei Modulator sono **univoci**. In tutta la comprensione, compreso i moduli N, AST e WTA. Questo perche' dobbiamo pensare a ciascun container come una cella univoca, espressione di possibilita', che si intrica con altre celle.
+
 ### Elementi strutturali
 
 - **Comprehension**: contiene i comportamenti di BEH, DEV e TUN. Inoltre contiene **scope**, che serve a cambiare l'attivazione da BEH, DEV, TUN. Non contiene altro.
@@ -32,6 +34,8 @@ I blocchi possono essere di tipo floor (Ca2+) o concettuali (BEH-PRE). Nel caso
 
 La fullness di un Tub puo' essere cambiata in DEV. Dal punto di vista della comprensione, questo equivale ad un cambio di possibilita', perche' l'attualita' in BEH puo' variare in maniera diversa.
 
+L'assegnazione dei livelli di fullness, active e emptiness viene fatta una volta completata l'espansione come per RF. Infatti l'assegnazione deve essere collegata a RF.
+
 ### RF
 
 Teorema di Shannon inverso. E' come se facessimo un campionamento su un ipotesi di continuita'.

neuron/BEH-AXO.md

@@ -8,13 +8,16 @@ Qui comprendiamo:
 
 ## BEH-AXO: Container
 
-**Axon**: Axon does not contain specific behavior, here we comprehend it as a “cable” transporting the AP from SOMA to Presynapse. It expands BEH-PRE which can be Modulated (TUN).
+**Axon**: Axon does not contain specific behavior, here we comprehend it as a “cable” transporting the AP from SOMA to Presynapse. It expands BEH-PRE which:
+
+- can be developed by DEV-PRE
+- the associations between BEH-PRE, BEH-POST e BEH-SYN is performed by the module that instantiate the Neurons and the Atrocytes, for example BEH-EXH or BEH-INH from winnertakeall.
 
 ```Gen
 container: BEH-AXO
 
   expansion: BEH-PRE ( fullness: 50x, active: 0x, emptiness: 10x ) 
-    # managed_by: BEH-WTA-PRE-POST from BEH-WTA
+    # managed_by: BEH-EXH or BEH-INH from winnertakeall
     # developed_by: DEV-AXO-BEH-PRE-TUB from DEV-N
 ```
 
@@ -24,38 +27,38 @@ container: BEH-AXO
 
 **Tubs:**
 
-- Ca2+: Calcium Ion entering the Presynapse when VCGG open. They are key to check the concentration, release vescicles and modulation
+- **Ca2+**: Calcium Ion entering the Presynapse when VCGG open. They are key to check the concentration, release vescicles and modulation
-- Rrp: Readily Releasable Pool  
+- **Rrp**: Readily Releasable Pool: The Readily Releasable Pool consists of the vesicles that are "docked" and "primed" at the active zone of the synapse.  
-  The Readily Releasable Pool consists of the vesicles that are "docked" and "primed" at the active zone of the synapse.  
+-- Location: Directly touching the presynaptic membrane.  
-  Location: Directly touching the presynaptic membrane.  
+-- Function: These are the first to be released when an action potential arrives.  
-  Function: These are the first to be released when an action potential arrives.  
+-- Characteristics: This pool is very small (usually only about 0.5% to 5% of total vesicles) and can be exhausted quickly during high-frequency firing, leading to "short-term depression" of the signal.
-  Characteristics: This pool is very small (usually only about 0.5% to 5% of total vesicles) and can be exhausted quickly during high-frequency firing, leading to "short-term depression" of the signal.
+- **RecP**: Recycling Pool  
-- RecP: Recycling Pool  
+--The Recycling Pool is the next line of reinforcement.  
-  The Recycling Pool is the next line of reinforcement.  
+-- Location: Slightly further back from the membrane than the RRP.  
-  Location: Slightly further back from the membrane than the RRP.  
+-- Function: These vesicles maintain release during moderate, physiological levels of stimulation.  
-  Function: These vesicles maintain release during moderate, physiological levels of stimulation.  
+-- Characteristics: They are continuously refilled as the neuron "recycles" the membranes of used vesicles through endocytosis. This pool is larger than the RRP (roughly 5% to 20% of the total).
-  Characteristics: They are continuously refilled as the neuron "recycles" the membranes of used vesicles through endocytosis. This pool is larger than the RRP (roughly 5% to 20% of the total).
+- **Rp**: The "Reserve Pool" (The true RP)  
-- Rp: The "Reserve Pool" (The true RP)  
+-- In many textbooks, RP specifically stands for the Reserve Pool. 
-  In many textbooks, RP specifically stands for the Reserve Pool.  
+-- Location: The bulk of the vesicles held further back in the terminal, often tethered by a protein called synapsin.  
-  Location: The bulk of the vesicles held further back in the terminal, often tethered by a protein called synapsin.  
+-- Function: These are only mobilized during intense, prolonged stimulation once the RRP and Recycling pools are depleted.  
-  Function: These are only mobilized during intense, prolonged stimulation once the RRP and Recycling pools are depleted.  
+-- Characteristics: This makes up the vast majority of the vesicles (up to 80% or 90%).
-  Characteristics: This makes up the vast majority of the vesicles (up to 80% or 90%).
+- **Nt**: Neuro Transmitter, released in the synapse by the vescicles
-- Nt: Neuro Transmitter, released in the synapse by the vescicles
+- **CaTraces**: sono le tracce di permanenza della concentrazione di Ca2+. Servono alla modulazione (TUN)
-- TagRelease: forse non serve, ma indica il rilascio di NT da parte di una syn.
+- **TagRelease**: forse non serve, ma indica il rilascio di NT da parte di una Pre.
 
