ristrutturazione in directory
This commit is contained in:
@@ -0,0 +1,456 @@
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include_toc: true
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# soma.md
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Qui comprendiamo:
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- SOMA: il soma
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- VGSC-SOMA-H: Na ion channels. Open only when VDB high
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- VGSC-SOMA-M: Na ion channels. Open only when VDB medium
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- VGSC-SOMA-L: Na ion channels. Open only when VDB low
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## SOMA: container
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**Simplified verifiable behaviors**:
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— ms:
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- Resting at -70 mV: Leak channels + pumps (keep at resting)
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- VDB Depolarization : ~1-2 ms: Na⁺ enters (some VGSCs open)
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- Opened VGSC and then remain closed for a refractory period
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- Spike if depolarized above threshold: to -50 mV
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- Ca2+ enter
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- Repolarization to -70 mV: ~1-2 ms: K⁺ exits (VG K⁺ channels open) ← NOT pumps!
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- After-hyperpolarization: ~5-20 ms: K⁺ channels still open
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— secs:
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- Return to exact -70 mV: ~100-1000 ms: Na⁺/K⁺ pumps restore gradients
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- Ca2+ accumulation
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— mins:
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- VGSC modulation
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**G expression**:
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— ms:
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- based on VDB, VGSC open and let Na+ in. VGSG then go into refractory
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- if Na fullness then ApCtx. Here the threshold is based only on the integration of Na+
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- increase SpikeTrainTraces (fast at spike)
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- increase Ca2+ traces
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- decrease Na: fast pump which decreases Na+, we do not model K+
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-- there is a tug of war between Na entering and exiting. Na can reach fullness only if VDB increases fast (derivative)
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- there are 2 context: ApCtx and SomaRefractory imlemented with timers and tunable
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- decrease SpikeTraintraces slow, only if away from spiketrain this is empty
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- Tune:
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-- The threshold is tuned during the spiketrain. Low threshold at rest, to increase sensitivity, threshold increase during spike to increase discrimination
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— secs:
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- SpikeTrainTraces
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— mins:
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- Tune:
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-- refractory lenght
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**Tubs:**
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- **VDB**: dendrites deliver current
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- **Na**: are a proxy for the Coulombs of charge building up on the somatic membrane. They are used to check threshold, but also to mimic Na+ and K+ pumping
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||||
- **Ca2+**: Medium term traces to guide tuning and Night development. It is a local trace, ATP is a global (Astrocyte)
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||||
- **SpikeTrainTraces**: sono le tracce che consentono al neurone di far partire il Tuning neuronale, quando e' lontano da uno spike-train, ovvero e' in riposo.
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||||
- **SomaRefractory**: tracce di refractory
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```Gen
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container: SOMA
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||||
expansion:
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- VGSC-SOMA-H ( full: 50x, active: 20x, empty: 10x )
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||||
# modulated_by: VGSC-SOMA-H-TUN # possible/actual
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||||
- VGSC-SOMA-M ( full: 50x, active: 20x, empty: 10x )
|
||||
# modulated_by: VGSC-SOMA-M-TUN # possible/actual
|
||||
- VGSC-SOMA-L ( full: 50x, active: 20x, empty: 10x )
|
||||
# modulated_by: VGSC-SOMA-L-TUN # possible/actual
|
||||
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||||
tub_local:
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||||
- VDB
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||||
- Na
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||||
- Ca2+
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||||
- SomaRefractory
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tub_intricated:
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- SpikeTrainTraces ( contained_in: DAY-N )
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```
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### ms: SOMA
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||||
#### SOMA-Status: ( active: 60x ) contextor
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||||
As dendrites deliver current (VDB), the soma acts like a capacitor. It "stores" this charge in the form of membrane potential. This contextualizes VGSC-SOMA to open ion channels that let Na+ ions in.
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||||
This only applies if not ApCtx, or in other words, SOMA is not in refractory period.
