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This commit is contained in:
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-1
@@ -1,6 +1,6 @@
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# AST: Comprehension
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Qui comprendiamo Astrocyte, sia BEH, che TUN e DEV
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Qui comprendiamo Astrocyte, sia BEH, che TUN e DEV
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```Gen
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comprehension: AST
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@@ -1,8 +1,10 @@
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# BEH-AST.md
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Qui comprendiamo:
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- BEH-AST: Astrocyte
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# BEH-AST: Container
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**Astrocyte**
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## BEH-AST: Container
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```Gen
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container: BEH-AST
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@@ -10,9 +12,9 @@ container: BEH-AST
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expansion:
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- BEH-SYN ( fullness: indef, active: indef, emptiness: 0x )
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```
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Modulated by: [[TUN-AST]]
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## Leakage: Context
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### Leakage: Context
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## ???: Episode
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### ???: Episode
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@@ -1,3 +1,5 @@
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# DEV-AST.md
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Qui mettiamo la creazione o la distruzione di SYN. Il ragionamento qui e' tutto fa il network di Astocytes, tipo se c'e' abbastanza ATP o cose del genere.
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E' la creazione di nuove SYN che permette poi al TUN-AST di attivare la SYN, se c'e' la possibilita' fra PRE e POST.
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@@ -1,10 +1,13 @@
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# TUN-AST.md
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Qui mettiamo l'attivazione/disattivazione di una SYN possibile, messa a disposizione dal DEV-AST.
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Il ragionamento e' fra la possibilita' di SYN, e le possibilita' di PRE e POST.
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La novita' e' lo SCOPE, nel quale avviene il ragionamento.
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# TUN-AST: Modulator
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## TUN-AST: Modulator
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...
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```Gen
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@@ -26,9 +29,10 @@ modulator: TUN-AST
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- ??? (fullness: 50x, active: 0x, emptiness: 0x)
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# intricated with ???
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```
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Forse con questi tub_modulation riesco a risolvere il problema dello SCOPE, perche' mi servono a mettere assieme scope diversi, quelli di PRE, POST e SYN.
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## ??: Context
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### ??: Context
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....
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@@ -43,7 +47,8 @@ context: ???
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out_context: ???
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```
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## Activate: Episode
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### Activate: Episode
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....
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```Gen
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+25
-15
@@ -1,9 +1,13 @@
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# BEH-AXO.md
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## BEH-AXO: Container
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Qui comprendiamo:
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- BEH-AXO: Axon
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- BEH-PRE: Presynapse
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- BEH-VCGG: Voltage-Controlled Gated Channels
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# BEH-AXO: Container
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**Axon**: Axon does not contain specific behavior, here we comprehend it as a “cable” transporting the AP from SOMA to Presynapse. It expands BEH-PRE which can be Modulated (TUN).
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```Gen
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@@ -14,11 +18,12 @@ container: BEH-AXO
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# modulated_by: TUN-SYN-AXO-PRE# possible/actual
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```
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# BEH-PRE: Container
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## BEH-PRE: Container
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**Presynapse:** We treat each presynapse as standalone. The vesicle reserve pool is a strictly private, local resource of each individual presynaptic bouton. What is shared between synapses on the same axon are signals (neuromodulators) and metabolic resources (energy), but not the synaptic vesicles themselves. This ensures both independent computation and cooperative metabolic support within the axonal branch.
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**Tubs:**
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- Ca2+: Calcium Ion entering the Presynapse when VCGG open. They are key to check the concentration, release vescicles and modulation
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- Rrp: Readily Releasable Pool
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The Readily Releasable Pool consists of the vesicles that are "docked" and "primed" at the active zone of the synapse.
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@@ -40,6 +45,7 @@ Characteristics: This makes up the vast majority of the vesicles (up to 80% or 9
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**Behaviors**:
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L'idea e' che:
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- Fast
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-- i VCGG si aprano all'arrivo di un AP dal SOMA. Il numero dei VCGG presenti e' stato modulato (TUN) in una fase di non attivita' della presynapse
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-- I VCGG fanno entrare Ca2+ che ne aumenta la concentrazione
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@@ -77,7 +83,8 @@ container: BEH-PRE
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```
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## IntegrateCa2+: Context
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### IntegrateCa2+: Context
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Qui verifichiamo il livello di CA2+ nella presynapse. I comportamenti nella presinapsi dipendo tutti da questa concentrazione, sia quelli immediati di rilascio NT da vescicles che quelli di modulazione.