 **Behaviors**:
 L'idea e' che:
 
 - Fast  
-  -- i VCGG si aprano all'arrivo di un AP dal SOMA. Il numero dei VCGG presenti e' stato modulato (TUN) in una fase di non attivita' della presynapse  
+-- i VCGG si aprano all'arrivo di un AP dal SOMA. Il numero dei VCGG presenti e' stato modulato (TUN) in una fase di non attivita' della presynapse  
-  -- I VCGG fanno entrare Ca2+ che ne aumenta la concentrazione  
+-- I VCGG fanno entrare Ca2+ che ne aumenta la concentrazione  
-  -- ad un certo livello di concentrazione, viene liberata una vescica, se ci sono Rrp disponibili. La vescica libera xxx Nt nella sinsapsi
+-- ad un certo livello di concentrazione, viene liberata una vescica, se ci sono Rrp disponibili. La vescica libera xxx Nt nella sinsapsi
-- Medium  
+- Medium timing  
-  -- clearance dei Ca2+ che depolarizza la Presinapsi  
+-- clearance dei Ca2+ che depolarizza la Presinapsi  
-  -- riciclo delle vesciche, prendendole dalla Sinapsi e mettenedole dentro a RecP
+-- riciclo delle vesciche, prendendole dalla Sinapsi e mettenedole dentro a RecP
-- Slow  
+- Slow Timing
-  -- riempimento vesciche di Nt e mettendole dentro Rp  
+-- riempimento vesciche di Nt e mettendole dentro Rp  
-  -- spostamento da Rp a RecP
+-- spostamento da Rp a RecP
 
 ```Gen
 container: BEH-PRE
@@ -80,14 +83,14 @@ container: BEH-PRE
   tub_intricated:   
 ```
 
-### IntegrateCa2+: Context
+### Ca2+Concentration: Context
 
 Qui verifichiamo il livello di CA2+ nella presynapse. I comportamenti nella presinapsi dipendo tutti da questa concentrazione, sia quelli immediati di rilascio NT da vescicles che quelli di modulazione.
 
 ***Tens Milliseconds Time Scale***
 
 ```Gen
-context: IntegrateCa2+
+context: Ca2+Concentration
   contained_by: BEH-PRE
 
   in_context: Fixed

neuron/BEH-N.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 **Neuron Behavior**: (directly observable, excluding TUN e DEV).
 
-Questo container serve solo ad espandere AXO, SOMA e DB.
+Questo container serve solo ad espandere AXO, SOMA e DB, ed ad essere attivato dallo scope DAY in N.md.
 
 ```Gen
 container: BEH-N

neuron/N.md

@@ -2,9 +2,9 @@
 
 ## N: Comprehension
 
-**Neuron Comprehension**: Nel folder Appunti ci sono i comportamenti osservabili, dai quali siamo partiti, riducendone il numero per semplificare in questa prima fase. La forza della comprensione G. e' che possiamo aggiungere man mano nuovi comportamenti, senza gettare via nulla per ripartire da zero, come saremmo abligati a fare in una comprensione tradizionale.
+**Neuron Comprehension**: Nel folder Appunti ci sono i comportamenti osservabili, dai quali siamo partiti, riducendone il numero per semplificare in questa prima fase. La forza della comprensione G. e' che possiamo aggiungere man mano nuovi comportamenti, senza gettare via nulla per ripartire da zero, come saremmo costretti a fare in una comprensione tradizionale.
 
-In questa prima comprensione, cerchiamo di fare un'espressione la piu' semplice possibile. 
+In questa prima comprensione, cerchiamo di fare un'espressione la piu' semplice possibile per valutare la sintassi e la grammatica e l'enliving dell'espressione.
 
 ```Gen
 comprehension: N
@@ -20,12 +20,12 @@ comprehension: N
   # qui e' l'organismo che va a dormire (Ipotalamo) 
 ```
 
-### IntegrateBehTunDevPossibility: Context
+### BehTunDevPossibility: Context
 
 Alternanza BEH-N e TUN-N durante il giorno e DEV-N notte. Influenzata da intricazioni con l’ipotalamo che si occupa della fatica organismica. L’alternanza dei comportamenti in BEH-N e TUN-N, invece, e’ gestita in TUN-N.
 
 ```Gen
-scope: IntegrateBehTunDevPossibility
+scope: BehTunDevPossibility
 
  contained_by: N
  in_context: Fixed