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||||
```Gen
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||||
SOMA-Status: ( active: 60x )
|
||||
type: contextor
|
||||
contained_by: SOMA
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||||
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||||
in_context: any
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||||
condition: ( VDB fullness ) AND NOT AP_ctx
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||||
out_context: VDBMax_Ctx
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||||
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||||
condition: ( VDB mediumness ) AND NOT AP_ctx
|
||||
out_context: VDBMedium_ctx
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||||
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||||
condition: ( VDB emptiness ) AND NOT Ap_ctx
|
||||
out_context: VDBLow_ctx
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||||
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||||
condition: NOT ( Na empty )
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||||
out_context: NaSpill_ctx
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```
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||||
#### SomaSpike: ( active: 30x ) contextor
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||||
Il fatto che mettiamo il check di AP separato dal check del Soma-Status, e' perche' vogliamo poter avere un RF specifico per AP, eventualmente tunabile.
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||||
Qui siamo nella fase effettiva di spike, non refractory che viene dopo. Fa da contesto di durata fra un RF ed un altro.
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||||
La fullness di Na rappresenta il threshold e puo' essere modificato. La fullness di SomaRefractory rappresenta la lunghezza del refractory.
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||||
```Gen
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||||
SomaSpike: ( active: 30x )
|
||||
type: contextor
|
||||
contained_by: SOMA
|
||||
|
||||
in_context: any
|
||||
condition: ( Na fullness ) AND ( SomaRefractory emptiness )
|
||||
out_context: AP_ctx
|
||||
out_context: bAp_ctx
|
||||
```
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||||
#### ActiveAP: ( active: 8x ) accumulator
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||||
Durante la fase effettiva di spike:
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||||
- eliminiamo Na accumulati. Qui ad un RF molto maggiore che con NaSpill. In teoria qui dovremmo eliminare tutti gli Na e NaSpill potrebbe non servire.
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||||
- riempiamo SomaRefractory per fase di refractory
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||||
- riempiamo Ca2+ per le tracce medio termine di potenziamento/depotenziamento.
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||||
```Gen
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||||
ActiveAP: ( active: 8x )
|
||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: SOMA
|
||||
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||||
in_context: Ap_ctx
|
||||
hypothesis: NOT Na empty
|
||||
action: [ decrease Na ]
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||||
trace:
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||||
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||||
hypothesis: NOT SomaRefractory full
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||||
action: [ increase SomaRefractory ]
|
||||
trace:
|
||||
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||||
hypothesis: NOT Ca2+ full
|
||||
action: [ increase Ca2+ ]
|
||||
trace:
|
||||
```
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||||
#### NaSpill: ( active: 8x ) accumulator
|
||||
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||||
Questo potrebbe non servire se eliminiamo tutti Na durante ActiveAP.
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||||
```Gen
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||||
NaSpill: ( active: 8x )
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||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: SOMA
|
||||
|
||||
in_context: NaSpill_ctx
|
||||
hypothesis: NOT ( Na emptiness )
|
||||
action: [ decrease Na ]
|
||||
trace:
|
||||
```
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||||
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||||
#### SomaRefractorySpill: ( active: 16x ) accumulator
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||||
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||||
Lo spill deve essere piu' lento dell'increase che avviene in ActiveAP
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||||
```Gen
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||||
SomaRefractorySpill: ( active: 16x )
|
||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: SOMA
|
||||
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||||
in_context: any
|
||||
hypothesis: NOT ( SomaRefractory empty )
|
||||
action: [ decrease SomaRefractory ]
|
||||
trace:
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||||
```
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||||
### min: SOMA
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||||
## VGSC-SOMA-H: container
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||||
Voltage Gated Sodium Channel: difficult to open (High)
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||||
```Gen
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||||
container: VGSC-SOMA-H
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||||
tub_local:
|
||||
VGSCRefractoryH ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x )
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|
||||
tub_intricated:
|
||||
Na ( contained_in: SOMA)
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||||
|
||||
context_intricated:
|
||||
VDBMaxCtx ( contained_by: SOMA )
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||||
```
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||||
### sec: VGSC-SOMA-H
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||||
|
||||
#### VGSC-H_Status: ( active: 60x ) contextor
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||||
|
||||
Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di VGSCRefractory. Questo perche' e' un era nella quale avviene l'episodio.