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***Tens Milliseconds Time Scale***
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@@ -99,7 +106,7 @@ context: IntegrateCa2+
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out_context: CaFull
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```
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## VescicleRelease: Episode
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### VescicleRelease: Episode
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Il rilascio di NT avviene solo se Ca+ FULLNESS? Ovviamente se ci sono Vesciche. O dipende da altro? Cioe’ cosi’ rilascerebbe tutte le vesciche se c’e’ fullness. Dovremmo mettere un tag, o una discesa improvvisa di Ca+ al release di una vescica. Perche’ potremmo avere il caso che i VGGC sia talmente tanti da far entrare tanto calcio da far si che la prima vescica consumi CA ma non abbastanza da andare sotto FULLNESS
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@@ -125,7 +132,7 @@ episode: VescicleRelease
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trace: None
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```
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## Ca+ClearenceSlow: Episode
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### Ca+ClearenceSlow: Episode
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Svuotiamo a due velocita’. Il context (Check Ca+ concentration) e’ determinato a epoca piu’ lunga, tanto ci vuole qualche giro per fare entrare i primi Ca+
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Le tracce lasciate servono alla modulazione
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@@ -144,7 +151,8 @@ episode: Ca+ClearenceSlow
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trace: None
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```
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## Ca+ClearenceFast: Episode
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### Ca+ClearenceFast: Episode
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Qui l'idea oltre che a fare clearance e' anche quella di lasciare tracce su che livello di Ca2+ c'e' stato durante gli episodi. Un livello medio lascia meno tracce di un livello alto, e questo serve a ragionare sulla modulazione.
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Clearance mechanisms (in order of speed):
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@@ -182,21 +190,22 @@ episode: Ca+ClearenceMedium
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trace: None
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```
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## STP - Pr Upregulation: Observable
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### STP - Pr Upregulation: Observable
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**Observed behavior**
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Upregulation (Facilitation): Residual Ca²⁺ from previous spikes increases P_r for next release
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***Timing: > 10 ms***
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## STD - Pr Downregulation: Observable
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### STD - Pr Downregulation: Observable
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**Observed behavior**
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Downregulation (Depression): High-frequency firing depletes readily releasable vesicle pool, decreasing P_r
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***Timing: > 10 ms***
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## VesciclesRecycling: Episode
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### VesciclesRecycling: Episode
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Dobbiamo capire se lasciare il recicling RecP oppure avere solo un Rp, almeno al primo giro di comprensione, per semplificare.
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Sequential steps:
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@@ -222,7 +231,7 @@ episode: VesciclesRecycling
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hypothesis:
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```
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## VescicleFromRPtoRRP-Slow: Episode
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### VescicleFromRPtoRRP-Slow: Episode
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Superpriming requires ATP for phosphorylation reactions and for molecular motors that move vesicles. If the reserve pool is depleted or ATP is low, the superpriming "conveyor belt" has nothing to feed into the RRP. (Astrocyte)
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@@ -244,7 +253,7 @@ episode: VescicleFromRPtoRRP-Slow
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trace: None
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```
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## VescicleFromRPtoRRP-Medium: Episode
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### VescicleFromRPtoRRP-Medium: Episode
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***Seconds-Minutes Time Scale***
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@@ -260,7 +269,7 @@ episode: VescicleFromRPtoRRP-Medium
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trace: None
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```
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## VescicleFromRPtoRRP-Fast: Episode
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### VescicleFromRPtoRRP-Fast: Episode
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***Seconds-Minutes Time Scale***
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@@ -275,7 +284,8 @@ episode: VescicleFromRPtoRRP-Fast
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action: [RP decrease, RRP increase]
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trace: None
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```
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## VesiclesFillingRP: Episode
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### VesiclesFillingRP: Episode
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Qui riempiamo le vesciche. Fino ad un numero massimo, che viene modulato in DEV
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@@ -292,7 +302,7 @@ episode: VesiclesFillingRP
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hypothesis:
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```
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# BEH-PRE-VGCC: Container
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## BEH-PRE-VGCC: Container
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**Voltage Gated Ion Channels**: When an AP arrives from the SOMA, VCGG are opened and they let in CA2+ initiating the possible release of NT from the vescicles. In theory each RRP has its own VCGG nearby. We do not comprehend this, but consider VCGG shared between all the RPP of the presynapse (we impose a floor)
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@@ -306,7 +316,7 @@ container: BEH-PRE-VGCC
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- AP ( contained_by: BEH-SOMA )
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```
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## VgccOpen: Episode
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### VgccOpen: Episode
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Auto-inhibition? Ca²⁺ binding to calmodulin on VGCC. 5-50 ms
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+9
-7
@@ -1,9 +1,13 @@
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# BEH-AXO.md
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Qui comprendiamo:
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- BEH-BD: Dendritic Branch
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- BEH-POST: Postsynapsis
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- BEH-POST-AMPA: AMPA receptors (α-amino-3-hydroxy-5-methyl-4-isoxazolepropionic acid receptors)
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# BEH-BD: Container
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## BEH-BD: Container
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**Dendritic Branch**: In questa prima fase, non consideriamo lo spike dendritico come comportamento. Questo limita molto il modello, perche' equipara tutte le Postsinapsi sui tre branch dendritici e non permette di fare in maniera che ad esempio due branch contestualizzino (base activity) e uno faccia scattare il threshold per lo spike somatico.