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||||
|
||||
```Gen
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||||
VGSC-H_Status: ( active: 60x )
|
||||
type: contextor
|
||||
contained_by: VGSC-SOMA-H
|
||||
|
||||
in_context: any
|
||||
condition: VDBMaxCtx AND ( VGSCRefractoryH emptiness )
|
||||
out_context: NaEnterH_Ctx
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||||
|
||||
condition: ( VGSCRefractoryH mediumness ) OR ( VGSCRefractoryH fullness )
|
||||
out_context: VGSCRefractoryHSpill_ctx
|
||||
```
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||||
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||||
#### NaEnterH: ( active: 1x ) accumulator
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||||
|
||||
Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo.
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||||
Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory
|
||||
|
||||
```Gen
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||||
NaEnterH: ( active: 1x )
|
||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: VGSC-SOMA-H
|
||||
|
||||
in_context: NaEnterH_ctx
|
||||
hypothesis: ( NOT Na full )
|
||||
action: [ Na increase]
|
||||
trace: None
|
||||
|
||||
hypothesis: ( NOT VGSCRefractoryH full )
|
||||
action: [ VGSCRefractoryH increase ]
|
||||
trace: None
|
||||
```
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||||
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||||
#### VGSCRefractoryHSpill: ( active: 1x ) accumulator
|
||||
|
||||
Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa VGSCRefractoryH (interactor precedente)
|
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||||
```Gen
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||||
VGSCRefractoryHSpill: ( active: 1x )
|
||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: VGSC-SOMA-H
|
||||
|
||||
in_context: VGSCRefractoryHSpill_ctx
|
||||
hypothesis: NOT ( VGSCRefractoryH empty )
|
||||
action: [ VGSCRefractoryH decrease ]
|
||||
trace: None
|
||||
```
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||||
|
||||
## VGSC-SOMA-M: container
|
||||
|
||||
Voltage Gated Sodium Channel: less difficult to open (Medium)
|
||||
|
||||
```Gen
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||||
container: VGSC-SOMA-M
|
||||
|
||||
tub_local:
|
||||
VGSCRefractoryM ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x )
|
||||
|
||||
tub_intricated:
|
||||
Na ( contained_in: SOMA)
|
||||
|
||||
context_intricated:
|
||||
VDBMedCtx ( contained_by: SOMA )
|
||||
```
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||||
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||||
### sec: VGSC-SOMA-M
|
||||
|
||||
#### VGSC-M_TPC: ( active: 60x ) contextor
|
||||
|
||||
Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di VGSCRefractory. Questo perche' e' un era nella quale avviene l'episodio.
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
VGSC-M_Status: ( active: 60x )
|
||||
type: contextor
|
||||
contained_by: VGSC-SOMA-M
|
||||
|
||||
in_context: VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx
|
||||
condition: ( VGSCRefractoryH emptiness )
|
||||
out_context: NaEnterM_Ctx
|
||||
```
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||||
|
||||
#### NaEnterM: ( active: 1x ) accumulator
|
||||
|
||||
Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo.
|
||||
Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
NaEnterM: ( active: 1x )
|
||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: VGSC-SOMA-M
|
||||
|
||||
in_context: NaEnterM_ctx
|
||||
hypothesis: ( NOT Na full )
|
||||
action: [ Na increase]
|
||||
trace: None
|
||||
|
||||
hypothesis: ( NOT VGSCRefractoryM full )
|
||||
action: [ VGSCRefractoryH increase ]
|
||||
trace: None
|
||||
```
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||||
|
||||
#### VGSCRefractoryMSpill: ( active: 1x ) accumulator
|
||||
|
||||
Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa VGSCRefractoryH (interactor precedente)
|
||||
|
||||
```Gen
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||||
VGSCRefractoryMSpill: ( active: 1x )
|
||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: VGSC-SOMA-M
|
||||
|
||||
in_context: any
|
||||
hypothesis: NOT ( VGSCRefractoryM empty )
|
||||
action: [ VGSCRefractoryM decrease ]
|
||||
trace: None
|
||||
```
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||||
|
||||
## VGSC-SOMA-L: container
|
||||
|
||||
Voltage Gated Sodium Channel: easy to open (Low)
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
container: VGSC-SOMA-L
|
||||
|
||||
tub_local:
|
||||
VGSCRefractoryL ( full: 60x, active: 30x, empty: 0x )
|
||||
|
||||
tub_intricated:
|
||||
Na ( contained_in: SOMA)
|
||||
|
||||
context_intricated:
|
||||
VDBLowCtx ( contained_by: SOMA )
|
||||
```
|
||||
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||||
### sec: VGSC-SOMA-L
|
||||
|
||||
#### VGSC-L_TPC: ( active: 60x ) contextor
|
||||
|
||||
Il check su refractory deve essere fatto ad un RF maggiore della eliminazione di VGSCRefractory. Questo perche' e' un era nella qualle avviene l'episodio.
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
VGSC-L_Status: ( active: 60x )
|
||||
type: contextor
|
||||
contained_by: VGSC-SOMA-L
|
||||
|
||||
in_context: VDBLowCtx OR VDBMediumCtx OR VDBMaxCtx
|
||||
condition: ( VGSCRefractoryH emptiness )
|
||||
out_context: NaEnterL_ctx
|
||||
```
|
||||
|
||||
#### NaEnterL: ( active: 1x ) accumulator
|
||||
|
||||
Se metto il controllo sulla (NOT Ready fullness) il VGSC puo' far entrare un numero di Na non superiore ad un massimo.
|
||||
Questo sopra è il commmento della versione precedente, ora la quantità di NA increase dipende dal rf di VGSC-H_TPC dato che li c'è la condition sulla presenza delle traccie di refractory
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
NaEnterL: ( active: 1x )
|
||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: VGSC-SOMA-L
|
||||
|
||||
in_context: NaEnterL_ctx
|
||||
hypothesis: ( NOT Na full )
|
||||
action: [ Na increase]
|
||||
trace: None
|
||||
|
||||
hypothesis: ( NOT VGSCRefractoryL full )
|
||||
action: [ VGSCRefractoryL increase ]
|
||||
trace: None
|
||||
```
|
||||
|
||||
#### VGSCRefractoryLSpill: ( active: 1x ) accumulator
|
||||
|
||||
Lo Spill deve avere un rf maggiore dell'interacting che incrementa VGSCRefractoryH (interactor precedente)
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
VGSCRefractoryLSpill: ( active: 1x )
|
||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: VGSC-L-SOMA
|
||||
|
||||
in_context: any
|
||||
hypothesis: NOT ( VGSCRefractoryL empty )
|
||||
action: [ VGSCRefractoryL decrease ]
|
||||
trace: None
|
||||
```
|
||||
|
||||
|
||||
## VGSC-SOMA-TUN: Tuner
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
VGSC-SOMA-TUN
|
||||
type: tuner
|
||||
contained_by: SOMA
|
||||
|
||||
tunes: SOMA/expansion/VGSC-SOMA
|
||||
|
||||
context_intricated:
|
||||
- TunPossible ( contained_by: DAY-N )
|
||||
|
||||
tub_local:
|
||||
|
||||
tub_intricated:
|
||||
```
|
||||
|
||||
### check_tpc: ( active: 60x ) contextor
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
check_tpc: ( active: 60x )
|
||||
type: contextor
|
||||
contained_by: VGSC-SOMA-TUN
|
||||
|
||||
in_context: TunPossible
|
||||
condition: ??
|
||||
out_context: TunSomaVcgg
|
||||
```
|
||||
|
||||
### ?: ( active: x ) accumulator
|
||||
|
||||
```Gen
|
||||
?: ( active: x )
|
||||
type: accumulator
|
||||
contained_by: TUN-PRE-VGCC
|
||||
|
||||
in_context: TunSomaVcgg
|
||||
hypothesis:
|
||||
action:
|
||||
trace:
|
||||
```
|
||||
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