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Qui BEH-DB espande solo i BEH-POST, e' un cavo di collegamento come l'assone
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@@ -15,7 +19,7 @@ Container: BEH-BD
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# modulated_by: TUN-SYN-BD-POST possible/actual
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```
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## BEH-POST: Container
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### BEH-POST: Container
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```Gen
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container: BEH-POST
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@@ -37,7 +41,7 @@ container: BEH-POST
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- bAp ( contained_by: BEH-SOMA )
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```
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### Context
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#### Context
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```Gen
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context: captureNt
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@@ -50,9 +54,9 @@ context: captureNt
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out_context: NtCaptured
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```
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### Episode
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#### Episode
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### BEH-POST-AMPA: Container
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## BEH-POST-AMPA: Container
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```Gen
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container: BEH-POST-AMPA
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@@ -112,5 +116,3 @@ Da ricordare i Dendritic VCGG che si aprono facendo entrare Ca2+ all'arrivo di b
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### Downregulation: Observable
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- Downregulation: AMPA desensitization acts as low-pass filter
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##
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@@ -1,3 +1,5 @@
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# README.md
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Il neurone è il concetto che vogliamo comprendere. Partiamo dalla comprensione per espandere i concetti contenuti in N. L’espansione e’ anche di numerosita’ (ad esempio BEH-N espande 3 BEH-BD. Accanto all’espansione dei concetti aggiungiamo la modulabilita’ riferita a ciascun concetto (per quelli che scegliamo di voler modulare). In definitiva la comprensione risulta essere un’eterarchia e non una semplice gerarchia.
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@@ -1,7 +1,11 @@
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# beh-WTA.md
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Qui comprendiamo:
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- BEH-WTA
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# BEH-WTA: Container
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## BEH-WTA: Container
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**Winner Take All**:
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```Gen
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@@ -18,9 +22,11 @@ container: BEH-WTA
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- @.AXO -[@]-> NEU-001.BD-001, NEU-002.BD-001
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- @.AXO -[@]-> NEU-004.BD-001, NEU-003.BD-001
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```
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Questo e' il nuovo tipo di espansione che permette di specificare un "circuito" di possibilita'.
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A differenza di BD che espande PRE implicitamente e trattando PRE tutti allo stesso modo, ma comunque mantenendo la gerarchia, e la relazione, qui espandiamo esplicitamente.
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L'espansione:
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- dichiara N1 e N2
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- dichiara AST1
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- collega un N1 con un N2
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@@ -29,10 +35,12 @@ L'espansione:
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In questo modo abbiamo allargato il concetto di espansione introducendo una sorta di spazialita', che dipende dalla relazione che viene imposta, e puo' essere verifica.
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Problemi da risolver:
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- posso permettere che una PRE e POST dello stesso N possano fare sinapsi.
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- vedere come intricare Neuroni fra organi e aree diverse, senza dover citare direttamente i Neurone e gli astrociti dell'altro argano o area. Questo credo sia risolvibile con una possibilita' di connnessione, tipo AST, ma che funziona per interOrgani, chiamabile NET.
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In questo caso potremmo specificare:
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- NEU-001.axon.terminal-1 -[excites: ast=AST-001]-> AREA.Input-001
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E questo potrebbe rendere generale l'approccio.
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@@ -1,4 +1,5 @@
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# WTA: Comprehension
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Qui comprendiamo un primo circuito Winner Take All, sia BEH, che TUN e DEV
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```Gen
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Reference in New Issue
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